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- PDB-5ntu: Crystal Structure of human Pro-myostatin Precursor at 2.6 A Resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ntu
タイトルCrystal Structure of human Pro-myostatin Precursor at 2.6 A Resolution
要素Growth/differentiation factor 8
キーワードSIGNALING PROTEIN / growth factor / signalling protein / TGFbeta family / cystine knot
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of muscle hypertrophy / negative regulation of skeletal muscle tissue growth / negative regulation of myoblast proliferation / skeletal muscle satellite cell differentiation / myoblast migration involved in skeletal muscle regeneration / negative regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / skeletal muscle atrophy / negative regulation of satellite cell differentiation / ovulation cycle process / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes ...negative regulation of muscle hypertrophy / negative regulation of skeletal muscle tissue growth / negative regulation of myoblast proliferation / skeletal muscle satellite cell differentiation / myoblast migration involved in skeletal muscle regeneration / negative regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / skeletal muscle atrophy / negative regulation of satellite cell differentiation / ovulation cycle process / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / response to gravity / negative regulation of myoblast differentiation / response to muscle activity / muscle organ development / muscle cell cellular homeostasis / positive regulation of macrophage chemotaxis / response to testosterone / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of lamellipodium assembly / response to electrical stimulus / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / cellular response to dexamethasone stimulus / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cytokine activity / growth factor activity / response to estrogen / heparin binding / cellular response to hypoxia / response to ethanol / signaling receptor binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth/differentiation factor 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Cotton, T.R. / Fischer, G. / Hyvonen, M.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2018
タイトル: Structure of the human myostatin precursor and determinants of growth factor latency.
著者: Cotton, T.R. / Fischer, G. / Wang, X. / McCoy, J.C. / Czepnik, M. / Thompson, T.B. / Hyvonen, M.
履歴
登録2017年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth/differentiation factor 8
B: Growth/differentiation factor 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,13725
ポリマ－75,7632
非ポリマー1,37423
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SEC-MALLS confirms disulphide linked dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10380 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area30520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.157, 36.301, 120.448
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.390, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-510-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Growth/differentiation factor 8 / GDF-8 / Myostatin


分子量: 37881.328 Da / 分子数: 2 / 断片: Pro-Myostatin Precursor / 変異: G319A, K320A, K217A, Q218A, E220A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSTN, GDF8 / プラスミド: pHAT2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O14793
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.66 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 10% PEG6000, 0.1M HEPES: cryo-protection: 70% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.575→76.264 Å / Num. obs: 22474 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 95.66 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 90386
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)CC1/2Rpim(I) allRrim(I) allDiffraction-ID% possible all
2.575-2.624.20.5830.4931.037199.6
6.989-76.2643.60.9970.0220.046199.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.58→28.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.576 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.554 / SU Rfree Blow DPI: 0.297 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.303
