PDB-5o05: GII.10 Vietnam 026 norovirus protruding domain in complex with Na...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5o05

タイトル

GII.10 Vietnam 026 norovirus protruding domain in complex with Nanobody Nano-42

要素

Capsid protein
Nanobody (VHH) Nano-42

キーワード

VIRAL PROTEIN / Norovirus / Protruding domain / capsid protein / Nanobody / VHH

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Vicugna pacos (アルパカ)

Norwalk virus (ノロウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Koromyslova, A.D. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017
タイトル: Nanobodies targeting norovirus capsid reveal functional epitopes and potential mechanisms of neutralization.
著者: Koromyslova, A.D. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2017年5月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年4月10日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5o05.cif.gz	350.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5o05.ent.gz	283.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5o05.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/5o05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/5o05	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5o02C 5o03C 5o04C 5ommC 5omnC 3onuS 4x4cS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4x7c-d 4x7e-d 4x7d-d 7433 3wfq-4 7k84-d 1t2k-d 3wfq-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

C: Nanobody (VHH) Nano-42

D: Nanobody (VHH) Nano-42

A: Capsid protein

B: Capsid protein

ヘテロ分子

97.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.930, 105.360, 107.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	Nanobody (VHH) Nano-42 分子量: 13189.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / プラスミド: pHEN6C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): WK6
#2: タンパク質	Capsid protein 分子量: 34506.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norwalk virus (ノロウイルス) / Variant: Vietnam 026 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F4T5
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.98 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium iodide, 20% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.8729 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→47.327 Å / Num. obs: 68217 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.497 % / B_iso Wilson estimate: 28.38 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_rim(I) all: 0.102 / Χ²: 1.051 / Net I/σ(I): 13.08

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2-2.12	4.646	0.742	2.15	10775	0.749	0.838	98.8
2.12-2.27	4.623	0.499	3.16	10276	0.853	0.564	99.9
2.27-2.45	4.501	0.32	4.64	9603	0.923	0.363	99.9
2.45-2.68	4.332	0.204	6.86	8800	0.967	0.232	99.5
2.68-2.99	4.407	0.122	10.93	8013	0.988	0.139	99.9
2.99-3.46	4.658	0.073	18.9	7108	0.996	0.082	99.9
3.46-4.23	4.511	0.04	31.37	6092	0.998	0.046	100
4.23-5.95	4.138	0.029	39.81	4755	0.999	0.033	99.5
5.95-47.327	4.392	0.025	45.98	2795	0.999	0.028	99.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.33 Å	48.01 Å
Translation	7.33 Å	48.01 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ONU and 4X4C

3onu

4x4c

解像度: 2→47.327 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.26

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2215	3409	5 %
R_work	0.1799	-	-
obs	0.182	68128	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47.327 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6399	0	156	414	6969

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6720
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.082	9124
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.386	2350
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1019
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1186

