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Yorodumi- PDB-5o14: Co-crystal structure of a cross-reactive bactericidal human antib... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5o14 | ||||||
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Title | Co-crystal structure of a cross-reactive bactericidal human antibody targeting meningococcal vaccine antigen factor H binding protein | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Human Fab / factor H binding protein / outer membrane / infection | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Neisseria meningitidis serogroup B (bacteria) Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.195 Å | ||||||
Authors | Lopez-Sagaseta, J. | ||||||
Funding support | Italy, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2018 Title: Crystal structure reveals vaccine elicited bactericidal human antibody targeting a conserved epitope on meningococcal fHbp. Authors: Lopez-Sagaseta, J. / Beernink, P.T. / Bianchi, F. / Santini, L. / Frigimelica, E. / Lucas, A.H. / Pizza, M. / Bottomley, M.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5o14.cif.gz | 523.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5o14.ent.gz | 427.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5o14.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5o14_validation.pdf.gz | 479.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5o14_full_validation.pdf.gz | 495 KB | Display | |
Data in XML | 5o14_validation.xml.gz | 57.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5o14_validation.cif.gz | 83.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/5o14 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/5o14 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5ur8C 2ypvS 4jqiS 4ypgS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
NCS ensembles :
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 27699.939 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neisseria meningitidis serogroup B (strain MC58) (bacteria) Gene: NMB1870 / Variant: 1.1 / Plasmid: pET21b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q9JXV4 |
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-Antibody , 2 types, 4 molecules CHDL
#2: Antibody | Mass: 25461.578 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell: Plasmablasts / Plasmid: pET21b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta pLysS #3: Antibody | Mass: 23670.326 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell: Plasmablasts / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta pLysS |
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-Non-polymers , 3 types, 922 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 50.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4 / Details: 0.2 M sodium malonate pH 4.0, 17% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.977175 Å | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 20, 2015 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.977175 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.195→48.92 Å / Num. obs: 74270 / % possible obs: 96.4 % / Redundancy: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 27.42 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.219 / Rpim(I) all: 0.101 / Rrim(I) all: 0.242 / Net I/σ(I): 6.7 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2YPV, 4YPG and 4JQI Resolution: 2.195→48.913 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.87 Details: Final strategy = individual_sites + individual_adp + tls + occupancies
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 182.17 Å2 / Biso mean: 30.3 Å2 / Biso min: 9.48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.195→48.913 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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