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- PDB-5nwx: Insight into the molecular recognition mechanism of the coactivat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nwx
タイトルInsight into the molecular recognition mechanism of the coactivator NCoA1 by STAT6
要素
  • Nuclear receptor coactivator 1
  • Signal transducer and activator of transcription 6
キーワードTRANSCRIPTION / NcoA1 / STAT6 / PAS-B domain / transactivation domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mast cell proliferation / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / SUMOylation of transcription cofactors / mammary gland morphogenesis / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of type 2 immune response / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol ...regulation of mast cell proliferation / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / SUMOylation of transcription cofactors / mammary gland morphogenesis / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of type 2 immune response / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / HATs acetylate histones / T-helper 1 cell lineage commitment / STAT6-mediated induction of chemokines / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / interleukin-4-mediated signaling pathway / Estrogen-dependent gene expression / isotype switching to IgE isotypes / labyrinthine layer morphogenesis / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / mammary gland epithelial cell proliferation / male mating behavior / hypothalamus development / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / progesterone receptor signaling pathway / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / response to retinoic acid / nuclear retinoid X receptor binding / estrous cycle / histone acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / lactation / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of neuron differentiation / Downstream signal transduction / response to progesterone / cerebellum development / nuclear estrogen receptor binding / hippocampus development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / defense response / response to peptide hormone / cerebral cortex development / RNA polymerase II transcription regulator complex / transcription coactivator binding / male gonad development / cytokine-mediated signaling pathway / response to estradiol / regulation of cell population proliferation / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein phosphatase binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / protein dimerization activity / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
STAT6, C-terminal / STAT6, SH2 domain / STAT6 C-terminal / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT transcription factor, coiled-coil domain / STAT protein, DNA binding domain ...STAT6, C-terminal / STAT6, SH2 domain / STAT6 C-terminal / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT transcription factor, coiled-coil domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / Nuclear receptor coactivator 1 / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Signal transducer and activator of transcription 6 / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Russo, L. / Giller, K. / Pfitzner, E. / Griesinger, C. / Becker, S.
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Insight into the molecular recognition mechanism of the coactivator NCoA1 by STAT6.
著者: Russo, L. / Giller, K. / Pfitzner, E. / Griesinger, C. / Becker, S.
#1: ジャーナル: Journal of Molecular Biology / 年: 2004
タイトル: Structure of the NCoA-1/SRC-1 PAS-B Domain Bound to the LXXLL Motif of the STAT6 Transactivation domain
著者: Razeto, A. / Ramakrishnan, V. / Litterst, C.M. / Giller, K. / Griesinger, C. / Carlomagno, T. / Lakomek, N. / Heimburg, T. / Lodrini, M. / Pfitzner, E. / Becker, S.
#2: ジャーナル: Acta Crystallographica Section D / 年: 2004
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic studies of the NCoA-1/SRC-1 PAS-B domain bound to the LXXLL motif of the STAT6 transactivation domain
著者: Razeto, A. / Pfitzner, E. / Becker, S.
履歴
登録2017年5月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor coactivator 1
B: Signal transducer and activator of transcription 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2652
ポリマ－18,2652
非ポリマー00
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area6460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.631, 61.631, 73.283
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor coactivator 1 / NCoA-1 / Nuclear receptor coactivator protein 1 / mNRC-1 / Steroid receptor coactivator 1 / SRC-1


分子量: 14811.774 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 257-385 / 変異: K343R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ncoa1, Src1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P70365, histone acetyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド Signal transducer and activator of transcription 6 / IL-4 Stat


分子量: 3452.837 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 783-814 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STAT6 / 発現宿主: synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P42226
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5, 30% PEG 8000, 5% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.7 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→53.37 Å / Num. obs: 5471 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 20.51 % / Rrim(I) all: 0.0246 / Net I/σ(I): 30.26
反射 シェル解像度: 2.51→2.61 Å / 冗長度: 19.92 % / Mean I/σ(I) all: 6.08 / Rrim(I) all: 0.1315 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OJ5

1oj5


解像度: 2.51→53.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 9.917 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.341 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: Maximum likelihood / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23546 245 4.5 %RANDOM
Rwork0.18352 ---
obs0.18595 5203 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 46.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.19 Å20.59 Å20 Å2
2--1.19 Å20 Å2
3----1.78 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.51→53.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数868 0 0 8 876
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02893
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9481.9671211
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4475114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.80523.33333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.20815142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.244155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021661
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.51→2.575 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 11 -
Rwork0.258 359 -
obs--96.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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