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Yorodumi- PDB-5nx5: Crystal structure of Linalool/Nerolidol synthase from Streptomyce... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5nx5 | ||||||
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Title | Crystal structure of Linalool/Nerolidol synthase from Streptomyces clavuligerus in complex with 2-fluorogeranyl diphosphate | ||||||
Components | Pentalenene synthase | ||||||
Keywords | LIGASE / terpene synthase / linalool / nerolidol / monoterpenoid | ||||||
Function / homology | Function and homology information R-linalool synthase / R-linalool synthase activity / geranyl diphosphate metabolic process / farnesyl diphosphate metabolic process / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptomyces clavuligerus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.82 Å | ||||||
Authors | Karuppiah, V. / Leys, D. / Scrutton, N.S. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: ACS Catal / Year: 2017 Title: Structural Basis of Catalysis in the Bacterial Monoterpene Synthases Linalool Synthase and 1,8-Cineole Synthase. Authors: Karuppiah, V. / Ranaghan, K.E. / Leferink, N.G.H. / Johannissen, L.O. / Shanmugam, M. / Ni Cheallaigh, A. / Bennett, N.J. / Kearsey, L.J. / Takano, E. / Gardiner, J.M. / van der Kamp, M.W. / ...Authors: Karuppiah, V. / Ranaghan, K.E. / Leferink, N.G.H. / Johannissen, L.O. / Shanmugam, M. / Ni Cheallaigh, A. / Bennett, N.J. / Kearsey, L.J. / Takano, E. / Gardiner, J.M. / van der Kamp, M.W. / Hay, S. / Mulholland, A.J. / Leys, D. / Scrutton, N.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5nx5.cif.gz | 251.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5nx5.ent.gz | 201.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5nx5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5nx5_validation.pdf.gz | 722.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5nx5_full_validation.pdf.gz | 724.2 KB | Display | |
Data in XML | 5nx5_validation.xml.gz | 27.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5nx5_validation.cif.gz | 41.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/5nx5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/5nx5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5nx4C 5nx6C 5nx7C 1ps1S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 36450.055 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces clavuligerus (bacteria) / Gene: SCLAV_p1185 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: D5SL78, pentalenene synthase |
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-Non-polymers , 6 types, 524 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MG / | ||||||
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#3: Chemical | ChemComp-0FV / ( | ||||||
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | ChemComp-PO4 / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.22 Å3/Da / Density % sol: 61.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 277.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.12 M Alcohols (0.2M 1,6-hexanediol, 0.2M 1-nutanol, 0.2M 1,2-propanediol, 0.2M 2-propanol, 0.2M 1,4-butanediol, 0.2M 1,3-propanediol), 0.1 M Buffer System 2 (1.0M sodium HEPES, MOPS (acid)) ...Details: 0.12 M Alcohols (0.2M 1,6-hexanediol, 0.2M 1-nutanol, 0.2M 1,2-propanediol, 0.2M 2-propanol, 0.2M 1,4-butanediol, 0.2M 1,3-propanediol), 0.1 M Buffer System 2 (1.0M sodium HEPES, MOPS (acid)) pH 7.5 and 50 % v/v precipitant Mix 3 (40% v/v glycerol, 20% w/v PEG 4000) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.99 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: May 5, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.82→36.62 Å / Num. obs: 73739 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 18.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.82→1.85 Å / Redundancy: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3654 / CC1/2: 0.51 / Rpim(I) all: 0.563 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1PS1 Resolution: 1.82→34.843 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.24
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.82→34.843 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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