PDB-5ny5: The apo structure of 3,4-dihydroxybenzoic acid decarboxylases fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ny5

タイトル

The apo structure of 3,4-dihydroxybenzoic acid decarboxylases from Enterobacter cloacae

要素

3,4-dihydroxybenzoate decarboxylase

キーワード

HYDROLASE / UbiD-family / Carboxylation / Catechols / Prenylated FMN

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxy-lyase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter cloacae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.501 Å

データ登録者

Dordic, A. / Gruber, K. / Payer, S. / Glueck, S. / Pavkov-Keller, T. / Marshall, S. / Leys, D.

資金援助

オーストリア, 2件

引用

ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2017
タイトル: Regioselective para-Carboxylation of Catechols with a Prenylated Flavin Dependent Decarboxylase.
著者: Stefan E Payer / Stephen A Marshall / Natalie Bärland / Xiang Sheng / Tamara Reiter / Andela Dordic / Georg Steinkellner / Christiane Wuensch / Susann Kaltwasser / Karl Fisher / Stephen E J ...
要旨: The utilization of CO as a carbon source for organic synthesis meets the urgent demand for more sustainability in the production of chemicals. Herein, we report on the enzyme-catalyzed para- ...

履歴

登録	2017年5月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2020年11月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / Item: _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ny5.cif.gz	380.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ny5.ent.gz	314.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ny5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/5ny5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/5ny5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3718C 5o3mC 5o3nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5o3m-d 5o3n-1 5m1d-1 5m1e-1 4c56-d 2idb-1 5m1b-1 6h6v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 3,4-dihydroxybenzoate decarboxylase

B: 3,4-dihydroxybenzoate decarboxylase

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: 3,4-dihydroxybenzoate decarboxylase

ヘテロ分子

B: 3,4-dihydroxybenzoate decarboxylase

ヘテロ分子

B: 3,4-dihydroxybenzoate decarboxylase

ヘテロ分子

A: 3,4-dihydroxybenzoate decarboxylase

ヘテロ分子

A: 3,4-dihydroxybenzoate decarboxylase

ヘテロ分子

A: 3,4-dihydroxybenzoate decarboxylase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: microscopy, We solved cryo-EM structure to 4.6A of this hexameric assembly
326 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_655	-y+1,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_665	-x+y+1,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	13_544	x+1/3,y-1/3,z-1/3	1
crystal symmetry operation	14_654	-y+4/3,x-y+2/3,z-1/3	1
crystal symmetry operation	15_554	-x+y+1/3,-x+2/3,z-1/3	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	209.907, 209.907, 162.179
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質	3,4-dihydroxybenzoate decarboxylase 分子量: 54116.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SeMet variant of EcAroY 由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2DCZ6
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.65 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.15 M L-Arginine, 0.075 M sodium acetate pH 5.0, 6 % w/v PGA protein concentrations of 5.5 and 14 mg/mL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→48.06 Å / Num. obs: 47197 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 22.3
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 19.9 % / R_merge(I) obs: 0.779 / Num. unique obs: 4613 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.501→48.06 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.3

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2359	2360	5 %
R_work	0.2014	-	-
obs	0.2032	47196	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.501→48.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7422	0	24	235	7681

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7643
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.56	10405
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.105	4633
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1174
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1380

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5013-2.5524	0.3549	135	0.3239	2571	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5524-2.6079	0.3776	137	0.2869	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6079-2.6686	0.3381	139	0.2815	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6686-2.7353	0.308	137	0.2644	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7353-2.8092	0.2777	138	0.2426	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8092-2.8919	0.2744	138	0.2535	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8919-2.9852	0.3237	138	0.2515	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9852-3.0919	0.3159	139	0.2681	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0919-3.2157	0.2869	138	0.2487	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2157-3.362	0.272	139	0.23	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
3.362-3.5392	0.2539	138	0.2121	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5392-3.7608	0.2228	139	0.1998	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7608-4.0511	0.2266	139	0.1913	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0511-4.4585	0.196	140	0.166	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4585-5.103	0.2071	140	0.1582	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
5.103-6.4269	0.1885	141	0.1766	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4269-48.1541	0.1776	145	0.163	2753	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.959	0.4137	-0.6764	2.2945	0.1146	1.2852	0.0716	0.1535	-0.0364	0.023	-0.0091	-0.2994	0.0776	0.1706	-0.0762	0.5419	0.1039	0.1004	0.6544	0.0716	0.6906	40.9442	97.2612	50.7682
2	1.8718	0.2345	0.5688	1.3769	-0.1458	1.9827	-0.0524	0.4841	0.911	-0.3405	0.1863	-0.2014	-0.5839	-0.1112	-0.1736	0.8339	0.0545	0.2111	0.8643	0.1797	1.0842	41.3656	115.0741	43.6557
3	1.7117	-0.3175	-0.4114	0.877	0.3408	1.3693	0.1371	0.5296	0.3955	-0.3293	0.0409	-0.3982	-0.2625	0.169	-0.1682	0.703	0.0818	0.1698	0.7137	0.1449	0.8314	39.9645	109.2858	47.0284
4	0.6835	-0.7179	-0.0547	1.3145	-0.0548	1.2393	0.0352	0.1243	-0.1002	0.034	0.1265	0.277	-0.0081	-0.4504	-0.1506	0.4986	-0.0052	0.0766	0.7513	-0.0395	0.736	58.9225	66.5602	24.225
5	0.3723	-0.501	0.5495	1.5287	-0.0217	1.4567	-0.1186	-0.0647	0.2524	0.4439	0.1569	-0.142	-0.2338	0.1621	-0.0311	0.6531	0.0824	0.0988	0.7778	-0.0673	0.7607	65.2438	80.7952	38.6625
6	1.4078	-0.7862	-0.4731	1.2055	0.6594	1.3248	-0.0117	-0.2917	0.2304	0.2344	0.1484	-0.0678	-0.1955	-0.0991	-0.1126	0.564	0.0288	0.0523	0.6777	-0.0624	0.6348	65.8961	78.0925	34.7874
7	1.057	0.2791	-0.1195	0.8748	-0.2196	0.8637	-0.0965	0.0701	0.085	-0.0242	0.0522	0.1249	-0.1025	-0.121	0.0311	0.4246	0.0056	-0.0261	0.4928	-0.0209	0.4741	85.149	67.79	10.8709
8	8.1158	0.2357	1.1472	3.0947	0.5	1.0871	-0.4472	0.6455	-0.0157	-0.2574	0.2016	0.5213	-0.1979	-0.2658	0.314	0.6126	0.0461	-0.1201	0.7	0.0041	0.7944	61.9845	55.144	-5.1277
9	1.0068	-0.6438	0.3387	0.8192	-0.0218	1.0435	0.029	-0.0091	-0.0183	0.0545	-0.0244	-0.1236	0.0678	0.1402	-0.0127	0.4381	0.0059	0.0097	0.4537	0.0475	0.4403	18.5344	113.488	69.4433
10	2.6604	0.0539	0.5827	2.5658	-0.6812	1.7446	-0.1276	-0.2243	-0.3836	0.5903	0.0692	-0.5141	0.0132	0.7399	0.0504	0.6943	0.0831	-0.0721	0.81	0.1119	0.8429	28.7151	88.784	85.3262

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 148 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 149 through 223 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 224 through 343 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 4 through 106 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 107 through 221 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 222 through 330 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 331 through 473 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 474 through 491 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 344 through 473 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 474 through 491)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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