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- PDB-5nyb: A C145A mutant of Nesterenkonia AN1 amidase bound to adipamide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nyb
タイトルA C145A mutant of Nesterenkonia AN1 amidase bound to adipamide
要素Amidase
キーワードHYDROLASE / active site / amidase / amide / adipamide / cysteine 145 / alanine 145 / nitrilase superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


amidase / N-carbamoylputrescine amidase activity / putrescine biosynthetic process from arginine / amidase activity
類似検索 - 分子機能
(R)-stereoselective amidase RamA-like / : / Nitrilase/N-carbamoyl-D-aminoacid amidohydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
adipamide / Amidase
類似検索 - 構成要素
生物種Nesterenkonia sp. 10004 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Kimani, S.W. / Sewell, B.T.
資金援助 南アフリカ, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation91532 南アフリカ
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Substrate recognition by an amidase of the nitrilase superfamily
著者: Kimani, S.W. / Venter, G.A. / Sewell, B.T.
履歴
登録2017年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2132
ポリマ－30,0691
非ポリマー1441
水1,11762
1
A: Amidase
ヘテロ分子

A: Amidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4264
ポリマ－60,1372
非ポリマー2882
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area19870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.254, 114.769, 64.842
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-417-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Amidase


分子量: 30068.686 Da / 分子数: 1 / 変異: C145A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nesterenkonia sp. 10004 (バクテリア)
遺伝子: Nit2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D0VWZ1, amidase
#2: 化合物 ChemComp-9EE / adipamide / アジポアミド


分子量: 144.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12N2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.86 % / Mosaicity: 0.832 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.0 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→100 Å / Num. obs: 23407 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 1.088 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 106081
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.88-1.914.40.5611400.68198.3
1.91-1.954.50.44111240.744198.8
1.95-1.984.60.42511370.734199
1.98-2.034.50.3511740.76199.7
2.03-2.074.60.30111340.836199.9
2.07-2.124.60.27511670.843199.8
2.12-2.174.60.27611650.8121100
2.17-2.234.60.23611540.8731100
2.23-2.294.60.21211660.791100
2.29-2.374.60.17111670.8291100
2.37-2.454.60.17111730.843199.9
2.45-2.554.60.15311680.832199.9
2.55-2.674.60.12111540.8641100
2.67-2.814.60.10911740.9071100
2.81-2.984.60.09711821.1531100
2.98-3.214.50.09111721.7111100
3.21-3.544.50.08211842.1641100
3.54-4.054.50.06312002.1621100
4.05-5.14.40.04612041.5991100
5.1-1004.20.04112681.569198.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HKX

3hkx


解像度: 1.88→32.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.186 / WRfactor Rwork: 0.1462 / FOM work R set: 0.8304 / SU B: 3.446 / SU ML: 0.098 / SU R Cruickshank DPI: 0.1229 / SU Rfree: 0.1252 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2152 1199 5.1 %RANDOM
Rwork0.1679 ---
obs0.1702 22154 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.77 Å2 / Biso mean: 26.398 Å2 / Biso min: 14.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.88→32.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1961 0 10 62 2033
Biso mean--32.82 32.96 -
残基数----262
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0192019
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021948
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7561.9892757
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0293.0034474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1175264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.6823.86488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.63315301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8731517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02441
LS精密化 シェル解像度: 1.881→1.929 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 100 -
Rwork0.265 1497 -
all-1597 -
obs--93.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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