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- PDB-5nrd: A Native Ternary Complex of Alpha-1,3-Galactosyltransferase (a-3G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nrd
タイトルA Native Ternary Complex of Alpha-1,3-Galactosyltransferase (a-3GalT) Supports a Conserved Reaction Mechanism for Retaining Glycosyltransferases - alpha-3GalT in complex with Co2+, UDP-Gal and lactose - a3GalT-Co2+-UDP-Gal-LAT-2
要素N-acetyllactosaminide alpha-1,3-galactosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / glycosyltransferase / GTA
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyllactosaminide 3-alpha-galactosyltransferase / N-acetyllactosaminide 3-alpha-galactosyltransferase activity / Golgi cisterna / : / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / glycosyltransferase activity / vesicle / carbohydrate metabolic process / Golgi apparatus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 6 / Glycosyltransferase family 6 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-lactose / : / GALACTOSE-URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / N-acetyllactosaminide alpha-1,3-galactosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Albesa-Jove, D. / Marina, A. / Sainz-Polo, M.A. / Guerin, M.E.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: Structural Snapshots of alpha-1,3-Galactosyltransferase with Native Substrates: Insight into the Catalytic Mechanism of Retaining Glycosyltransferases.
著者: Albesa-Jove, D. / Sainz-Polo, M.A. / Marina, A. / Guerin, M.E.
履歴
登録2017年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetyllactosaminide alpha-1,3-galactosyltransferase
B: N-acetyllactosaminide alpha-1,3-galactosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,4168
ポリマ－68,7312
非ポリマー1,6856
水3,981221
1
A: N-acetyllactosaminide alpha-1,3-galactosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4255
ポリマ－34,3651
非ポリマー1,0604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: N-acetyllactosaminide alpha-1,3-galactosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9913
ポリマ－34,3651
非ポリマー6252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.414, 65.694, 83.014
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 N-acetyllactosaminide alpha-1,3-galactosyltransferase / UDP-galactose:beta-D-galactosyl-1 / 4-N-acetyl-D-glucosaminide alpha-1 / 3-galactosyltransferase / ...UDP-galactose:beta-D-galactosyl-1 / 4-N-acetyl-D-glucosaminide alpha-1 / 3-galactosyltransferase / Galactosyltransferase


分子量: 34365.492 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 80-368 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GGTA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14769, N-acetyllactosaminide 3-alpha-galactosyltransferase
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 226分子

#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-GDU / GALACTOSE-URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-D-GALACTOPYRANOSE / UDP-ガラクト-ス


分子量: 566.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H24N2O17P2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.32 % / 解説: prisms
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02 M L-Na-glutamate, 0.02 M alanine (racemic), 0.02 M glycine, 0.02 M L-lysine (racemic), 0.02 M serine (racemic), 0.1 M Sodium HEPES-MOPS (acid) mix pH 7.5, 20% (v/v) glycerol and 10% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→57.32 Å / Num. obs: 39807 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 8.03
反射 シェル解像度: 2.12→2.2 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Num. unique obs: 3918 / CC1/2: 0.519 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2219: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NR9

5nr9


解像度: 2.12→57.316 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.67
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2487 1872 4.73 %Random selection
Rwork0.2121 ---
obs0.2138 39692 95.15 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→57.316 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4533 0 103 221 4857
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034811
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5936577
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2172790
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045708
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004829
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.12-2.14910.40491290.36662694X-RAY DIFFRACTION94
2.1491-2.17980.36851270.35262879X-RAY DIFFRACTION94
2.1798-2.21230.34451620.34412753X-RAY DIFFRACTION95
2.2123-2.24690.35011450.32462832X-RAY DIFFRACTION95
2.2469-2.28370.34461620.31192773X-RAY DIFFRACTION95
2.2837-2.32310.36541410.30672822X-RAY DIFFRACTION94
2.3231-2.36530.37481480.30152742X-RAY DIFFRACTION94
2.3653-2.41080.33831430.30172800X-RAY DIFFRACTION94
2.4108-2.460.37241540.29342815X-RAY DIFFRACTION95
2.46-2.51350.30971030.27592855X-RAY DIFFRACTION95
2.5135-2.5720.27471410.2642815X-RAY DIFFRACTION95
2.572-2.63630.27561510.25312846X-RAY DIFFRACTION95
2.6363-2.70760.2651290.23762797X-RAY DIFFRACTION95
2.7076-2.78730.26591690.22542769X-RAY DIFFRACTION94
2.7873-2.87720.27461270.22332816X-RAY DIFFRACTION94
2.8772-2.98010.22191420.22817X-RAY DIFFRACTION94
2.9801-3.09940.25221170.19352881X-RAY DIFFRACTION96
3.0994-3.24040.21691090.1832790X-RAY DIFFRACTION94
3.2404-3.41120.25451400.18062915X-RAY DIFFRACTION97
3.4112-3.62490.1971140.18682888X-RAY DIFFRACTION97
3.6249-3.90470.21361500.17532900X-RAY DIFFRACTION97
3.9047-4.29760.19291690.1542872X-RAY DIFFRACTION98
4.2976-4.91910.1861620.14472865X-RAY DIFFRACTION97
4.9191-6.19640.2241430.17932844X-RAY DIFFRACTION95
6.1964-57.33670.21141300.22837X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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