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- PDB-5o14: Co-crystal structure of a cross-reactive bactericidal human antib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o14
タイトルCo-crystal structure of a cross-reactive bactericidal human antibody targeting meningococcal vaccine antigen factor H binding protein
要素
  • Fab 1A12 Heavy Chain
  • Fab 1A12 Light Chain
  • Factor H binding protein variant 1.1
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Human Fab / factor H binding protein / outer membrane / infection (感染)
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial extracellular vesicle / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #1980 / : / : / Factor H binding protein, N-terminal / Factor H binding protein, C-terminal / Factor H binding protein, C-terminal / Porin - #90 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / ポリン (タンパク質) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. ...Immunoglobulin-like - #1980 / : / : / Factor H binding protein, N-terminal / Factor H binding protein, C-terminal / Factor H binding protein, C-terminal / Porin - #90 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / ポリン (タンパク質) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 抗体 / Immunoglobulin-like / Βバレル / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Factor H binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.195 Å
データ登録者Lopez-Sagaseta, J.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
European Union659615 イタリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Crystal structure reveals vaccine elicited bactericidal human antibody targeting a conserved epitope on meningococcal fHbp.
著者: Lopez-Sagaseta, J. / Beernink, P.T. / Bianchi, F. / Santini, L. / Frigimelica, E. / Lucas, A.H. / Pizza, M. / Bottomley, M.J.
履歴
登録2017年5月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Factor H binding protein variant 1.1
B: Factor H binding protein variant 1.1
C: Fab 1A12 Heavy Chain
D: Fab 1A12 Light Chain
L: Fab 1A12 Light Chain
H: Fab 1A12 Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,92111
ポリマ－153,6646
非ポリマー2575
水16,520917
1
A: Factor H binding protein variant 1.1
L: Fab 1A12 Light Chain
H: Fab 1A12 Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0547
ポリマ－76,8323
非ポリマー2224
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Factor H binding protein variant 1.1
C: Fab 1A12 Heavy Chain
D: Fab 1A12 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8674
ポリマ－76,8323
非ポリマー351
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.822, 163.951, 110.656
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.700, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
12chain C
22chain H
13chain D
23chain L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAGLNGLNchain AAA14 - 2558 - 249
21GLYGLYLEULEUchain BBB15 - 2569 - 250
12GLUGLULYSLYSchain CCC1 - 2231 - 223
22GLUGLUPROPROchain HHF1 - 2221 - 222
13ASPASPCYSCYSchain DDD1 - 2152 - 216
23ASPASPARGARGchain LLE1 - 2122 - 213

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Factor H binding protein variant 1.1


分子量: 27699.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B (strain MC58) (髄膜炎菌)
遺伝子: NMB1870 / Variant: 1.1 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9JXV4

-
抗体 , 2種, 4分子 CHDL

#2: 抗体 Fab 1A12 Heavy Chain


分子量: 25461.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: Plasmablasts / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS
#3: 抗体 Fab 1A12 Light Chain


分子量: 23670.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: Plasmablasts / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS

-
非ポリマー , 3種, 922分子

#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 917 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.2 M sodium malonate pH 4.0, 17% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.977175 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977175 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.195→48.92 Å / Num. obs: 74270 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 27.42 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.219 / Rpim(I) all: 0.101 / Rrim(I) all: 0.242 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.2-2.244.31.3880.2630.7371.5868.1
10.75-48.925.30.0540.9980.0250.0697.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.76 Å42.37 Å
Translation5.76 Å42.37 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
Aimless0.5.26データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YPV, 4YPG and 4JQI

