PDB-5o2a: FolD Q98H

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5o2a

タイトル

FolD Q98H

要素

(Bifunctional protein FolD) x 4

キーワード

OXIDOREDUCTASE / carolacton / FolD / natural product / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase / methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase activity / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / methionine biosynthetic process / L-histidine biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / tetrahydrofolate interconversion / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Koehnke, J. / Sikandar, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: The natural product carolacton inhibits folate-dependent C1 metabolism by targeting FolD/MTHFD.
著者: Fu, C. / Sikandar, A. / Donner, J. / Zaburannyi, N. / Herrmann, J. / Reck, M. / Wagner-Dobler, I. / Koehnke, J. / Muller, R.

履歴

登録	2017年5月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5o2a.cif.gz	644.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5o2a.ent.gz	546.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5o2a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/5o2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/5o2a	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5o22C 5o28C 1diaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5o28-2 5o28-1 1i7n-d 5o22-1 5o22-2 3ngl-d 5jaj-d 6qic-4 3l07-d 6qic-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bifunctional protein FolD

B: Bifunctional protein FolD

C: Bifunctional protein FolD

D: Bifunctional protein FolD

125 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Bifunctional protein FolD

B: Bifunctional protein FolD

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Bifunctional protein FolD

D: Bifunctional protein FolD

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	100.106, 79.393, 101.776
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.80, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Bifunctional protein FolD 分子量: 31199.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: folD, ads, b0529, JW0518 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P24186, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+), methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase
#2: タンパク質	Bifunctional protein FolD 分子量: 31199.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: folD, ads, b0529, JW0518 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P24186, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+), methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase
#3: タンパク質	Bifunctional protein FolD 分子量: 31172.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: folD, ads, b0529, JW0518 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P24186, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+), methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase
#4: タンパク質	Bifunctional protein FolD 分子量: 31145.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: folD, ads, b0529, JW0518 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P24186, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+), methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 876 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 Ammonium Sulfate, Bis-Tris pH 6.0 and 25 % PEG 3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→46.56 Å / Num. obs: 113661 / % possible obs: 98.79 % / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 22.1
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 9.9 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DIA

1dia

解像度: 1.9→46.562 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1812	5717	5.03 %
R_work	0.1658	-	-
obs	0.1666	113623	98.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.562 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8614	0	0	876	9490

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	8815
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.102	12018
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.648	5377
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	1437
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1572

