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Yorodumi- PDB-5nx7: Crystal structure of 1,8-cineole synthase from Streptomyces clavu... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5nx7 | ||||||
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Title | Crystal structure of 1,8-cineole synthase from Streptomyces clavuligerus in complex with 2-fluoroneryl diphosphate and 2-fluorogeranyl diphosphate | ||||||
Components | Pentalenene synthase | ||||||
Keywords | LYASE / terpene synthase / 1 / 8-cineole / monoterpenoid / Eucalyptol | ||||||
Function / homology | Function and homology information 1,8-cineole synthase / 1,8-cineole synthase activity / geranyl diphosphate metabolic process / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptomyces clavuligerus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.51 Å | ||||||
Authors | Karuppiah, V. / Leys, D. / Scrutton, N.S. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: ACS Catal / Year: 2017 Title: Structural Basis of Catalysis in the Bacterial Monoterpene Synthases Linalool Synthase and 1,8-Cineole Synthase. Authors: Karuppiah, V. / Ranaghan, K.E. / Leferink, N.G.H. / Johannissen, L.O. / Shanmugam, M. / Ni Cheallaigh, A. / Bennett, N.J. / Kearsey, L.J. / Takano, E. / Gardiner, J.M. / van der Kamp, M.W. / ...Authors: Karuppiah, V. / Ranaghan, K.E. / Leferink, N.G.H. / Johannissen, L.O. / Shanmugam, M. / Ni Cheallaigh, A. / Bennett, N.J. / Kearsey, L.J. / Takano, E. / Gardiner, J.M. / van der Kamp, M.W. / Hay, S. / Mulholland, A.J. / Leys, D. / Scrutton, N.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5nx7.cif.gz | 292.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5nx7.ent.gz | 236.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5nx7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5nx7_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5nx7_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | |
Data in XML | 5nx7_validation.xml.gz | 33.2 KB | Display | |
Data in CIF | 5nx7_validation.cif.gz | 51.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/5nx7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/5nx7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5nx4C 5nx5C 5nx6C 1ps1S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 37774.359 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces clavuligerus (bacteria) / Gene: SCLAV_p0982, SSCG_00536 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: B5GMG2, pentalenene synthase |
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-Non-polymers , 6 types, 836 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.07 Å3/Da / Density % sol: 59.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 90 mM LiNaK (0.3 M Lithium sulfate, 0.3 M Sodium sulfate, 0.3 M Potassium sulfate), 0.1 M Buffer System 5 (BES, Triethanolamine) pH 7.5, 50 % v/v Precipitant Mix 8 (10% w/v PEG 20000, 50% ...Details: 90 mM LiNaK (0.3 M Lithium sulfate, 0.3 M Sodium sulfate, 0.3 M Potassium sulfate), 0.1 M Buffer System 5 (BES, Triethanolamine) pH 7.5, 50 % v/v Precipitant Mix 8 (10% w/v PEG 20000, 50% w/v Trimethyl propane, 2% w/v NDSB 195) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jan 15, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.506→64.19 Å / Num. obs: 136704 / % possible obs: 95.9 % / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Rsym value: 0.032 / Net I/σ(I): 10 |
Reflection shell | Resolution: 1.51→1.53 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 93.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1PS1 Resolution: 1.51→43.42 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 16.77
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.51→43.42 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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