2ypv

4ypg

4jqi


解像度: 2.195→48.913 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.87
詳細: Final strategy = individual_sites + individual_adp + tls + occupancies
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2496 3601 4.85 %Random selection
Rwork0.1915 ---
obs0.1943 74214 96.35 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 182.17 Å2 / Biso mean: 30.3 Å2 / Biso min: 9.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.195→48.913 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9919 0 14 941 10874
Biso mean--36.21 35.4 -
残基数----1331
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610143
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97813765
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0371566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041773
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0983564
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1964X-RAY DIFFRACTION8.025TORSIONAL
12B1964X-RAY DIFFRACTION8.025TORSIONAL
21C1947X-RAY DIFFRACTION8.025TORSIONAL
22H1947X-RAY DIFFRACTION8.025TORSIONAL
31D1925X-RAY DIFFRACTION8.025TORSIONAL
32L1925X-RAY DIFFRACTION8.025TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1951-2.2240.3347740.30461806188063
2.224-2.25440.37171000.31282214231476
2.2544-2.28660.38641250.30492310243585
2.2866-2.32080.38541300.28822565269592
2.3208-2.3570.34291350.27882813294898
2.357-2.39570.31961450.25972780292599
2.3957-2.4370.31291540.244827632917100
2.437-2.48130.31091410.239928182959100
2.4813-2.5290.31471400.243328512991100
2.529-2.58060.29541460.234927482894100
2.5806-2.63680.33041390.2442815295499
2.6368-2.69810.32941520.231728102962100
2.6981-2.76560.27861350.22852754288999
2.7656-2.84030.33051540.210328232977100
2.8403-2.92390.24981340.209227962930100
2.9239-3.01830.24781200.201228242944100
3.0183-3.12610.25191350.201828042939100
3.1261-3.25120.26241410.20328552996100
3.2512-3.39920.25031590.19022745290499
3.3992-3.57830.22451620.1728252987100
3.5783-3.80250.24471620.169327622924100
3.8025-4.09590.18461520.144428112963100
4.0959-4.50780.20451410.122428252966100
4.5078-5.15950.14071480.11022813296199
5.1595-6.49810.1871410.154528322973100
6.4981-48.92470.21561360.18072851298799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.08880.01460.15920.25540.0976-0.02280.14020.0712-0.0658-0.1537-0.1523-0.06110.0474-0.02570.00030.19520.0001-0.00780.21970.01950.2212-47.4397-28.524531.1075
20.13330.00380.00040.10410.08330.07150.15960.0872-0.034-0.2183-0.19850.1827-0.1465-0.1567-0.052-0.1692-0.02210.07720.27380.07960.1885-54.1756-5.369635.9408
30.074-0.01780.00760.1660.17650.26760.0011-0.00220.00950.0488-0.0478-0.0761-0.0252-0.1012-0.04170.1038-0.0659-0.00340.15520.01990.1253-47.0128-10.880644.3039
40.08370.07360.02740.08910.02420.01550.07210.04140.0372-0.06570.1052-0.0868-0.021-0.02310.02090.88810.03750.27710.4110.05260.3277-20.559525.5099-3.8042
50.06410.0779-0.03540.0882-0.04120.0409-0.0619-0.0790.0808-0.1703-0.04240.08160.04960.0369-0.00651.0679-0.075-0.10180.3397-0.03730.2576-36.634721.6737-2.5051
60.0298-0.0251-0.00970.041-0.0360.15360.12760.10490.161-0.1384-0.021-0.0262-0.0198-0.09050.01420.9268-0.15750.05020.20380.07510.0375-32.057732.9985-1.8874
70.0231-0.0090.02870.0062-0.01470.05750.07840.03210.081-0.3489-0.0743-0.1726-0.08550.0474-0.02640.6344-0.12770.12470.331-0.01090.2155-25.483922.73690.5266
80.32850.22660.15190.40030.17370.4661-0.1985-0.00380.1149-0.2445-0.0430.0682-0.41490.0659-0.26390.455-0.07670.09910.1109-0.00030.2007-35.001327.88856.0856
90.1310.0981-0.03120.0744-0.01960.0159-0.08790.05620.0755-0.09470.0640.13560.0299-0.0451-0.07630.512-0.01880.07430.14670.02520.1977-41.512727.22329.7478