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.2607	204	0.2336	3554	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9216-1.9442	0.2052	164	0.2085	3625	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9442-1.9679	0.2181	209	0.1992	3589	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9679-1.9928	0.2169	175	0.1909	3575	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9928-2.019	0.1919	203	0.1818	3585	X-RAY DIFFRACTION	99
2.019-2.0467	0.2147	200	0.1769	3588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0467-2.0759	0.2075	193	0.1775	3640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0759-2.1069	0.1927	202	0.1707	3551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1069-2.1399	0.1797	173	0.1683	3639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1399-2.1749	0.184	225	0.1633	3578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1749-2.2124	0.1757	179	0.1626	3623	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2124-2.2527	0.1984	214	0.1652	3596	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2527-2.296	0.1622	213	0.1656	3552	X-RAY DIFFRACTION	99
2.296-2.3429	0.1809	209	0.1581	3481	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3429-2.3938	0.185	206	0.1619	3391	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3938-2.4495	0.1755	199	0.1576	3219	X-RAY DIFFRACTION	90
2.4495-2.5107	0.1797	162	0.1579	3443	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5107-2.5786	0.1925	208	0.162	3604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5786-2.6545	0.199	186	0.1703	3642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6545-2.7402	0.1885	186	0.1708	3618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7402-2.8381	0.1801	174	0.1731	3701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8381-2.9517	0.2091	182	0.167	3649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9517-3.086	0.2032	176	0.1684	3666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.086-3.2487	0.1842	155	0.1697	3662	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2487-3.4521	0.1641	168	0.1669	3715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4521-3.7186	0.1795	206	0.1575	3601	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7186-4.0926	0.1735	152	0.1519	3722	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0926-4.6843	0.1361	202	0.1361	3667	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6843-5.8999	0.1593	195	0.1658	3696	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8999-46.5755	0.2064	197	0.188	3734	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5438	0.6016	-0.9221	1.6457	0.5331	1.0348	-0.0817	0.1118	-0.0174	-0.1373	0.089	-0.058	0.0127	0.0052	-0.001	0.1886	-0.0108	-0.0405	0.2069	-0.0179	0.2109	51.989	-22.745	99.1587
2	2.0346	-2.3828	0.8383	9.764	-2.5532	1.4982	-0.195	0.172	0.474	-0.1531	0.0153	0.105	-0.472	-0.1595	0.2545	0.4136	0.0125	-0.0841	0.3663	0.0394	0.3817	42.3706	-14.6174	97.0558
3	1.2937	0.2048	-0.1236	2.6596	1.011	1.2739	0.0081	-0.0832	0.2538	0.0485	0.0499	0.2673	-0.0754	0.1134	-0.0622	0.2033	-0.0162	0.0048	0.2261	-0.0245	0.258	49.5571	-6.7367	109.9288
4	1.0727	0.0877	-0.2249	1.7481	-0.0009	0.9468	-0.0447	0.0404	-0.0705	-0.0527	-0.0082	-0.1085	0.0734	-0.0561	0.057	0.1886	-0.0033	-0.0209	0.2082	-0.0306	0.2435	70.0529	-7.2727	91.9061
5	2.7653	-0.4149	0.7795	2.6523	-0.9413	2.7712	0.0355	0.2973	-0.1109	-0.3514	0.0006	0.276	0.0036	-0.4478	-0.0561	0.3197	-0.0089	-0.0499	0.3415	-0.0728	0.2848	63.5974	-7.7152	79.7146
6	2.0026	0.3749	-1.4656	0.9608	0.022	2.3392	-0.0545	0.0739	-0.1193	-0.1464	0.062	-0.0517	0.0513	-0.0351	0.0098	0.2288	-0.0157	-0.0358	0.187	-0.0561	0.2763	60.0065	-17.509	94.7466
7	5.1298	-1.289	-3.7727	0.9962	1.1612	4.1477	0.2696	-0.1154	0.2634	0.0865	0.0288	-0.0755	-0.8175	0.1575	-0.3322	0.4423	-0.0438	0.0586	0.2906	-0.065	0.284	79.0361	20.9603	116.9158
8	0.9109	0.9565	-0.3638	1.1254	0.0644	1.5025	0.0498	-0.0525	0.0419	0.5316	-0.1219	0.059	0.0575	-0.0384	0.0363	0.4082	-0.018	0.0272	0.3475	-0.0708	0.1884	71.0726	7.7079	131.1375
9	4.9019	-4.2085	1.7993	3.7438	-1.9902	2.1062	-0.2865	-0.2165	-0.0401	0.4754	0.2434	-0.4001	0.125	0.3487	0.1251	0.4457	-0.0033	0.0295	0.5191	-0.0622	0.3492	81.0075	8.004	129.8226
10	1.2155	0.535	0.5338	1.681	-0.2594	2.3314	0.1684	-0.1489	-0.1829	0.3117	-0.0093	-0.0669	0.4991	-0.1155	-0.1654	0.4797	-0.0361	0.0053	0.3853	-0.0496	0.2462	68.5236	-2.5167	130.5905
