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- PDB-5m1b: Crystal structure of C-terminally tagged apo-UbiD from E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m1b
タイトルCrystal structure of C-terminally tagged apo-UbiD from E. coli
要素3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
キーワードLYASE / UbiD / decarboxylase / ubiquinone biosynthesis / prFMN binding
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-3-polyprenylbenzoate decarboxylase / 4-hydroxy-3-polyprenylbenzoate decarboxylase activity / ubiquinone biosynthetic process / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / UbiD decarboxylyase, bacteria / UbiD C-terminal domain-like / UbiD C-terminal domain-like / : / : / : / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase N-terminal domain / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase C-terminal domain / UbiD decarboxylyase family ...Single helix bin / UbiD decarboxylyase, bacteria / UbiD C-terminal domain-like / UbiD C-terminal domain-like / : / : / : / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase N-terminal domain / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase C-terminal domain / UbiD decarboxylyase family / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase Rift-related domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O6:H1 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者White, M. / Leys, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K017802/1 英国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Oxidative Maturation and Structural Characterization of Prenylated FMN Binding by UbiD, a Decarboxylase Involved in Bacterial Ubiquinone Biosynthesis.
著者: Marshall, S.A. / Fisher, K. / Ni Cheallaigh, A. / White, M.D. / Payne, K.A. / Parker, D.A. / Rigby, S.E. / Leys, D.
履歴
登録2016年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年3月29日Group: Database references
改定 1.32017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
B: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
C: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,2103
ポリマ－170,2103
非ポリマー00
水00
1
A: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
B: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
C: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase

A: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
B: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase
C: 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)340,4206
ポリマ－340,4206
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area31710 Å2
ΔGint-157 kcal/mol
Surface area100650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)210.187, 210.187, 109.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPILEILEAA8 - 4908 - 490
21ASPASPILEILEBB8 - 4908 - 490
12ASPASPPHEPHEAA8 - 4918 - 491
22ASPASPPHEPHECC8 - 4918 - 491
13ASNASNILEILEBB7 - 4907 - 490
23ASNASNILEILECC7 - 4907 - 490

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase / Polyprenyl p-hydroxybenzoate decarboxylase


分子量: 56736.629 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O6:H1 (strain CFT073 / ATCC 700928 / UPEC) (大腸菌)
遺伝子: ubiD, c4790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AAB5, 4-hydroxy-3-polyprenylbenzoate decarboxylase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.22 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystals grown in 0.1 mM SPG pH 8, 25 w/v PEG 1500 Crystals were cryo-protected using 10 PEG 400 in mother liquor followed by rapid cryocooling.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.044 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.044 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→29.9 Å / Num. obs: 51401 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 71.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 3.15→3.23 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.976 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IDB

2idb


解像度: 3.15→29.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU B: 52.237 / SU ML: 0.404 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.453 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27655 2155 5 %RANDOM
Rwork0.22103 ---
obs0.22384 40600 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 88.991 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.62 Å2-0 Å2-0 Å2
2---5.62 Å20 Å2
3---11.23 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.15→29.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10593 0 0 0 10593
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01910857
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6261.96514791
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.17851340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.62323.897485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.772151766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4091575
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21645
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A4880.15
12B4880.15
21A4990.15
22C4990.15
31B4990.13
32C4990.13
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.232 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 142 -
Rwork0.295 2964 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.967-0.1674-0.18430.3585-0.46370.952-0.1122-0.54250.3520.1451-0.0319-0.0291-0.1053-0.10350.1440.1531-0.05750.09850.4156-0.26090.249-75.061563.1104-1.7213
22.08540.3407-0.15562.25920.01081.32020.2027-0.27410.54680.3304-0.0851-0.2595-0.2163-0.2223-0.11760.21750.047-0.05240.3459-0.20420.3073-5.880466.1404-2.9342
32.09-1.5309-0.53411.7415-0.1751.57740.1677-0.54-0.63070.2115-0.18720.187-0.01870.4130.01950.8729-0.2567-0.53690.79880.44710.5345-22.21639.50832.4392
41.52590.46550.52121.48510.2570.79560.1667-0.1920.25550.2831-0.1030.10690.26570.1383-0.06370.26620.01960.00740.3023-0.0710.0858-35.314947.1606-15.2261
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C7 - 330
2X-RAY DIFFRACTION1C471 - 491
3X-RAY DIFFRACTION2A8 - 330
4X-RAY DIFFRACTION2B471 - 490
5X-RAY DIFFRACTION3B6 - 330
6X-RAY DIFFRACTION3A471 - 491
7X-RAY DIFFRACTION4A331 - 470
8X-RAY DIFFRACTION4B331 - 470
9X-RAY DIFFRACTION4C331 - 470

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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