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- PDB-5nuh: Crystal structure of SIVmac239 Nef bound to an engineered Hck SH3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nuh
タイトルCrystal structure of SIVmac239 Nef bound to an engineered Hck SH3 domain
要素
  • Protein Nef
  • Tyrosine-protein kinase HCK,Tyrosine-protein kinase HCK
キーワードTRANSFERASE / SIV / Virus / Nef / SH3
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / virus-mediated perturbation of host defense response / regulation of DNA-templated transcription / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Nef Regulatory Factor / Nef Regulatory Factor / PRD domain protein, EF0829/AHA3910 / PRD domain / PRD domain superfamily / PRD domain profile. / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / SH3 Domains ...Nef Regulatory Factor / Nef Regulatory Factor / PRD domain protein, EF0829/AHA3910 / PRD domain / PRD domain superfamily / PRD domain profile. / HIV negative factor Nef / HIV-1 Nef protein, core domain superfamily / Negative factor, (F-Protein) or Nef / SH3 Domains / SH3 domain / SH3 type barrels. / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PRD domain-containing protein / Protein Nef
類似検索 - 構成要素
生物種Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Horenkamp, F.A. / Anand, K. / Geyer, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationGE 976/6-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Endocytic sorting motif interactions involved in Nef-mediated downmodulation of CD4 and CD3.
著者: Manrique, S. / Sauter, D. / Horenkamp, F.A. / Lulf, S. / Yu, H. / Hotter, D. / Anand, K. / Kirchhoff, F. / Geyer, M.
履歴
登録2017年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Nef
B: Protein Nef
C: Tyrosine-protein kinase HCK,Tyrosine-protein kinase HCK
D: Tyrosine-protein kinase HCK,Tyrosine-protein kinase HCK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4334
ポリマ－54,4334
非ポリマー00
水99155
1
A: Protein Nef
D: Tyrosine-protein kinase HCK,Tyrosine-protein kinase HCK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2162
ポリマ－27,2162
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10240 Å2
手法PISA
2
B: Protein Nef
C: Tyrosine-protein kinase HCK,Tyrosine-protein kinase HCK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2162
ポリマ－27,2162
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.000, 104.000, 53.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Protein Nef


分子量: 20221.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
遺伝子: nef / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5QGG3
#2: タンパク質 Tyrosine-protein kinase HCK,Tyrosine-protein kinase HCK / Hematopoietic cell kinase / Hemopoietic cell kinase / p59-HCK/p60-HCK / p59Hck / p61Hck


分子量: 6994.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HCK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P08631, non-specific protein-tyrosine kinase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 12% PEG 3350, 0.15 M tri-lithium-citrat, 1% 1.6 hexandiol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→45.7 Å / Num. obs: 16118 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.78→2.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDS(1.10_2155: ???)データ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IK5

3ik5


解像度: 2.78→45.68 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 806 5 %
Rwork0.192 --
obs0.194 16114 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→45.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3009 0 0 55 3064
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093114
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0274249
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5471775
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059425
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007535
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7802-2.95430.3241330.25162527X-RAY DIFFRACTION100
2.9543-3.18240.29321350.22982558X-RAY DIFFRACTION100
3.1824-3.50250.2741340.20552551X-RAY DIFFRACTION100
3.5025-4.00910.21941360.18312590X-RAY DIFFRACTION100
4.0091-5.050.18941330.1642516X-RAY DIFFRACTION100
5.05-45.68430.21141350.18992566X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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