11	1.7337	0.8047	-0.6247	1.8545	-0.1149	5.0398	0.0857	0.1288	0.0429	0.0485	0.0269	-0.0037	0.1859	-0.0798	-0.1246	0.2348	-0.0472	0.0136	0.3343	-0.0698	0.2418	64.9462	2.7851	114.1772
12	0.8711	0.5525	0.0046	1.2548	0.6579	1.5685	0.0717	-0.0477	0.1435	0.0892	0.0269	0.0767	-0.1448	0.057	-0.0697	0.2156	-0.0051	0.0244	0.2284	-0.0459	0.2726	78.129	9.1088	104.3901
13	1.4506	0.1966	0.5635	1.154	0.0004	0.6731	-0.0047	0.19	-0.2648	0.0086	0.0032	-0.0343	0.0828	0.1176	0.0011	0.1999	0.0171	-0.0052	0.2476	-0.0577	0.2655	82.5113	-0.8142	100.0807
14	3.2457	0.1013	0.6291	1.6894	0.8957	0.9947	-0.0027	-0.2497	-0.1551	0.2553	-0.0551	-0.3105	0.0271	0.2954	0.0145	0.2242	0.0083	-0.0523	0.3043	-0.0336	0.2955	93.2364	4.2137	106.9031
15	1.9489	0.5335	-0.801	0.5897	-0.5025	1.8862	0.0215	-0.09	0.0931	0.198	-0.0161	0.0377	-0.1371	0.0447	-0.0166	0.2954	-0.0357	0.0023	0.2555	-0.0628	0.2496	79.8095	12.0138	112.7765
16	1.0952	0.2629	0.4921	1.4414	0.185	0.9559	-0.0894	-0.0217	0.3663	0.0102	-0.0711	-0.107	-0.228	-0.0317	0.1571	0.2565	0.009	-0.0003	0.2163	0.0122	0.3015	118.8128	-3.8599	102.4527
17	0.4135	-0.912	-0.7153	1.8821	1.4709	1.1243	0.0309	0.0159	0.0744	-0.2297	-0.0911	-0.1081	-0.0066	0.0335	-0.0655	0.4864	0.0541	-0.007	0.5921	0.0174	0.62	129.1328	-14.7924	97.8509
18	1.881	-0.802	-0.4971	1.1715	-0.2227	0.6586	-0.1007	-0.1977	-0.055	0.0776	0.0562	-0.0756	0.0602	0.0174	0.0562	0.2375	-0.0169	-0.0225	0.2649	0.0107	0.211	123.9601	-21.1779	111.5278
19	1.4743	0.2824	-0.3074	1.6136	0.074	1.0812	0.0297	0.0899	-0.0222	-0.0958	-0.0988	0.1674	0.0827	-0.059	0.0782	0.2044	0.0275	-0.0198	0.2248	-0.0173	0.2392	102.1599	-20.7659	94.0142
20	2.8601	-0.8402	-0.1295	1.2678	-0.1662	0.984	0.2661	0.5786	0.2204	-0.4094	-0.2585	-0.003	-0.0296	-0.0856	0.006	0.3013	0.0684	-0.0131	0.2971	0.0286	0.2475	108.1898	-16.35	82.3351
21	1.9328	-0.0789	0.7718	1.6067	-0.2111	4.357	0.1009	-0.1348	0.1912	0.1852	-0.1151	0.1043	-0.29	-0.0957	0.1308	0.2368	-0.0187	-0.0033	0.2099	-0.0102	0.3197	117.5841	-8.8896	108.7502
22	1.168	0.1644	0.6755	1.3938	0.3967	1.606	-0.1072	-0.1466	-0.1695	0.3029	0.0185	0.132	0.4631	-0.149	0.0573	0.4853	-0.0461	0.0506	0.3663	0.0795	0.3179	97.4029	-42.4409	129.1122
23	1.0376	0.3633	-0.1614	1.1008	-0.5269	2.7102	-0.026	-0.1361	-0.0037	0.2196	-0.0182	0.0176	-0.3764	0.1646	0.0084	0.3646	-0.005	0.0157	0.3093	0.0489	0.2256	108.1264	-27.8819	128.427
24	0.9901	0.0722	0.0428	2.7344	-0.8686	1.5876	0.0225	-0.0982	-0.0146	0.1627	0.0056	0.442	0.0962	-0.1713	0.0152	0.2712	-0.0392	0.0414	0.284	-0.024	0.339	88.675	-32.0302	108.4919
25	1.6472	0.542	1.0542	1.4339	0.3646	2.3115	0.0084	-0.1654	-0.1074	0.2525	-0.0352	0.3098	0.3286	-0.1603	-0.0243	0.4309	-0.0781	0.0937	0.2815	0.0585	0.3427	93.8962	-40.5368	117.7048

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 44 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 45 through 61 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 62 through 140 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 141 through 217 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 218 through 245 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 246 through 286 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 28 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 29 through 44 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 45 through 61 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 62 through 113 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 114 through 140 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 141 through 171 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 172 through 217 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 218 through 245 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 246 through 285 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 2 through 41 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 42 through 60 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 61 through 140 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 141 through 234 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 235 through 263 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 264 through 285 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 1 through 61 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 62 through 140 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 141 through 245 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 246 through 285 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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