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- PDB-5nrk: Crystal structure of the sixth cohesin from Acetivibrio celluloly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nrk
タイトルCrystal structure of the sixth cohesin from Acetivibrio cellulolyticus' scaffoldin B in complex with Cel5 dockerin S15I, I16N mutant
要素
  • DocCel5: Type I dockerin repeat domain from A. cellulolyticus family 5 endoglucanase WP_010249057 S15I, I16N mutant
  • Endoglucanase
キーワードPROTEIN BINDING / cellulosome / cohesin / dockerin / type I cohesin-dockerin / Coh-Doc / protein-protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / cellulase / cellulase activity / polysaccharide catabolic process / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase regulatory-like domain / Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Cellulose binding domain ...Carboxypeptidase regulatory-like domain / Type 1 dockerin domain / Dockerin domain / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Cellulose binding domain / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / DocCel5: Type I dockerin repeat domain from A. cellulolyticus family 5 endoglucanase WP_010249057 S15I, I16N mutant / Endoglucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Acetivibrio cellulolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Bule, P. / Najmudin, S. / Fontes, C.M.G.A. / Alves, V.D.
資金援助 ポルトガル, 3件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e TecnologiaEXPL/BIA-MIC/1176/2012 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e TecnologiaPTDC/BIA-PRO/103980/2008 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e TecnologiaPTDC/BIA-MIC/5947/2014 ポルトガル
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structure-function analyses generate novel specificities to assemble the components of multienzyme bacterial cellulosome complexes.
著者: Bule, P. / Cameron, K. / Prates, J.A.M. / Ferreira, L.M.A. / Smith, S.P. / Gilbert, H.J. / Bayer, E.A. / Najmudin, S. / Fontes, C.M.G.A. / Alves, V.D.
履歴
登録2017年4月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase
B: DocCel5: Type I dockerin repeat domain from A. cellulolyticus family 5 endoglucanase WP_010249057 S15I, I16N mutant
C: Endoglucanase
D: DocCel5: Type I dockerin repeat domain from A. cellulolyticus family 5 endoglucanase WP_010249057 S15I, I16N mutant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,07715
ポリマ－44,4784
非ポリマー59911
水10,449580
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6020 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area18070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.539, 79.809, 112.159
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Endoglucanase / scaffoldin


分子量: 14747.412 Da / 分子数: 2 / 断片: ScaB Type I cohesin domain UNP residues 1472-1611 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetivibrio cellulolyticus (バクテリア)
遺伝子: cipV / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RPL0, cellulase
#2: タンパク質 DocCel5: Type I dockerin repeat domain from A. cellulolyticus family 5 endoglucanase WP_010249057 S15I, I16N mutant


分子量: 7491.539 Da / 分子数: 2 / 断片: Type I dockerin domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetivibrio cellulolyticus (バクテリア)
遺伝子: BglC / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R2JFJ6*PLUS

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非ポリマー , 4種, 591分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 580 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.47 % / Mosaicity: 0.18 °
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 0.2 M sodium thiocyanate, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→27.38 Å / Num. obs: 74140 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 327094 / Scaling rejects: 108
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.45-1.472.60.203880733950.9120.1410.254.193.8
7.94-27.384.60.04124235230.9970.020.04630.297.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
Aimless0.3.11データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ccl

2ccl


解像度: 1.45→65.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.645 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1699 3641 4.9 %RANDOM
Rwork0.144 ---
obs0.1453 70443 98.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.86 Å2 / Biso mean: 14.99 Å2 / Biso min: 4.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å2-0 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→65.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3114 0 27 580 3721
Biso mean--23.46 26.94 -
残基数----421
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.023331
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023240
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4961.9844527
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0937526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5275465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.16826.585123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.79315593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg3.311154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2539
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023820
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02680
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 269 -
Rwork0.183 4859 -
all-5128 -
obs--94.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3974-0.2404-0.13770.43240.11320.7002-0.01490.0221-0.0074-0.0419-0.00890.00720.0111-0.02760.02380.025-0.0095-0.00070.0139-0.00780.007812.20673.083-48.846
22.0191-0.15970.2940.89710.37711.17150.0153-0.2251-0.13380.0948-0.00830.02450.088-0.092-0.0070.0364-0.01410.00280.05590.00280.01397.49875.371-25.918
30.6245-0.16030.27391.08390.29161.9425-0.0065-0.048-0.11070.1223-0.0130.02630.3867-0.00850.01940.11440.00410.01130.0289-0.00650.03330.28473.289-10.572
41.70310.35220.76080.8090.17722.2505-0.07990.16580.0747-0.10150.05120.0109-0.1250.13880.02880.0373-0.0083-0.00320.0542-0.01030.018427.98784.585-31.413
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 142
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 70
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 142
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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