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9989-2.0275	0.3244	136	0.2764	2589	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0275-2.0577	0.3376	139	0.2667	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0577-2.0899	0.2811	141	0.2537	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0899-2.1242	0.2915	140	0.2386	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1242-2.1608	0.2635	140	0.2351	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1608-2.2001	0.2703	142	0.2257	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2001-2.2424	0.2659	142	0.2275	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2424-2.2882	0.2627	140	0.2157	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2882-2.3379	0.2396	139	0.2041	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3379-2.3923	0.2159	143	0.2034	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3923-2.4521	0.2433	142	0.1975	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4521-2.5184	0.243	139	0.1908	2653	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5184-2.5925	0.2223	141	0.1872	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5925-2.6762	0.2152	141	0.1814	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6762-2.7718	0.2209	143	0.1822	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7718-2.8828	0.2176	141	0.1875	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8828-3.014	0.225	143	0.177	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.014-3.1729	0.2353	143	0.176	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1729-3.3716	0.2297	142	0.1748	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3716-3.6318	0.1896	144	0.1674	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6318-3.9971	0.1841	144	0.1517	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9971-4.5751	0.1847	145	0.137	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5751-5.7626	0.1894	146	0.1465	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7626-47.3397	0.2263	153	0.1813	2895	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6208	-1.5957	0.7085	9.694	-6.936	5.0056	0.4468	-0.8178	-0.7017	-0.3805	-0.5387	-0.2736	1.3401	0.0557	0.0693	0.4089	-0.0556	0.0979	0.6241	0.4905	0.8564	-32.0704	-51.1788	42.6879
2	0.4328	0.5475	-0.4638	1.1774	-0.5843	0.5253	0.3382	-1.1252	-0.4634	0.4874	-0.7665	-0.391	0.2291	-0.0197	0.3625	0.5329	-0.2429	-0.0772	0.8729	0.2129	0.4209	-32.2801	-41.1316	50.2772
3	1.098	-1.3087	0.602	1.5671	-0.7775	3.5911	0.6964	-0.5277	1.3517	0.9007	-0.4117	-0.4327	-0.308	0.3613	-0.2595	0.796	-0.481	-0.0291	1.602	0.2468	0.8022	-32.3748	-31.5442	59.1887
4	0.0839	0.2996	0.7213	1.4404	1.9198	7.606	0.3868	-1.0628	-0.9546	0.2034	-0.3747	-0.4852	0.4425	0.5557	-0.0303	0.3715	-0.1236	-0.1458	1.2407	0.3937	0.7239	-24.922	-42.2805	51.6715
5	2.8792	1.0888	-0.9203	2.225	-2.2328	6.8016	0.1755	-1.0609	-0.3336	0.1469	-0.2135	-0.1951	0.0568	-0.1787	0.0147	0.3429	-0.0977	0.0218	0.5623	0.1903	0.4481	-35.4603	-43.0301	47.5241
6	3.9499	-1.8638	2.695	4.9147	-3.7017	3.3103	0.5956	0.5696	-1.1845	-0.8716	0.1122	0.1931	2.4938	0.0211	-0.6427	0.7396	-0.0537	-0.0702	0.6648	-0.3591	0.9286	-23.64	-51.8103	-18.5158
7	2.9565	-4.4187	-2.4199	8.7359	0.1687	7.6632	1.1788	0.9045	0.0805	-1.5427	-1.466	-0.2607	1.852	1.0377	0.251	0.9431	0.0867	-0.0581	1.2082	0.0694	0.4557	-21.1463	-45.5601	-41.2891
8	5.7736	-2.6035	1.1455	6.6397	-1.1261	8.4916	1.2539	1.1651	-0.8134	-0.3911	-0.1701	1.1758	0.6871	-1.2209	-1.1327	0.3795	0.0326	-0.1137	0.7154	-0.2095	0.8414	-26.7346	-46.9083	-25.9029
9	5.8169	-3.4017	0.7417	6.2662	0.9282	0.5364	0.3222	1.1202	-0.5481	0.1932	-0.6548	0.9164	0.4019	-0.1564	0.293	0.3242	-0.0273	-0.0516	0.5131	-0.1966	0.5395	-21.4887	-42.1502	-18.8656
10	4.5709	2.5541	-6.4223	1.9311	-3.6003	9.0455	-0.1796	0.7108	1.0173	-0.2913	0.4413	0.2904	0.2207	-1.3861	-0.2443	0.4812	0.1991	0.0018	0.8638	0.0442	0.4881	-6.0869	-43.5699	-28.1216
11	2.538	-2.5553	1.7476	5.9799	3.1653	8.3436	0.3355	1.5062	-0.0213	-0.9855	-0.8169	0.1806	-0.0299	0.0756	0.4391	0.4427	0.2	-0.0308	0.7103	-0.0512	0.3208	-22.0309	-34.9095	-26.0802
