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万見
- PDB-6x8f: Crystal structure of TYK2 with Compound 11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x8f
タイトルCrystal structure of TYK2 with Compound 11
要素Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
キーワードTRANSFERASE / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogenase (acceptor) / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / nickel cation binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Protein tyrosine and serine/threonine kinase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UWP / Hydrogenase-2 large chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Vajdos, F.F. / Knafels, J.D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of Tyrosine Kinase 2 (TYK2) Inhibitor (PF-06826647) for the Treatment of Autoimmune Diseases.
著者: Gerstenberger, B.S. / Ambler, C. / Arnold, E.P. / Banker, M.E. / Brown, M.F. / Clark, J.D. / Dermenci, A. / Dowty, M.E. / Fensome, A. / Fish, S. / Hayward, M.M. / Hegen, M. / Hollingshead, B. ...著者: Gerstenberger, B.S. / Ambler, C. / Arnold, E.P. / Banker, M.E. / Brown, M.F. / Clark, J.D. / Dermenci, A. / Dowty, M.E. / Fensome, A. / Fish, S. / Hayward, M.M. / Hegen, M. / Hollingshead, B.D. / Knafels, J.D. / Lin, D.W. / Lin, T.H. / Owen, D.R. / Saiah, E. / Sharma, R. / Vajdos, F.F. / Xing, L. / Yang, X. / Yang, X. / Wright, S.W.
履歴
登録2020年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
C: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9844
ポリマ－73,1012
非ポリマー8832
水3,189177
1
A: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9922
ポリマ－36,5511
非ポリマー4411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9922
ポリマ－36,5511
非ポリマー4411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.275, 36.098, 100.256
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2


分子量: 36550.570 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain / 変異: C936A, C1142A, Q969A, E971A, K972A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYK2 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29597, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-UWP / [3-{4-[6-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)pyrazolo[1,5-a]pyrazin-4-yl]-1H-pyrazol-1-yl}-1-(2,2,2-trifluoroethyl)azetidin-3-yl]acetonitrile


分子量: 441.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H18F3N9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.09 % / Mosaicity: 0.46 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8
詳細: 0.1 M bis-tris pH 5.5, 0.25 M NaCl, 10 mM TCEP, 27-33% PEG-3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→74.26 Å / Num. obs: 24732 / % possible obs: 83 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 26.94 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 161.4 / Num. measured all: 70912 / Scaling rejects: 17
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.15-2.261.90.449408621000.6980.3740.58826.448.9
6.78-74.2630.02429999950.9990.0160.029496.196.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.2.8データスケーリング
BUSTER2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LXP

3lxp


解像度: 2.15→50.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8568 / SU R Cruickshank DPI: 0.704 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.721 / SU Rfree Blow DPI: 0.281 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.284
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2549 1110 5.03 %RANDOM
Rwork0.2052 ---
obs0.2077 22072 74.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 133.39 Å2 / Biso mean: 41.27 Å2 / Biso min: 6.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.3608 Å20 Å27.0586 Å2
2--5.7624 Å20 Å2
3----15.1232 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.314 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→50.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4652 0 64 177 4893
Biso mean--30.92 35.34 -
残基数----573
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1672SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes108HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes770HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4894HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion581SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5611SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4894HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6674HARMONIC21.09
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.6
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.25 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3744 68 4.59 %
Rwork0.2634 1415 -
all0.2685 1483 -
obs--74.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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