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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nyt | ||||||||||||||||||||
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タイトル | M2 G-quadruplex 20 wt% ethylene glycol | ||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / quadruplex. cosolute | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ![]() Trajkovski, M. / Plavec, J. / Endoh, T. / Tateishi-Karimata, H. / Sugimoto, N. | ![]() ![]() タイトル: Pursuing origins of (poly)ethylene glycol-induced G-quadruplex structural modulations. 著者: Trajkovski, M. / Endoh, T. / Tateishi-Karimata, H. / Ohyama, T. / Tanaka, S. / Plavec, J. / Sugimoto, N. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 131 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 105.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 384.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 443.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5nysC ![]() 5nyuC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6321.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 0.2 mM 0 M2 20EG, 90% H2O/10% D2O / Label: M2 20EG / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 0.2 mM / 構成要素: M2 20EG / Isotopic labeling: 0 |
試料状態 | イオン強度: 120 mM / Label: M2 20EG / pH: 6.5 / 圧: 1 bar / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |