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万見
- PDB-5nz3: The structure of the thermobifida fusca guanidine III riboswitch ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nz3
タイトルThe structure of the thermobifida fusca guanidine III riboswitch with methylguanidine
要素RNA (41-MER)
キーワードRNA / guanidine III riboswitch / stem-loop / pseudoknot / gene regulation
機能・相同性1-METHYLGUANIDINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Thermobifida fusca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.059 Å
データ登録者Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKprogram grant A18604 英国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2017
タイトル: Structure of the Guanidine III Riboswitch.
著者: Huang, L. / Wang, J. / Wilson, T.J. / Lilley, D.M.J.
履歴
登録2017年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_CC_half
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (41-MER)
B: RNA (41-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,20812
ポリマ－26,9222
非ポリマー28710
水39622
1
A: RNA (41-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6768
ポリマ－13,4611
非ポリマー2157
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RNA (41-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5324
ポリマ－13,4611
非ポリマー723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.491, 83.491, 66.071
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: RNA鎖 RNA (41-MER)


分子量: 13460.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermobifida fusca (バクテリア)
#2: 化合物 ChemComp-MGX / 1-METHYLGUANIDINE / メチルグアニジン


分子量: 73.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7N3
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M Magnesium acetate, 0.05 M MES pH 5.6, 20% v/v 2-Methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.92019 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92019 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.059→48.775 Å / Num. obs: 31161 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 15.07 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1061 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 11.15
反射 シェル解像度: 2.06→2.09 Å / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 2.233 / Num. unique obs: 788 / CC1/2: 0.723 / Rpim(I) all: 0.603 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2219: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.059→48.775 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2737 1572 5.04 %
Rwork0.2185 --
obs0.221 31161 97.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.059→48.775 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1770 14 22 1806
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071984
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4393100
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.956944
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062404
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01183
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0593-2.12580.40521410.39322650X-RAY DIFFRACTION96
2.1258-2.20180.38521650.37382661X-RAY DIFFRACTION98
2.2018-2.28990.43531480.37622620X-RAY DIFFRACTION97
2.2899-2.39420.41791310.33512706X-RAY DIFFRACTION97
2.3942-2.52040.37781750.33192619X-RAY DIFFRACTION97
2.5204-2.67830.3351510.33042656X-RAY DIFFRACTION97
2.6783-2.8850.37811340.29922749X-RAY DIFFRACTION98
2.885-3.17530.27621330.21722632X-RAY DIFFRACTION98
3.1753-3.63470.22791120.15872795X-RAY DIFFRACTION99
3.6347-4.57880.20391210.17312746X-RAY DIFFRACTION100
4.5788-48.78840.22251610.17122755X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.70673.84833.73575.50665.40628.38440.0078-0.4181-0.50670.4475-0.2415-0.06560.66340.5279-0.02120.3050.00240.05150.69670.04140.2971-23.526627.0947-6.8974
21.47030.24710.25080.7575-0.24550.7783-0.0535-0.0516-0.2849-0.02780.0432-0.2440.12790.06460.03170.3114-0.04220.01950.46670.00030.237-36.014123.0502-13.0495
31.33980.1555-0.03580.36340.07821.0953-0.24570.1068-0.2277-0.0380.1066-0.17360.0857-0.01720.0950.3231-0.04390.03240.38540.00880.2722-34.050423.7995-13.9943
40.84540.1410.71771.65290.91160.97340.0962-0.30580.5772-0.2678-0.31210.02960.06770.21030.1226-0.0493-0.01380.49441.66690.57081.5808-47.43652.2996-18.3132
51.1678-0.5447-0.35660.2640.16980.0143-0.05670.30960.85360.55550.18671.29-0.108-0.32480.0980.2560.09360.09411.04050.19011.3326-35.461854.2518-11.5484
61.2943-0.7578-0.81110.70870.61920.82080.17010.26831.17570.061-0.04521.4845-0.3044-1.12770.0250.44410.24610.07031.28090.03031.8212-37.350555.5865-11.6398
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 5 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 6 through 25 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 26 through 41 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 5 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 6 through 25 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 26 through 41 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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