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1118 5.01 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.217 22310 97.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 201.34 Å2 / Biso mean: 100.2 Å2 / Biso min: 46.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.6578 Å20 Å20.5284 Å2
2---2.5218 Å20 Å2
3---5.1796 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.58→28.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4399 0 86 30 4515
Biso mean--91.21 76.07 -
残基数----581
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1488SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes98HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes651HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4579HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion634SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4752SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4579HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6207HARMONIC60.55
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.34
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.72
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.71 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 137 4.6 %
Rwork0.215 2843 -
all-2980 -
obs--99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8039-4.5203-1.46354.7513-4.434-0.80390.0343-0.1657-0.04530.1974-0.11350.10090.1302-0.250.07930.35650.1638-0.00550.2738-0.2799-0.1498-35.7648-13.4213.3769
2-0.4374-0.32971.41261.2073-5.55671.95830.02260.38770.3302-0.12350.02470.5099-0.2486-0.2902-0.04730.14340.4040.12450.5495-0.02230.0863-31.2581-7.8145-2.3201
35.32415.698-1.0480.98383.25058.91080.0062-0.0927-0.0776-0.0252-0.02660.02260.0769-0.25950.02040.1411-0.06850.03490.2651-0.012-0.0855-22.3817-19.5425-10.6306
41.65212.5634-2.90246.0308-0.6240.45690.0348-0.09740.07680.1358-0.0542-0.2156-0.01660.05270.01940.3512-0.16310.14670.1788-0.29410.0061-19.1176-26.9599.4713
59.7542-1.02984.36024.78880.72892.50880.05820.0825-0.273-0.3469-0.2212-0.01620.38310.00410.163-0.16180.11510.133-0.11340.0185-0.1488-3.1595-29.393842.3165
63.2469-4.6174.477811.3265-1.29118.85860.1446-0.4378-0.8089-0.2793-0.11210.60660.5725-0.0767-0.0324-0.1550.10430.06220.00170.1098-0.06314.9426-34.909139.1793
76.8548-1.51051.20152.4963-0.40451.49110.1012-0.66340.36840.3725-0.1495-0.52090.11180.96670.0483-0.2651-0.0579-0.01180.41830.0810.095518.996-25.363855.1843
8-0.99342.97472.24021.53432.26694.4948-0.06170.0312-0.1751-0.0180.1206-0.27620.23750.1667-0.05890.18340.43230.20.14060.14490.461519.3769-47.002145.0487
91.65263.48973.22424.1886-3.23395.37550.1683-0.49720.49330.1341-0.436-0.1552-0.35470.7120.2677-0.4248-0.0210.04240.47690.00670.203122.5977-23.763152.2465
105.93632.4061.568702.59517.6214-0.0336-0.2736-0.4132-0.2517-0.2906-0.71270.95550.38060.3242-0.28080.17080.1197-0.00780.1855-0.0511.3894-33.586441.7498
111.31674.88720.88667.1771-0.98240.36830.0821-0.46080.00360.4919-0.1856-0.4738-0.11170.63990.1034-0.13380.1355-0.10740.4858-0.01930.156720.7897-32.378356.7033
121.32731.35547.08170-4.70018.7699-0.0378-0.1708-0.1340.1988-0.3149-0.0820.49720.250.3528-0.2599-0.01530.02160.1733-0.0588-0.067910.7243-28.869461.468
132.1209-0.4635-3.4514.56136.505-1.80960.15780.0229-0.3797-0.0125-0.2834-0.48970.1857-0.03360.1256-0.3288-0.01040.0470.01540.0122-0.11796.9025-27.388849.7512
14-2.80256.13715.00050.0265.71383.71670.01790.3231-0.0665-0.44570.01360.22880.0407-0.3685-0.03150.11020.1363-0.10210.44520.04810.3001-10.5652-30.564127.3811
15-0.6018-4.35631.15691.65225.96020.6568-0.03090.2147-0.3458-0.33470.11430.29920.3913-0.3019-0.08340.2878-0.3266-0.03740.0491-0.22390.3537-38.8332-31.543423.0905
162.29830.17420.98331.35372.58.22180.17210.5310.1688-0.162-0.1920.08840.2067-0.54980.0199-0.1773-0.0084-0.14890.6411-0.1936-0.2033-35.391-18.27914.2656
171.6664-2.48820.35520-0.73432.8137-0.23230.4875-0.3326-0.16040.58610.01670.20820.1464-0.35380.0445-0.3158-0.21710.1332-0.1427-0.0678-35.1119-23.951520.0743
180.39562.1024-1.41393.8583-1.80047.4154-0.1427-0.18230.1792-0.22180.22290.66370.1059-0.9208-0.0802-0.10380.0407-0.0549-0.0929-0.09540.0482-31.898-26.835142.3751
192.99480.4547-3.103801.01496.97740.26551.0743-0.0744-0.2791-0.1227-0.3046-0.3491-0.3043-0.14280.11170.08590.08560.4391-0.1719-0.0141-24.5805-14.53134.2367
204.4624-1.8357-1.80540.2360.86367.6520.02860.6038-0.144-0.1524-0.11270.05620.02060.32780.0841-0.0138-0.0532-0.04160.0564-0.1938-0.0248-24.9344-19.621713.245
210.84552.27162.82475.2673-2.72561.83990.09810.01620.02550.0424-0.13080.86470.2025-0.77790.0328-0.16960.0123-0.03020.0127-0.02830.0192-29.8938-15.679742.5314
