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万見
- PDB-5o26: Crystal structure of WNK3 kinase domain in a diphosphorylated sta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o26
タイトルCrystal structure of WNK3 kinase domain in a diphosphorylated state and in complex with AMP-PNP/Mg2+
要素Serine/threonine-protein kinase WNK3
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / WNK3
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ion transmembrane transporter activity / negative regulation of pancreatic juice secretion / positive regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of sodium ion transport / monoatomic ion homeostasis / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / regulation of calcium ion import / positive regulation of sodium ion transport / non-membrane-bounded organelle assembly / potassium channel inhibitor activity ...positive regulation of ion transmembrane transporter activity / negative regulation of pancreatic juice secretion / positive regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of sodium ion transport / monoatomic ion homeostasis / positive regulation of potassium ion import across plasma membrane / regulation of calcium ion import / positive regulation of sodium ion transport / non-membrane-bounded organelle assembly / potassium channel inhibitor activity / positive regulation of calcium ion transport / cellular hyperosmotic response / osmosensory signaling pathway / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / cell volume homeostasis / negative regulation of protein localization to plasma membrane / maintenance of blood-brain barrier / bicellular tight junction / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein localization to plasma membrane / adherens junction / peptidyl-threonine phosphorylation / Stimuli-sensing channels / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase OSR1/WNK, CCT domain / Oxidative-stress-responsive kinase 1 C-terminal domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Serine/threonine-protein kinase OSR1/WNK, CCT domain / Oxidative-stress-responsive kinase 1 C-terminal domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Serine/threonine-protein kinase WNK3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.379 Å
データ登録者Pinkas, D.M. / Bufton, J.C. / Newman, J.A. / Kopec, J. / Borkowska, O. / Chalk, R. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Pinkas, D.M. / Bufton, J.C. / Newman, J.A. / Kopec, J. / Borkowska, O. / Chalk, R. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of WNK3 kinase domain in a diphosphorylated state and in complex with AMP-PNP/Mg2+
著者: Pinkas, D.M. / Daubner, G.M. / Bufton, J.C. / Bartual, S.G. / Sanvitale, C.E. / Alessi, D.R. / Bullock, A.
履歴
登録2017年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年10月31日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight ..._atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase WNK3
B: Serine/threonine-protein kinase WNK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5439
ポリマ－65,3712
非ポリマー1,1727
水2,972165
1
A: Serine/threonine-protein kinase WNK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3035
ポリマ－32,6861
非ポリマー6174
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase WNK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2414
ポリマ－32,6861
非ポリマー5553
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.163, 56.400, 71.236
Angle α, β, γ (deg.)79.79, 80.73, 90.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase WNK3 / Protein kinase lysine-deficient 3 / Protein kinase with no lysine 3


分子量: 32685.715 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 132-414 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WNK3, KIAA1566, PRKWNK3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BYP7, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG3350, 0.1M bis-tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.379→55.483 Å / Num. obs: 21510 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 4.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.379→47.657 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 29.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2781 1083 5.04 %
Rwork0.2284 --
obs0.231 21503 97.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.379→47.657 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4248 0 70 165 4483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024411
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.485985
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5812631
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041671
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003747
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.379-2.48730.32931320.27632522X-RAY DIFFRACTION96
2.4873-2.61840.31731350.25822523X-RAY DIFFRACTION97
2.6184-2.78250.29981460.26032585X-RAY DIFFRACTION98
2.7825-2.99730.33981310.25122523X-RAY DIFFRACTION98
2.9973-3.29880.29081430.23892577X-RAY DIFFRACTION98
3.2988-3.7760.25971250.22152546X-RAY DIFFRACTION99
3.776-4.75670.24061410.19282580X-RAY DIFFRACTION99
4.7567-47.6670.24081300.20592564X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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