PDB-5nx4: Crystal structure of Linalool/Nerolidol synthase from Streptomyce...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nx4

タイトル

Crystal structure of Linalool/Nerolidol synthase from Streptomyces clavuligerus

要素

Pentalenene synthase

キーワード

LIGASE / terpene synthase / linalool / nerolidol / monoterpenoid

機能・相同性

機能・相同性情報

R-linalool synthase / R-linalool synthase activity / geranyl diphosphate metabolic process / farnesyl diphosphate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces clavuligerus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Karuppiah, V. / Leys, D. / Scrutton, N.S.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: ACS Catal / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of Catalysis in the Bacterial Monoterpene Synthases Linalool Synthase and 1,8-Cineole Synthase.
著者: Karuppiah, V. / Ranaghan, K.E. / Leferink, N.G.H. / Johannissen, L.O. / Shanmugam, M. / Ni Cheallaigh, A. / Bennett, N.J. / Kearsey, L.J. / Takano, E. / Gardiner, J.M. / van der Kamp, M.W. / ...

履歴

登録	2017年5月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nx4.cif.gz	240 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nx4.ent.gz	195.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nx4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5nx4_validation.pdf.gz	445.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nx4_full_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示
XML形式データ	5nx4_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	5nx4_validation.cif.gz	33.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/5nx4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/5nx4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nx5C 5nx6C 5nx7C 1ps1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3bkk-d 5nx5-d 4gxq-3 5ie0-2 5bsw-2 4c2p-d 6p7s-2 6gdt-3 6k4d-d 3i4g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pentalenene synthase

B: Pentalenene synthase

ヘテロ分子

73.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.150, 140.150, 87.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	Pentalenene synthase / Linalool/Nerolidol synthase 分子量: 36450.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces clavuligerus (バクテリア) 遺伝子: SCLAV_p1185 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D5SL78, pentalenene synthase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.11 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.38→50.9 Å / Num. obs: 33849 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 2.38→2.42 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.766 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1697 / CC_1/2: 0.576 / R_pim(I) all: 0.44 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2621: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PS1

1ps1

解像度: 2.38→50.89 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.52

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2269	1657	4.9 %
R_work	0.185	-	-
obs	0.187	33844	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.38→50.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4469	0	36	241	4746

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	4615
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.446	6264
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.413	2667
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	672
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	811

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3803-2.4503	0.2731	138	0.2553	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4503-2.5294	0.3576	133	0.2474	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5294-2.6198	0.2704	126	0.2275	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6198-2.7247	0.2784	152	0.2264	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7247-2.8487	0.233	127	0.1954	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8487-2.9989	0.2771	126	0.2	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9989-3.1867	0.2243	140	0.1929	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1867-3.4327	0.2104	151	0.1791	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4327-3.7781	0.2064	138	0.1597	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7781-4.3245	0.1916	118	0.1488	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3245-5.4474	0.183	157	0.1617	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4474-50.9018	0.2542	151	0.2051	2727	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0475	-0.6303	-1.1267	1.0744	0.9085	1.283	-0.1402	0.1404	-0.4796	-0.0615	0.0081	-0.0294	0.1201	-0.2327	-0	0.3439	-0.004	0.0395	0.4102	-0.0439	0.4122	26.7196	247.2014	-33.7564
2	1.2813	1.1758	-0.154	1.4212	0.4554	1.209	-0.0101	0.0172	-0.0063	-0.0839	0.0099	0.0542	0.0025	-0.1835	-0	0.3506	0.0403	-0.0003	0.3914	0.0391	0.3518	24.3517	259.5038	-27.3645
3	0.6126	0.219	0.0875	0.2662	-0.1085	0.1123	-0.027	0.0623	0.0187	-0.1487	0.0486	0.035	0.0803	-0.1683	0	0.3883	-0.0042	0.0169	0.3331	0.0182	0.3937	32.0647	267.737	-23.5253
4	0.7114	-0.1673	0.3823	0.6358	0.3569	0.5393	0.032	-0.1419	-0.0035	0.053	0.0343	-0.0969	-0.0229	-0.0447	0	0.3447	0.0203	-0.0469	0.3849	0.0203	0.3763	36.2095	261.0803	-17.6126
5	1.0307	-0.3358	0.0795	0.2105	-0.1123	0.0775	0.1081	0.1323	-0.3232	-0.0977	0.0223	-0.1661	0.0869	0.0162	-0.0001	0.3507	0.0122	0.0452	0.3611	-0.022	0.468	47.4873	259.2705	-27.0897
6	0.5046	0.2129	-0.2246	0.1217	-0.2754	1.1061	-0.0219	-0.1899	-0.3623	0.0937	-0.0441	-0.3706	0.0618	0.1726	-0.0001	0.3848	0.0348	-0.0552	0.4358	0.0441	0.5431	43.3536	251.153	-13.7858
7	0.9536	0.1866	0.47	1.0762	-0.3463	0.412	-0.1931	0.0009	0.3816	0.0502	-0.0365	-0.3854	-0.2429	0.1019	-0	0.5263	0.0379	-0.1084	0.531	-0.0785	0.5261	43.2868	296.0735	-6.887
8	1.0889	-0.3788	0.187	1.0793	0.9249	1.0623	-0.2468	-0.364	-0.0371	0.1966	0.1581	-0.0836	0.1327	-0.0349	-0.0002	0.4161	0.0686	-0.0437	0.4307	0.0547	0.2913	34.0104	286.6774	-5.5138
9	0.4199	0.3731	0.238	0.7759	0.6516	0.5643	-0.0574	-0.0758	0.0003	0.0196	0.0984	0.2213	-0.0774	-0.2042	0	0.3873	0.056	0.0008	0.3556	0.0142	0.3055	29.4008	280.5272	-11.2661
10	0.7381	0.3935	0.0167	0.7508	-0.0024	-0.0002	-0.0018	0.0086	0.1242	-0.0821	-0.0741	-0.2821	0.0737	0.0031	0.0001	0.4558	0.0208	0.013	0.4187	0.0058	0.3363	40.991	278.8985	-17.0737
11	0.5067	0.6663	-0.2395	1.9524	-0.8504	0.937	0.1442	0.0184	-0.1114	0.1673	-0.0673	-0.5543	-0.1279	0.3963	0.0003	0.3997	0.0374	-0.0485	0.4271	-0.0044	0.5184	53.5152	276.6393	-12.8772
12	0.254	0.2013	-0.2921	0.9503	-0.1861	0.3357	-0.1388	-0.039	0.0755	-0.1236	0.0868	-0.3383	-0.1721	0.0896	-0.0003	0.4458	-0.0111	0.0345	0.4257	0.004	0.5218	47.9224	289.5544	-19.7003

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 47 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 48 through 132 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 133 through 159 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 160 through 200 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 201 through 245 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 246 through 304 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 4 through 31 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 32 through 105 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 106 through 159 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 160 through 200 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 201 through 278 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 279 through 304 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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