10-0.00540.004-0.03040.022-0.01910.04150.0183-0.0912-0.0976-0.2733-0.0324-0.2902-0.01790.0705-00.3625-0.02390.0130.2937-0.04860.2818-26.72643.98587.8078
110.0058-0.0279-0.01110.0164-0.03990.06850.01960.0318-0.0397-0.0877-0.0289-0.2535-0.02030.1691-00.2945-0.03930.01540.2341-0.00970.188-28.98997.863417.4873
120.0238-0.0003-0.0360.00610.00770.0316-0.1303-0.13-0.06690.1051-0.1192-0.0128-0.00860.0878-0.00020.153-0.0266-0.01010.21220.00130.1672-33.598312.580223.6083
130.0495-0.04080.02270.0457-0.02340.00720.0623-0.0397-0.1245-0.11720.10330.0756-0.0112-0.063600.2398-0.03020.00710.13160.00470.1699-38.51224.591514.1123
140.04630.020.05140.02610.02270.04710.050.0450.0749-0.27440.1094-0.0493-0.1382-0.0843-0.00040.2104-0.0360.05360.13930.01620.1483-32.48779.384711.2121
150.03140.0228-0.010.03710.0451-0.0014-0.0027-0.00930.0114-0.04860.0103-0.1042-0.12480.08710.02320.17890.03110.08130.1640.02750.1581-33.912815.988117.3232
160.0759-0.05890.08460.1105-0.09980.0889-0.11170.14380.0176-0.07040.0175-0.118-0.20280.0509-0.00130.1942-0.0195-0.0050.18420.00820.2109-19.855828.678741.8005
170.0270.0425-0.00260.05730.00690.04330.2171-0.0968-0.2438-0.1331-0.0236-0.0661-0.1129-0.00440.00080.151-0.0082-0.04330.24010.0250.2001-30.272426.869845.9825
180.0191-0.0110.00770.0159-0.01510.0086-0.1193-0.02560.0681-0.102-0.00190.22060.02040.0446-00.45620.0272-0.02370.20570.03320.2191-31.042132.989435.9162
190.1043-0.0380.05650.0606-0.07660.2231-0.0771-0.0292-0.0127-0.11210.0723-0.0733-0.248-0.06860.0060.14710.001-0.00240.12450.00060.1622-21.573528.788846.4376
200.0612-0.04850.0090.103-0.06060.25130.01190.0428-0.09850.1528-0.0599-0.073-0.1340.00090.01180.11720.0228-0.01950.17430.00610.2039-11.243620.959969.27
210.0656-0.0682-0.09070.0520.05540.2290.13760.0097-0.05120.1492-0.062-0.0983-0.21030.23470.02620.1922-0.0204-0.05070.25660.01450.2268-4.378119.79767.6615
220.02130.0249-0.02310.0591-0.03060.06640.0405-0.0435-0.0588-0.1876-0.0015-0.040.0171-0.02730.05280.0125-0.0217-0.01790.16570.03460.18-35.241111.204348.3867
230.03540.02060.03630.0408-0.01060.05440.212-0.0936-0.02530.2066-0.0563-0.0499-0.0285-0.08940.11240.1142-0.1615-0.070.24820.04510.1739-29.0776.975368.3442
240.00890.0029-0.00350.04760.00210.0376-0.06070.0029-0.00960.27920.0657-0.0570.018-0.078900.1451-0.0061-0.02490.1567-0.0140.1695-14.957320.30679.6787
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260.027-0.01890.06850.04680.01020.10910.1146-0.122-0.13110.1372-0.2206-0.16180.03730.2734-0.06220.1757-0.07-0.080.1439-0.02660.1481-39.6417-12.730682.4034
270.0707-0.01080.05080.1364-0.08150.0837-0.03160.03350.01370.0381-0.00220.0535-0.05680.0549-0.00110.1368-0.0336-0.02840.1745-0.00490.1333-45.7953-12.91774.6514
280.0039-0.01590.0020.0043-0.00890.00850.0276-0.02460.10270.0550.15820.0712-0.0067-0.0244-0.00010.2887-0.01890.04470.156-0.0190.1669-50.4504-8.921496.961
290.00630.0257-0.0224-0.0022-0.00640.0162-0.1427-0.1760.08560.13860.19320.0916-0.0428-0.1239-00.25210.03110.02670.24320.04180.2398-64.7466-22.7897108.2129
300.00090.02710.00490.07780.06630.0344-0.0462-0.14590.19330.03160.27730.07490.05250.13420.00220.28340.04140.01640.24380.01860.1866-57.8289-20.4662103.9199
310.04-0.0490.04070.1123-0.07110.0095-0.082-0.1554-0.11440.37230.1365-0.1063-0.0708-0.06350.00970.34890.06940.10470.2790.05930.1969-64.0525-23.4263114.5986
320.19670.0370.16770.1599-0.07650.2293-0.2360.14890.19240.1476-0.15050.06910.5393-0.2121-0.26820.399-0.12230.16340.16330.08880.1517-62.1228-35.08475.9173
330.115-0.0319-0.12120.04630.02960.0884-0.00170.0762-0.0530.08910.0623-0.13130.098-0.08750.02130.2069-0.0714-0.00670.14480.00670.1781-58.0932-27.814366.0261
340.05670.0227-0.00690.07260.00790.004-0.0744-0.0956-0.09310.0466-0.0280.01460.19680.1623-0.0010.29810.00550.00370.2277-0.0090.1357-48.7947-31.851368.615
