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万見
- PDB-5nwi: 14-3-3c in complex with CPP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nwi
タイトル14-3-3c in complex with CPP
要素
  • 14-3-3 c-1 protein
  • Potassium channel KAT1
キーワードSIGNALING PROTEIN / 14-3-3 / complex / fusicoccin / channel
機能・相同性
機能・相同性情報


inward rectifier potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / protein localization / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Potassium channel KAT/AKT / KHA domain / KHA, dimerisation domain of potassium ion channel / KHA domain profile. / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. ...Potassium channel KAT/AKT / KHA domain / KHA, dimerisation domain of potassium ion channel / KHA domain profile. / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Ion transport domain / Ion transport protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 14-3-3-like protein C / Potassium channel KAT1 / 14-3-3 c-1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Saponaro, A. / Porro, A. / Chaves-Sanjuan, A. / Nardini, M. / Thiel, G. / Moroni, A.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2017
タイトル: Fusicoccin Activates KAT1 Channels by Stabilizing Their Interaction with 14-3-3 Proteins.
著者: Saponaro, A. / Porro, A. / Chaves-Sanjuan, A. / Nardini, M. / Rauh, O. / Thiel, G. / Moroni, A.
履歴
登録2017年5月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 c-1 protein
P: Potassium channel KAT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3103
ポリマ－30,2512
非ポリマー591
水2,684149
1
A: 14-3-3 c-1 protein
P: Potassium channel KAT1
ヘテロ分子

A: 14-3-3 c-1 protein
P: Potassium channel KAT1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6206
ポリマ－60,5014
非ポリマー1182
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/61
Buried area4690 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area23510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.177, 110.177, 136.691
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-464-

HOH

21A-535-

HOH

31A-538-

HOH

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 c-1 protein / 14-3-3 protein / 14-3-3-like protein C


分子量: 29554.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Initial PG do not belongs to the natural protein sequence
由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: 14-3-3 c-1, LOC107777576, Nt14-3-3omega2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5KTN5, UniProt: P93343*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Potassium channel KAT1


分子量: 696.600 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 673-677 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: Q39128
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30% PEG 400, 0.2 M ammonium acetate pH 7.0, 0.1 M sodium citrate pH 4.4, 10mM DTT and 5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→47.71 Å / Num. obs: 21014 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 5.1 / 冗長度: 39 % / Biso Wilson estimate: 32.28 Å2 / CC1/2: 0.971 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 27.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique obs: 2044 / CC1/2: 0.706 / Rpim(I) all: 0.365 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1O9D

1o9d


解像度: 2.35→45.043 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.61 / 位相誤差: 23.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2464 1093 5.2 %
Rwork0.1957 --
obs0.1983 21012 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→45.043 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1958 0 4 149 2111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1512702
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d31.222762
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007352
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.4570.35471190.33692442X-RAY DIFFRACTION100
2.457-2.58650.36471330.31212425X-RAY DIFFRACTION100
2.5865-2.74850.30491530.27162431X-RAY DIFFRACTION100
2.7485-2.96070.30631420.24442439X-RAY DIFFRACTION100
2.9607-3.25860.32091370.22092472X-RAY DIFFRACTION100
3.2586-3.72990.23411160.17622508X-RAY DIFFRACTION100
3.7299-4.69850.1651280.12812530X-RAY DIFFRACTION100
4.6985-45.05160.19061650.14842672X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3471.60210.84185.66310.48053.65990.1629-0.60860.33090.5643-0.25870.46970.2537-0.40780.1080.35890.05410.08680.52280.04990.325-45.312538.872123.6239
23.01571.8331.53542.86991.61413.5838-0.10170.01620.2215-0.2181-0.05450.1276-0.0426-0.17120.20660.260.0940.01390.18420.0690.2804-40.406936.56957.0292
32.29251.33650.82024.14680.73932.2018-0.163-0.04210.2358-0.47410.01340.3912-0.1064-0.46170.130.34650.11160.00180.34150.08640.29-43.180341.30012.1284
44.7643-1.00860.45361.7851-1.10454.010.03480.40690.2771-0.32110.00080.0886-0.56680.0049-0.01320.33280.06540.02390.17280.06220.2704-29.083747.89121.3232
52.12613.58981.94526.92024.17622.53190.1313-0.00060.12110.00230.0171-0.3195-0.49540.0076-0.6630.4584-0.02480.08630.6339-0.07420.3274-15.2244.40085.3173
64.1173-0.7129-1.86953.74221.0390.9987-0.00940.5258-0.79970.16060.112-0.09751.01790.6712-0.08230.63020.187-0.05320.46230.00040.5433-19.102734.91232.0965
72.19341.7350.9329.3377-1.2870.90880.59970.263-0.9218-0.90340.5348-1.25070.1952-0.0433-1.40670.4621-0.0481-0.02090.4297-0.1070.5043-30.042334.94761.7832
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 37 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 78 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 79 through 143 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 144 through 193 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 194 through 219 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 220 through 243 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'P' and (resid 673 through 677 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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