222.2336-3.2518-1.849400.26921.94710.37940.0034-0.5743-0.1444-0.14060.26320.20430.3014-0.23870.00570.02060.0235-0.08870.0339-0.0715-14.5939-28.516645.6696
233.45570.1943-1.60531.22270.9632-1.0512-0.0432-0.56380.44420.1338-0.1397-0.6014-0.14960.47980.1828-0.15080.02120.00050.0999-0.0353-0.03990.0962-23.058555.3643
24-1.16331.65332.117700.72011.1633-0.00970.23680.57670.12160.2001-0.1148-0.4844-0.0827-0.19030.0186-0.08160.06480.060.01850.177-1.214-12.492744.7694
251.38210.5178-2.74454.85384.01450.39760.15220.06690.22390.7887-0.46030.0737-0.09220.21390.30810.2152-0.00010.07720.4166-0.1066-0.0755-18.7533-9.30123.274
264.70260.64491.45564.39054.16853.34270.0332-0.32250.1041-0.0072-0.0485-0.1139-0.25710.06370.01530.43010.28620.1960.272-0.07640.2045-14.5593-0.6961-8.1513
271.14130.5633-0.84390-1.03540.23250.0327-0.0709-0.03510.07580.001-0.0383-0.0130.0125-0.0336-0.1511-0.0676-0.0660.50530.0089-0.1647-8.1701-11.9434-5.5959
281.8592-1.37360.47091.20580.64776.55380.009-0.0965-0.00440.04770.05940.0066-0.6673-0.5506-0.0685-0.1012-0.07460.1282-0.2128-0.0655-0.0822-14.3303-14.0733-27.3399
290.42741.1258-0.63752.20150.62261.38490.0027-0.0109-0.0171-0.0277-0.02460.0525-0.03150.00560.02190.5323-0.1383-0.01930.2136-0.30730.3893-6.57463.8018-19.5976
302.7311-0.7254-2.09621.99760.56088.2519-0.0916-0.31690.12240.06890.0866-0.03570.1141-0.20860.0049-0.0381-0.00920.1331-0.2424-0.07820.0889-10.2471-16.6197-27.3728
315.88841.3206-3.36080-1.30942.11480.0937-0.194-0.14970.0347-0.1539-0.3443-0.14060.53170.0602-0.03880.09550.14730.06920.21270.0137-10.1375-12.8981-16.0283
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341.1995-0.5064-0.53750.35070.39090.57570.0151-0.07540.03130.10920.00310.0593-0.0776-0.0569-0.0182-0.17620.11220.27450.3311-0.13530.0618-26.4823-12.743-20.2755
350.1229-0.22062.76214.32660.33382.52740.0227-0.6266-0.00020.43440.062-0.2274-0.16350.0941-0.0847-0.09140.03150.16760.3598-0.0424-0.1798-14.6635-10.4199-1.0928
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377.8322-1.51093.39873.1187-0.51291.22840.1018-0.58850.3003-0.2103-0.0433-0.2726-0.1251-0.082-0.0585-0.110.05220.0325-0.1137-0.0452-0.1494-16.1652-16.450348.2635
381.1991-4.8385-0.94994.0992-0.94652.32810.09880.5556-0.5072-0.5395-0.32890.54570.0776-0.05580.23010.07090.0791-0.1124-0.1361-0.071-0.0277-25.542-12.058732.7926
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401.3518-3.04-0.10593.90951.38614.69970.22250.35810.214-0.7529-0.29860.1224-0.47940.02110.07610.13290.1108-0.0209-0.0830.0297-0.1009-18.9634-14.964931.8623
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|47 - 62}A47 - 62
2X-RAY DIFFRACTION2{A|63 - 79}A63 - 79
3X-RAY DIFFRACTION3{A|80 - 92}A80 - 92
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7X-RAY DIFFRACTION7{A|155 - 174}A155 - 174
8X-RAY DIFFRACTION8{A|175 - 187}A175 - 187
9X-RAY DIFFRACTION9{A|188 - 200}A188 - 200
10X-RAY DIFFRACTION10{A|201 - 222}A201 - 222
11X-RAY DIFFRACTION11{A|223 - 235}A223 - 235
12X-RAY DIFFRACTION12{A|236 - 247}A236 - 247
13X-RAY DIFFRACTION13{A|248 - 255}A248 - 255
14X-RAY DIFFRACTION14{A|256 - 270}A256 - 270
15X-RAY DIFFRACTION15{A|271 - 283}A271 - 283
16X-RAY DIFFRACTION16{A|284 - 301}A284 - 301
17X-RAY DIFFRACTION17{A|302 - 315}A302 - 315
18X-RAY DIFFRACTION18{A|316 - 342}A316 - 342
19X-RAY DIFFRACTION19{A|343 - 358}A343 - 358
20X-RAY DIFFRACTION20{A|359 - 375}A359 - 375
21X-RAY DIFFRACTION21{B|42 - 58}B42 - 58
22X-RAY DIFFRACTION22{B|59 - 74}B59 - 74
23X-RAY DIFFRACTION23{B|75 - 87}B75 - 87
24X-RAY DIFFRACTION24{B|88 - 96}B88 - 96
25X-RAY DIFFRACTION25{B|107 - 125}B107 - 125
26X-RAY DIFFRACTION26{B|134 - 149}B134 - 149
27X-RAY DIFFRACTION27{B|150 - 155}B150 - 155
28X-RAY DIFFRACTION28{B|156 - 174}B156 - 174
29X-RAY DIFFRACTION29{B|175 - 187}B175 - 187
30X-RAY DIFFRACTION30{B|188 - 200}B188 - 200
31X-RAY DIFFRACTION31{B|201 - 211}B201 - 211
32X-RAY DIFFRACTION32{B|212 - 224}B212 - 224
33X-RAY DIFFRACTION33{B|225 - 244}B225 - 244
34X-RAY DIFFRACTION34{B|245 - 250}B245 - 250
35X-RAY DIFFRACTION35{B|251 - 268}B251 - 268
36X-RAY DIFFRACTION36{B|269 - 283}B269 - 283
37X-RAY DIFFRACTION37{B|284 - 303}B284 - 303
38X-RAY DIFFRACTION38{B|304 - 348}B304 - 348
39X-RAY DIFFRACTION39{B|349 - 361}B349 - 361
40X-RAY DIFFRACTION40{B|362 - 375}B362 - 375

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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