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Yorodumi- PDB-5nz6: The structure of the thermobifida fusca guanidine III riboswitch ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5nz6 | ||||||
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Title | The structure of the thermobifida fusca guanidine III riboswitch with guanidine in space group P3212. | ||||||
Components | RNA (41-MER) | ||||||
Keywords | RNA / guanidine III riboswitch / stem-loop / pseudoknot / gene regulation | ||||||
Function / homology | GUANIDINE / RNA / RNA (> 10) Function and homology information | ||||||
Biological species | Thermobifida fusca (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.94 Å | ||||||
Authors | Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J. | ||||||
Citation | Journal: Cell Chem Biol / Year: 2017 Title: Structure of the Guanidine III Riboswitch. Authors: Huang, L. / Wang, J. / Wilson, T.J. / Lilley, D.M.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5nz6.cif.gz | 68.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5nz6.ent.gz | 53.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5nz6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5nz6_validation.pdf.gz | 418.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5nz6_full_validation.pdf.gz | 426 KB | Display | |
Data in XML | 5nz6_validation.xml.gz | 4.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5nz6_validation.cif.gz | 5.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/5nz6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/5nz6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5nwqSC 5ny8C 5nz3C 5nzdC 5o62C 5o69C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: RNA chain | Mass: 13420.789 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Thermobifida fusca (bacteria) |
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#2: Chemical | ChemComp-GAI / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 60% v/v Tacsimate pH 7.0 |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.92019 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 24, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92019 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.94→49.41 Å / Num. obs: 16177 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / Redundancy: 21.57 % / CC1/2: 0.965 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 18.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.94→2.99 Å / Redundancy: 21.1 % / Rmerge(I) obs: 1.658 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 434 / CC1/2: 0.964 / Rpim(I) all: 0.367 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5NWQ Resolution: 2.94→32.938 Å / SU ML: 0.49 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 30.5
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.94→32.938 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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