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万見
- PDB-5o09: BtubABC mini microtubule -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o09
タイトルBtubABC mini microtubule
要素
  • Bacterial kinesin light chain
  • Tubulin
  • Tubulin BtubB
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / bacterial cytoskeleton / microtubules
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-based process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule / hydrolase activity / protein serine/threonine kinase activity / GTPase activity / GTP binding
類似検索 - 分子機能
MalT-like TPR region / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Alpha tubulin / Beta tubulin / TPR repeat profile. / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site ...MalT-like TPR region / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Alpha tubulin / Beta tubulin / TPR repeat profile. / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tetratricopeptide repeats / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Bacterial kinesin light chain / Tubulin BtubB / Tubulin
類似検索 - 構成要素
生物種Prosthecobacter dejongeii (バクテリア)
Prosthecobacter vanneervenii (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Deng, X. / Bharat, T.A.M. / Lowe, J.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017
タイトル: Four-stranded mini microtubules formed by BtubAB show dynamic instability.
著者: Xian Deng / Gero Fink / Tanmay A M Bharat / Shaoda He / Danguole Kureisaite-Ciziene / Jan Löwe /
要旨: Microtubules, the dynamic, yet stiff hollow tubes built from αβ-tubulin protein heterodimers, are thought to be present only in eukaryotic cells. Here, we report a 3.6-Å helical reconstruction ...Microtubules, the dynamic, yet stiff hollow tubes built from αβ-tubulin protein heterodimers, are thought to be present only in eukaryotic cells. Here, we report a 3.6-Å helical reconstruction electron cryomicroscopy structure of four-stranded mini microtubules formed by bacterial tubulin-like BtubAB proteins. Despite their much smaller diameter, mini microtubules share many key structural features with eukaryotic microtubules, such as an M-loop, alternating subunits, and a seam that breaks overall helical symmetry. Using in vitro total internal reflection fluorescence microscopy, we show that bacterial mini microtubules treadmill and display dynamic instability, another hallmark of eukaryotic microtubules. The third protein in the gene cluster, BtubC, previously known as "bacterial kinesin light chain," binds along protofilaments every 8 nm, inhibits BtubAB mini microtubule catastrophe, and increases rescue. Our work reveals that some bacteria contain regulated and dynamic cytomotive microtubule systems that were once thought to be only useful in much larger and sophisticated eukaryotic cells.
履歴
登録2017年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年8月30日Group: Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / Item: _em_3d_fitting.target_criteria
改定 1.32017年10月4日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.pdb_format_compatible
改定 1.42018年10月3日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3726
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3726
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1A: Tubulin
1B: Tubulin BtubB
1C: Bacterial kinesin light chain
2A: Tubulin
2B: Tubulin BtubB
2C: Bacterial kinesin light chain
3A: Tubulin
3B: Tubulin BtubB
3C: Bacterial kinesin light chain
4A: Tubulin
4B: Tubulin BtubB
4C: Bacterial kinesin light chain
5A: Tubulin
5B: Tubulin BtubB
5C: Bacterial kinesin light chain
6A: Tubulin
6B: Tubulin BtubB
6C: Bacterial kinesin light chain
7A: Tubulin
7B: Tubulin BtubB
7C: Bacterial kinesin light chain
8A: Tubulin
8B: Tubulin BtubB
8C: Bacterial kinesin light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)972,47440
ポリマ－965,38224
非ポリマー7,09116
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Tubulin / Tubulin BtubA


分子量: 47071.582 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prosthecobacter dejongeii (バクテリア)
遺伝子: btubA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GCC5
#2: タンパク質
Tubulin BtubB


分子量: 46465.508 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prosthecobacter dejongeii (バクテリア)
遺伝子: btubB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GCC1
#3: タンパク質
Bacterial kinesin light chain


分子量: 27135.703 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prosthecobacter vanneervenii (バクテリア)
遺伝子: bklc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8Y5U5
#4: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1BtubABC mini microtubuleCOMPLEX#1-#30MULTIPLE SOURCES
2BtubABC mini microtubuleCOMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3BtubABC mini microtubuleCOMPLEX#31RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Prosthecobacter dejongeii (バクテリア)48465
33Prosthecobacter vanneervenii (バクテリア)48466
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 6105

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -5.54 ° / 軸方向距離/サブユニット: 79.31 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 257661 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: R-factor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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