[日本語] English
万見
- PDB-1ps1: PENTALENENE SYNTHASE -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ps1
タイトルPENTALENENE SYNTHASE
要素PENTALENENE SYNTHASE
キーワードANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS / SESQUITERPENE CYCLASE / LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pentalenene synthase / pentalenene synthase activity / antibiotic biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Terpene cyclase-like 2 / Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIMETHYL LEAD ION / Pentalenene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lesburg, C.A. / Christianson, D.W.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of pentalenene synthase: mechanistic insights on terpenoid cyclization reactions in biology.
著者: Lesburg, C.A. / Zhai, G. / Cane, D.E. / Christianson, D.W.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of Recombinant Pentalenene Synthase
著者: Lesburg, C.A. / Lloyd, M.D. / Cane, D.E. / Christianson, D.W.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Pentalenene Synthase. Purification, Molecular Cloning, Sequencing, and High-Level Expression in Escherichia Coli of a Terpenoid Cyclase from Streptomyces Uc5319
著者: Cane, D.E. / Sohng, J.K. / Lamberson, C.R. / Rudnicki, S.M. / Wu, Z. / Lloyd, M.D. / Oliver, J.S. / Hubbard, B.R.
履歴
登録1997年3月23日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PENTALENENE SYNTHASE
B: PENTALENENE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3533
ポリマ－76,1012
非ポリマー2521
水1,18966
1
A: PENTALENENE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3032
ポリマ－38,0501
非ポリマー2521
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PENTALENENE SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0501
ポリマ－38,0501
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)178.720, 178.720, 56.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.298373, -0.228446, -0.926707), (-0.275203, -0.909105, 0.312715), (-0.913913, 0.348338, 0.208384)
ベクター: 126.707, 96.221, 70.512)

-
要素

#1: タンパク質 PENTALENENE SYNTHASE


分子量: 38050.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 株: UC5319 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q55012, EC: 4.6.1.5
#2: 化合物 ChemComp-PBM / TRIMETHYL LEAD ION


分子量: 252.304 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9Pb
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化pH: 7
詳細: CRYSTALLIZED FROM 1.5M AMMONIUM SULFATE, 100 MM HEPES, PH 7.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Lesburg, C.A., (1995) Protein Sci., 4, 2436.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
21.4-1.8 Mammonium sulfate1reservoir
31.0-1.4 Msodium citrate1reservoir
40.8-1.8 Mpotassium phosphate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.914
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1996年9月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→35 Å / Num. obs: 28128 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rsym value: 0.158 / % possible all: 57.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 70683 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.158

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLOMON位相決定
X-PLOR3.1精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.6→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1342 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.198 26500 82.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.61 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4850 0 1 66 4917
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.78
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.71
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.62
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it24
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.62
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it24
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS / Rms dev Biso : 17.4 Å2 / Rms dev position: 0.43 Å / Weight Biso : 44.4 / Weight position: 9
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.058 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.431 56 5 %
Rwork0.316 917 -
obs--46.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.71

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る