12	2.9325	-0.8454	2.2921	5.5977	-1.182	1.8507	0.374	1.6195	0.5058	-0.6245	-0.3771	0.4123	-0.3685	-0.8451	0.0812	0.5962	0.2784	-0.1165	1.1214	-0.1288	0.4779	-21.6634	-40.9554	-34.3074
13	3.3856	-1.3395	2.271	4.5477	0.1537	1.8044	-0.0407	1.3714	-0.7276	0.201	-0.4443	0.5739	1.0217	0.229	0.5434	0.4139	0.042	0.0126	0.6237	-0.2686	0.4437	-18.3765	-45.1295	-21.1236
14	9.5809	-3.2438	-5.8357	2.3934	4.8028	9.7119	-0.3625	-0.2524	-1.191	-0.2007	0.1107	-0.41	2.0182	0.2376	0.2531	0.587	-0.0013	0.0666	0.2098	-0.0317	0.439	-20.5109	-40.1086	-4.2357
15	3.1808	-0.1893	2.2545	4.6949	-0.2083	8.6008	0.3062	1.1193	-0.3948	0.0587	-0.307	0.3052	1.2307	0.3278	-0.0224	0.3804	0.0974	-0.0165	0.6314	-0.2677	0.6027	-16.7539	-48.5113	-24.05
16	1.8392	-0.5791	0.2362	1.8408	0.5603	2.3364	0.0113	0.1378	-0.1079	-0.0975	-0.0299	-0.0072	0.2438	0.0618	0.0242	0.1854	-0.0147	0.0192	0.1706	-0.0077	0.183	-18.3152	-16.6568	1.4568
17	6.3754	1.7442	1.5679	5.3126	2.6941	1.8724	-0.0356	0.1365	0.4113	-0.1774	0.1574	-0.6135	-0.3505	0.6152	-0.0675	0.2946	-0.0927	-0.0084	0.3734	0.0062	0.2789	-5.8535	4.5498	13.552
18	1.8099	-0.4809	-0.606	1.3648	0.519	2.6853	-0.024	-0.0933	0.2155	0.0516	0.1278	-0.3455	-0.401	0.5606	-0.1006	0.2107	-0.1083	-0.0383	0.2843	-0.0162	0.2653	-7.2416	1.0535	13.8891
19	1.2326	-0.0694	0.4025	1.9223	0.1944	2.2829	0.061	0.1884	0.0483	-0.2638	0.0071	-0.3461	-0.1324	0.3517	-0.0615	0.1985	-0.0472	0.0637	0.2506	0.0055	0.2095	-12.3825	-5.1444	-1.6428
20	1.9657	0.2326	0.2604	4.3389	1.4222	4.3762	-0.0376	0.176	-0.1122	-0.1112	-0.0692	0.3183	0.2391	-0.1101	0.0912	0.2151	-0.0255	0.0226	0.1632	-0.0259	0.1927	-23.6173	-24.257	-3.8972
21	1.2662	-0.1418	-0.2152	1.6447	-0.7214	2.4234	-0.0375	0.0794	0.035	-0.023	0.0388	0.0848	-0.0898	-0.2611	0.0043	0.1515	-0.0124	0.0178	0.165	-0.0135	0.1546	-32.8906	-7.2697	18.5312
22	1.0051	0.0779	-0.1738	1.21	-0.5461	2.503	0.022	0.0001	0.1347	0.1759	0.0259	0.1035	-0.335	-0.1557	-0.0499	0.2261	0.0135	0.0028	0.1718	-0.011	0.2086	-31.7216	2.1855	19.8456
23	1.9747	0.7727	0.0552	4.0822	-0.5885	3.7572	0.0344	-0.2155	-0.219	0.0785	-0.1381	-0.302	0.289	0.1368	0.0849	0.2094	0.001	0.0196	0.1739	0.0337	0.2232	-25.03	-24.1146	29.6514

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 1 through 7 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 8 through 59 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 60 through 66 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 67 through 82 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 83 through 118 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 1 through 7 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 8 through 17 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 18 through 26 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 27 through 39 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 40 through 45 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 46 through 76 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 77 through 90 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 91 through 99 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 100 through 106 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 107 through 118 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 224 through 279 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 280 through 307 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 308 through 390 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'A' and (resid 391 through 455 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'A' and (resid 456 through 538 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 224 through 327 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 328 through 455 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 456 through 538 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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