[日本語] English
万見
- PDB-5nvy: pVHL:EloB:EloC in complex with (2S,4R)-1-((S)-2-acetamidopropanoy... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nvy
タイトルpVHL:EloB:EloC in complex with (2S,4R)-1-((S)-2-acetamidopropanoyl)-4-hydroxy-N-(4-(4-methylthiazol-5-yl)benzyl) pyrrolidine-2-carboxamide (ligand 11)
要素
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードLIGASE / protein complex / ubiquitin ligase / hypoxia inducible factor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular non-membrane-bounded organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / negative regulation of signal transduction / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / transcription corepressor binding / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / cell morphogenesis / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / Neddylation / Replication of the SARS-CoV-2 genome / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / protein stabilization / protein ubiquitination / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin B / Elongin-C / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9B5 / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
Model detailspVHL:EloB:EloC in complex with (2S,4R)-1-((S)-2-acetamidopropanoyl)-4-hydroxy-N-(4-(4-methylthiazol- ...pVHL:EloB:EloC in complex with (2S,4R)-1-((S)-2-acetamidopropanoyl)-4-hydroxy-N-(4-(4-methylthiazol-5-yl)benzyl) pyrrolidine-2-carboxamide (ligand 11)
データ登録者Soares, P. / Gadd, M.S. / Ciulli, A.
資金援助1件
組織認可番号国
European Research CouncilERC-2012-StG-311460 DrugE3CRLs
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Group-Based Optimization of Potent and Cell-Active Inhibitors of the von Hippel-Lindau (VHL) E3 Ubiquitin Ligase: Structure-Activity Relationships Leading to the Chemical Probe (2S,4R)- ...タイトル: Group-Based Optimization of Potent and Cell-Active Inhibitors of the von Hippel-Lindau (VHL) E3 Ubiquitin Ligase: Structure-Activity Relationships Leading to the Chemical Probe (2S,4R)-1-((S)-2-(1-Cyanocyclopropanecarboxamido)-3,3-dimethylbutanoyl)-4-hydroxy-N-(4-(4-methylthiazol-5-yl)benzyl)pyrrolidine-2-carboxamide (VH298).
著者: Soares, P. / Gadd, M.S. / Frost, J. / Galdeano, C. / Ellis, L. / Epemolu, O. / Rocha, S. / Read, K.D. / Ciulli, A.
履歴
登録2017年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Elongin-B
B: Elongin-C
C: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
D: Elongin-B
E: Elongin-C
F: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
G: Elongin-B
H: Elongin-C
I: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
J: Elongin-B
K: Elongin-C
L: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,67116
ポリマ－166,94912
非ポリマー1,7224
水6,593366
1
A: Elongin-B
B: Elongin-C
C: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1684
ポリマ－41,7373
非ポリマー4311
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area16550 Å2
手法PISA
2
D: Elongin-B
E: Elongin-C
F: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1684
ポリマ－41,7373
非ポリマー4311
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area16920 Å2
手法PISA
3
G: Elongin-B
H: Elongin-C
I: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1684
ポリマ－41,7373
非ポリマー4311
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area16720 Å2
手法PISA
4
J: Elongin-B
K: Elongin-C
L: Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1684
ポリマ－41,7373
非ポリマー4311
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area16770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.085, 93.085, 362.983
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-214-

HOH

21I-433-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11956.372 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質
Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / プラスミド: pCDFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質
Von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18806.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / プラスミド: pHAT4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40337
#4: 化合物
ChemComp-9B5 / (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-acetamidopropanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide


分子量: 430.521 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H26N4O4S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 366 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.77 % / Mosaicity: 0.26 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: PEG 3350, MgOAc, Sodium cacodylate, DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→48.76 Å / Num. obs: 36661 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.225 / Rpim(I) all: 0.082 / Rrim(I) all: 0.24 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.9-3.038.91.1010.8520.3861.168100
10.05-48.767.40.1240.990.050.13499.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.9データスケーリング
REFMAC5.8.0123精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VCB