350.0729-0.1497-0.21410.0773-0.02090.0642-0.2145-0.05240.1269-0.20790.17470.08880.495-0.0625-0.07090.3788-0.06410.03420.13450.0340.1453-58.0114-30.592374.4433
360.08830.0565-0.05010.0283-0.0060.04-0.2002-0.0260.11070.18570.17450.20850.246-0.0886-0.00180.28380.0201-0.00070.22340.03840.2654-68.4738-23.395197.0969
370.04230.0003-0.05050.0151-0.03960.0799-0.14730.0577-0.00990.07850.17250.28080.2478-0.12070.00020.2371-0.00990.01570.30590.0950.3141-74.9098-21.954695.4642
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 14 through 136 )A14 - 136
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 137 through 157 )A137 - 157
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 158 through 255 )A158 - 255
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 15 through 31 )B15 - 31
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 32 through 44 )B32 - 44
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 45 through 58 )B45 - 58
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 59 through 72 )B59 - 72
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 73 through 114 )B73 - 114
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 115 through 136 )B115 - 136
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 137 through 157 )B137 - 157
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 158 through 182 )B158 - 182
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 183 through 197 )B183 - 197
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 198 through 219 )B198 - 219
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 220 through 242 )B220 - 242
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 243 through 256 )B243 - 256
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 1 through 39 )C1 - 39
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 40 through 52 )C40 - 52
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 53 through 67 )C53 - 67
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 68 through 133 )C68 - 133
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 134 through 184 )C134 - 184
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 185 through 223 )C185 - 223
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 1 through 102 )D1 - 102
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 103 through 114 )D103 - 114
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 115 through 151 )D115 - 151
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 152 through 215 )D152 - 215
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'L' and (resid 1 through 25 )L1 - 25
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'L' and (resid 26 through 102 )L26 - 102
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'L' and (resid 103 through 114 )L103 - 114
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'L' and (resid 115 through 151 )L115 - 151
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'L' and (resid 152 through 175 )L152 - 175
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'L' and (resid 176 through 212 )L176 - 212
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'H' and (resid 1 through 17 )H1 - 17
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'H' and (resid 18 through 39 )H18 - 39
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'H' and (resid 40 through 67 )H40 - 67
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'H' and (resid 68 through 133 )H68 - 133
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H' and (resid 134 through 184 )H134 - 184
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'H' and (resid 185 through 222 )H185 - 222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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