PDB-5nz7: Clostridium thermocellum cellodextrin phosphorylase ligand free form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nz7

タイトル

Clostridium thermocellum cellodextrin phosphorylase ligand free form

要素

Cellodextrin phosphorylase

キーワード

HYDROLASE / glycoside hydrolase family 94 / cellodextrin phosphorylase / cellulose synthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosyltransferase activity / cellulose catabolic process / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium thermocellum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

O'Neill, E.C. / Pergolizzi, G. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Nepogodiev, S.A. / Field, R.A.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: Carbohydr. Res. / 年: 2017
タイトル: Cellodextrin phosphorylase from Ruminiclostridium thermocellum: X-ray crystal structure and substrate specificity analysis.
著者: O'Neill, E.C. / Pergolizzi, G. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Nepogodiev, S.A. / Field, R.A.

履歴

登録	2017年5月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nz7.cif.gz	777.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nz7.ent.gz	634.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nz7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5nz7_validation.pdf.gz	441.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nz7_full_validation.pdf.gz	450.1 KB	表示
XML形式データ	5nz7_validation.xml.gz	64.2 KB	表示
CIF形式データ	5nz7_validation.cif.gz	89.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/5nz7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/5nz7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nz8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3iqy-1 6i1k-d 5nz8-d 1m6n-1 8749 2ct8-d 3nv8-1 7k79-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cellodextrin phosphorylase

B: Cellodextrin phosphorylase

ヘテロ分子

229 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.640, 151.810, 91.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.600, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 984 / Label seq-ID: 26 - 1009

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Cellodextrin phosphorylase 分子量: 114497.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The protein was expressed with a 25 residue nickel affinity tag with sequence MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMLEDP appended to the N-terminus of the full-length amino acid sequence. 由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア) 遺伝子: cdp-ym4 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q93HT8
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: NULL

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50.6 Å / Num. obs: 93120 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.093 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 522852 / Scaling rejects: 7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.3-2.36	3.4	0.857	0.594	0.539	1.016	97.3
10.29-50.6	5.9	0.039	0.997	0.018	0.043	98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.1.16	データスケーリング
REFMAC	5	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3→47.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 14.929 / SU ML: 0.175 / SU R Cruickshank DPI: 0.3365 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.336 / ESU R Free: 0.217
詳細: U VALUES WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2227	4668	5 %	RANDOM
R_work	0.1905	-	-	-
obs	0.1922	88414	99.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 136.29 Å² / B_iso mean: 66.509 Å² / B_iso min: 34.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.55 Å²	0 Å²	0.14 Å²
2-	-	0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→47.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15108	0	6	233	15347
B_iso mean	-	-	59.58	52.08	-
残基数	-	-	-	-	1962

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	15453
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	14119
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.177	1.944	21022
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.807	3	32232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.103	5	1958
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.685	24.256	712
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.443	15	2362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.638	15	71
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	2359
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	17975
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	3764

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 56259 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	330	-
R_work	0.317	6376	-
all	-	6706	-
obs	-	-	97.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0537	0.2107	1.8615	1.7528	-0.6287	4.5578	0.0279	-0.4446	0.3491	0.3811	0.0223	-0.3286	-0.2317	0.4068	-0.0503	0.1164	-0.0051	-0.0326	0.5047	-0.2743	0.3446	22.7638	-11.3433	41.9682
2	2.5137	-0.6864	0.1062	1.7089	0.1041	1.1784	-0.0957	-0.5373	-0.3462	0.3042	0.1782	0.2834	0.1325	-0.0107	-0.0825	0.1141	0.0022	0.0309	0.2401	0.1038	0.0831	-13.6806	-32.0781	43.539
3	2.9475	-1.2203	-1.0053	2.494	0.9663	0.5116	-0.1877	-0.4454	-0.2321	0.2168	0.1305	0.1652	0.1584	0.1633	0.0571	0.2353	0.0837	-0.0871	0.278	0.1141	0.1358	0.6385	-46.9584	36.14
4	2.1472	-0.281	-0.4699	1.2498	-0.0643	2.9327	-0.004	0.205	-0.2027	-0.177	-0.0761	0.1547	0.0491	-0.1709	0.0801	0.1783	0.029	-0.0558	0.1518	-0.0145	0.1398	-5.0399	-49.8857	9.3549
5	3.1831	0.2264	0.0054	1.7315	0.9988	2.094	-0.0688	0.4185	0.2046	-0.4563	-0.031	-0.1407	-0.0833	0.0061	0.0998	0.2378	0.0417	0.0204	0.1979	0.0361	0.1258	11.07	-43.6002	0.6677
6	1.6272	-0.4651	-0.8414	2.7019	-0.1245	1.5049	-0.0821	-0.3346	-0.2449	-0.0265	0.1389	-0.1633	0.2831	0.2858	-0.0568	0.1194	0.0871	-0.0778	0.2242	0.0392	0.1608	16.9871	-49.6315	24.4185
7	1.8229	-1.0594	-0.6698	5.6276	1.5946	2.5642	-0.3206	-1.0878	-0.1461	0.9885	0.27	0.4925	-0.1295	-0.1057	0.0505	0.49	0.1313	0.1603	0.8059	0.0844	0.2462	-33.576	-13.7154	57.4339
8	2.8863	-1.1393	-0.0856	1.6423	0.0472	0.9734	0.0204	-0.2812	0.7062	-0.0081	0.1109	-0.4068	-0.1251	0.1695	-0.1313	0.0463	-0.0634	0.0374	0.1092	-0.112	0.2102	-4.841	-0.2402	30.5753
9	4.4619	-3.1859	1.8602	4.0283	-2.8757	2.4152	0.1755	0.173	0.1925	-0.2613	-0.0608	0.1036	-0.0083	0.0464	-0.1147	0.1772	-0.0568	-0.0004	0.1001	-0.025	0.1793	-26.8972	3.7829	23.2661
10	1.5183	-0.3331	0.6496	2.6819	1.3672	1.457	0.3483	0.5538	0.0784	-0.7597	-0.1667	0.1112	-0.1607	0.0697	-0.1816	0.459	-0.0115	-0.0487	0.3462	0.1361	0.2735	-29.6452	-1.9049	1.2621
11	1.8131	-0.8422	-1.3835	0.4842	0.6567	4.1101	0.1985	0.4829	-0.4944	-0.2892	-0.1244	0.3635	0.3028	-0.2909	-0.0741	0.5226	-0.173	-0.3376	0.4059	0.0329	0.5377	-45.8615	-11.7098	5.1345
12	3.0921	-0.2076	0.4699	2.9958	-0.5617	1.556	-0.0531	0.0424	0.3719	-0.2889	0.2003	0.4462	-0.1782	-0.2428	-0.1472	0.077	-0.0051	-0.0043	0.1529	0.0562	0.2288	-42.4672	5.5541	22.1337

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 117
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	118 - 431
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	432 - 494
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	495 - 643
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	644 - 801
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	802 - 984
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 117
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	118 - 455
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	456 - 497
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	498 - 621
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	622 - 785
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	786 - 984

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)