1vcb


解像度: 2.9→48.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 39.697 / SU ML: 0.387 / SU R Cruickshank DPI: 0.3536 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.452
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2686 1893 5.2 %RANDOM
Rwork0.2025 ---
obs0.206 34701 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 167 Å2 / Biso mean: 61.108 Å2 / Biso min: 17.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.5 Å20 Å2
3---1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→48.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10788 0 120 366 11274
Biso mean--41.18 40.54 -
残基数----1338
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01911156
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210739
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.251.99815146
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.883.00324721
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.22151322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.62823.411516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.846151892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4851596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21711
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02112320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022496
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 137 -
Rwork0.285 2505 -
all-2642 -
obs--99.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8322-1.74580.82213.5953-1.60154.94470.03930.31780.0388-0.5147-0.2433-0.1120.06990.34310.2040.50540.00010.00840.52950.03430.0144.71464.80647.6
26.50420.79-0.12122.6493-0.51343.84670.0448-0.47350.06010.0313-0.1106-0.2688-0.0590.03560.06580.32450.0244-0.01370.60160.05310.035848.32561.13165.186
36.7213-0.2172-2.28921.81840.0962.6546-0.1421-0.30940.05340.03610.0635-0.00020.0544-0.03010.07850.3731-0.0518-0.03650.70430.09840.024427.31654.33182.344
45.0346-1.36072.69543.6736-1.82866.049-0.18550.71860.2987-0.41-0.05960.0239-0.64771.35710.24510.6258-0.1976-0.01660.90730.02490.031248.2718.07447.317
57.54580.92981.47691.8926-0.76825.5591-0.05350.66940.23750.0932-0.0019-0.2068-0.28990.48090.05540.4678-0.05840.00390.75940.02910.042152.814.08865.121
66.4546-0.7578-1.19681.92150.38392.8918-0.1959-0.3977-0.11350.13040.1048-0.0948-0.0902-0.29150.09110.4241-0.0356-0.04210.72530.0650.021231.7917.7582.037
74.8983-1.22830.79411.5273-1.49344.42580.12020.20580.3677-0.316-0.15570.0004-0.25110.26070.03550.6074-0.08930.01950.73660.04460.04463.13412.98347.459
87.40131.16570.42.6629-1.13662.7379-0.0958-0.99990.36260.0928-0.0342-0.0995-0.19560.44740.130.4974-0.00620.00381.0685-0.06160.02916.76910.83565.243
95.1164-1.083-1.57871.95370.72854.9319-0.2846-0.4696-0.13490.13580.02780.00620.13390.82160.25680.4582-0.0270.00520.84320.07460.016-14.4736.78982.326
104.9947-1.5453-0.16551.5911-0.67755.45610.0080.14580.0199-0.2633-0.11250.105-0.13450.34840.10460.4751-0.05560.00020.5360.01310.0214-0.88760.62347.726
115.99431.17280.36181.7625-0.67842.85060.0042-0.64760.0490.0044-0.1653-0.1278-0.19810.4280.16110.3739-0.01570.01020.81030.02910.01722.12658.50665.494
124.5628-0.3185-2.41961.5630.14495.9028-0.2612-0.5317-0.140.03520.02040.08690.13180.65530.24080.347-0.0254-0.00640.65540.0860.0203-19.06653.9682.603
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2B16 - 112
3X-RAY DIFFRACTION3C62 - 202
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 103
5X-RAY DIFFRACTION5E16 - 112
6X-RAY DIFFRACTION6F62 - 204
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 103
8X-RAY DIFFRACTION8H16 - 112
9X-RAY DIFFRACTION9I62 - 204
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 103
11X-RAY DIFFRACTION11K16 - 112
12X-RAY DIFFRACTION12L62 - 204

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る