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- PDB-5nwm: Insight into the molecular recognition mechanism of the coactivat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nwm
タイトルInsight into the molecular recognition mechanism of the coactivator NCoA1 by STAT6
要素
  • Nuclear receptor coactivator 1
  • Signal transducer and activator of transcription 6
キーワードSIGNALING PROTEIN / NCoA-1 / STAT6 / PAS-B domain / transactivation domain / LXXLL motif
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mast cell proliferation / mammary gland morphogenesis / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of type 2 immune response / T-helper 1 cell lineage commitment / STAT6-mediated induction of chemokines / interleukin-4-mediated signaling pathway / isotype switching to IgE isotypes / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose ...regulation of mast cell proliferation / mammary gland morphogenesis / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of type 2 immune response / T-helper 1 cell lineage commitment / STAT6-mediated induction of chemokines / interleukin-4-mediated signaling pathway / isotype switching to IgE isotypes / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / mammary gland epithelial cell proliferation / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / male mating behavior / hypothalamus development / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / progesterone receptor signaling pathway / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / response to retinoic acid / nuclear retinoid X receptor binding / estrous cycle / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / histone acetyltransferase activity / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / : / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of neuron differentiation / Downstream signal transduction / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / SUMOylation of transcription cofactors / response to progesterone / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cerebellum development / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / hippocampus development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / defense response / PPARA activates gene expression / response to peptide hormone / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / RNA polymerase II transcription regulator complex / transcription coactivator binding / male gonad development / cytokine-mediated signaling pathway / : / response to estradiol / regulation of cell population proliferation / HATs acetylate histones / positive regulation of cold-induced thermogenesis / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein phosphatase binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
STAT6, C-terminal / STAT6, SH2 domain / STAT6 C-terminal / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT transcription factor, coiled-coil domain / STAT protein, DNA binding domain ...STAT6, C-terminal / STAT6, SH2 domain / STAT6 C-terminal / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT transcription factor, coiled-coil domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / Nuclear receptor coactivator 1 / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Signal transducer and activator of transcription 6 / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Russo, L. / Becker, S. / Griesinger, C.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Insight into the molecular recognition mechanism of the coactivator NCoA1 by STAT6.
著者: Russo, L. / Giller, K. / Pfitzner, E. / Griesinger, C. / Becker, S.
履歴
登録2017年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor coactivator 1
B: Signal transducer and activator of transcription 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2652
ポリマ－18,2652
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2090 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area11670 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor coactivator 1 / NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / Renal ...NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / Renal carcinoma antigen NY-REN-52 / Steroid receptor coactivator 1 / SRC-1


分子量: 14811.774 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 257-385 / 変異: K343R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCOA1, BHLHE74, SRC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15788, histone acetyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド Signal transducer and activator of transcription 6 / IL-4 Stat


分子量: 3452.837 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 783-814 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STAT6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42226

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic13D HNCA
151isotropic13D 1H-15N TOCSY
161isotropic23D 1H-15N NOESY
172isotropic12D 1H-15N HSQC
182isotropic32D 1H-13C HSQC aliphatic
192isotropic32D 1H-13C HSQC aromatic
1102isotropic33D CBCA(CO)NH
1112isotropic33D HNCO
1122isotropic43D HNCA
1132isotropic53D 1H-15N NOESY
1142isotropic33D 1H-15N TOCSY
1237isotropic53D 1H-13C NOESY aliphatic
1227isotropic53D 1H-13C NOESY aromatic
1212isotropic43D HNHA
1201isotropic23D HNHA
1197isotropic33D (H)CCH-TOCSY
1182isotropic43D HN(CA)CB
1173isotropic12D 1H-15N HSQC
1283isotropic32D 1H-13C HSQC aliphatic
1273isotropic32D 1H-13C HSQC aromatic
1263isotropic33D CBCA(CO)NH
1253isotropic33D HNCO
1243isotropic33D HNCA
1163isotropic53D 1H-15N NOESY
1153isotropic33D 1H-15N TOCSY
1328isotropic53D 1H-13C NOESY aliphatic
1318isotropic53D 1H-13C NOESY aromatic
1303isotropic33D HNHA
1298isotropic33D (H)CCH-TOCSY
1356anisotropic62D 1H-15N HSQC
1344anisotropic62D 1H-15N HSQC
1335anisotropic62D 1H-15N HSQC
1367isotropic43D 1H,13C-edited/12C-filter NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution150 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 10 % D2O, 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] STAT6, 90% H2O/10% D2O15N,13C-STAT6783-81490% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] STAT6, 0.7 mM NCoA1, 50 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O15N,13C- STAT6783-814/NCoA1257-38590% H2O/10% D2O
solution30.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] NCoA1, 1 mM STAT6, 50 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2O15N,13C NCoA1257-385/STAT6783-81490% H2O/10% D2O
filamentous virus41 mM [U-99% 15N] STAT6, 0.7 mM NCoA1, 50 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2ORDC15N-STAT6783-814/NCoA190% H2O/10% D2O
filamentous virus50.7 mM [U-99% 15N] NCoA1, 1 mM STAT6, 50 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2ORDC15N-NCoA1257-385/STAT6783-81490% H2O/10% D2O
filamentous virus61 mM [U-99% 15N] STAT6, 50 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 10 % D2O, 90% H2O/10% D2ORDC15N-STAT6783-81490% H2O/10% D2O
solution71 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] STAT6, 0.7 mM NCoA1, 50 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 100 % D2O, 100% D2OD2O15N,13C- STAT6783-814/NCoA1257-385100% D2O
solution80.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] NCoA1, 1 mM STAT6, 50 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 100 % D2O, 100% D2OD2O15N,13C NCoA1257-385/STAT6783-814100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 mMHEPESnatural abundance1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
10 %D2Onatural abundance1
1 mMSTAT6[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1 mMSTAT6[U-99% 13C; U-99% 15N]2
0.7 mMNCoA1natural abundance2
50 mMHEPESnatural abundance2
150 mMsodium chloridenatural abundance2
10 %D2Onatural abundance2
0.7 mMNCoA1[U-99% 13C; U-99% 15N]3
1 mMSTAT6natural abundance3
50 mMHEPESnatural abundance3
150 mMsodium chloridenatural abundance3
10 %D2Onatural abundance3
1 mMSTAT6[U-99% 15N]4
0.7 mMNCoA1natural abundance4
50 mMHEPESnatural abundance4
150 mMsodium chloridenatural abundance4
10 %D2Onatural abundance4
0.7 mMNCoA1[U-99% 15N]5
1 mMSTAT6natural abundance5
50 mMHEPESnatural abundance5
150 mMsodium chloridenatural abundance5
10 %D2Onatural abundance5
1 mMSTAT6[U-99% 15N]6
50 mMHEPESnatural abundance6
150 mMsodium chloridenatural abundance6
10 %D2Onatural abundance6
1 mMSTAT6[U-99% 13C; U-99% 15N]7
0.7 mMNCoA1natural abundance7
50 mMHEPESnatural abundance7
150 mMsodium chloridenatural abundance7
100 %D2Onatural abundance7
0.7 mMNCoA1[U-99% 13C; U-99% 15N]8
1 mMSTAT6natural abundance8
50 mMHEPESnatural abundance8
150 mMsodium chloridenatural abundance8
100 %D2Onatural abundance8
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: condition_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 309 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001room temperature probe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002room temperature probe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6003cryoprobe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7004cryoprobe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8005cryoprobe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9006cryoprobe

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
SparkyGoddardデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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