PDB-5nr4: Crystal structure of Clasp2 TOG1 domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nr4

タイトル

Crystal structure of Clasp2 TOG1 domain

要素

CLIP-associating protein 2

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Microtubules / TOG domain / Tubulin

機能・相同性

機能・相同性情報

presynaptic cytoskeleton organization / cortical microtubule plus-end / negative regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / vesicle targeting / microtubule anchoring / basal cortex / positive regulation of extracellular matrix disassembly / Role of ABL in ROBO-SLIT signaling / microtubule organizing center organization / kinetochore microtubule ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.198 Å

データ登録者

Sharma, A. / Olieric, N. / Weinert, T. / Olieric, V. / Steinmetz, M.O.

引用

ジャーナル: Dev. Cell / 年: 2018
タイトル: CLASP Suppresses Microtubule Catastrophes through a Single TOG Domain.
著者: Aher, A. / Kok, M. / Sharma, A. / Rai, A. / Olieric, N. / Rodriguez-Garcia, R. / Katrukha, E.A. / Weinert, T. / Olieric, V. / Kapitein, L.C. / Steinmetz, M.O. / Dogterom, M. / Akhmanova, A.

履歴

登録	2017年4月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年7月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nr4.cif.gz	194.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nr4.ent.gz	155.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nr4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5nr4_validation.pdf.gz	441.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nr4_full_validation.pdf.gz	451.9 KB	表示
XML形式データ	5nr4_validation.xml.gz	26.3 KB	表示
CIF形式データ	5nr4_validation.cif.gz	41.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/5nr4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/5nr4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6mq5-2 4g3a-1 3psk-2 6mq5-1 5d66-2 5ltv-3 4pq8-d 2eta-2 5lt9-1 3lqi-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (2) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (2) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (5) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CLIP-associating protein 2

B: CLIP-associating protein 2

51.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CLIP-associating protein 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CLIP-associating protein 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.083, 47.116, 74.152
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.83, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	CLIP-associating protein 2 / Cytoplasmic linker-associated protein 2 / Protein Orbit homolog 2 / hOrbit2 分子量: 25754.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLASP2, KIAA0627 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75122
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 770 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30mM Sodium fluoride; 30mM Sodium bromide; 30mM Sodium iodide; 100mM Tris(Base)/Bicine pH 8.5; 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG1000; 12.5% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.19→38.5 Å / Num. obs: 128081 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.2 % / Net I/σ(I): 13.42

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2420: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELXCD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.198→38.491 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.21

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2136	2003	1.57 %
R_work	0.2003	-	-
obs	0.2005	127811	98.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.198→38.491 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3360	0	0	770	4130

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3423
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.273	4612
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.969	1294
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	529
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	584

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1976-1.2275	0.297	130	0.2954	8062	X-RAY DIFFRACTION	89
1.2275-1.2607	0.2986	133	0.2798	8831	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2607-1.2978	0.2513	145	0.2594	8968	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2978-1.3397	0.2665	148	0.249	9030	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3397-1.3876	0.2452	142	0.2375	9068	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3876-1.4431	0.2308	142	0.2312	9003	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4431-1.5088	0.2249	144	0.2151	9045	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5088-1.5884	0.2155	144	0.1997	9052	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5884-1.6879	0.2192	147	0.1965	9118	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6879-1.8182	0.2116	140	0.1932	9037	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8182-2.0012	0.2072	152	0.1948	9068	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0012-2.2907	0.1987	141	0.1839	9098	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2907-2.8859	0.2141	146	0.1952	9155	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8859-38.5113	0.1964	149	0.1853	9273	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8077	2.0297	-0.1685	5.0254	-0.4335	2.3724	-0.1037	-0.205	0.0618	0.2573	-0.1812	0.0252	-0.1489	0.0836	0.1589	0.2984	-0.0201	0.0513	0.2526	-0.0073	0.2218	21.0911	-7.8239	51.4476
2	1.4357	0.4454	-0.0132	3.8238	-0.7052	1.6157	-0.0209	-0.1661	-0.2211	0.347	-0.1008	-0.1011	0.0153	0.2618	0.0567	0.3115	-0.0092	-0.0025	0.2347	0.0117	0.1708	28.6204	-12.3668	48.9594
3	3.898	-2.8516	1.1253	2.0893	-0.8198	0.3256	-0.0474	-0.3937	-0.2735	0.3649	0.2471	0.1236	0.1719	0.0829	-0.061	0.4153	0	0.0955	0.3523	0.0513	0.3696	13.94	-18.6802	46.7393
4	4.396	1.7306	-0.5225	1.7974	-0.3031	0.9445	-0.0026	0.0758	0.0678	0.0092	0.0293	0.0513	-0.1853	-0.0115	-0.0211	0.1194	-0.0045	0.0001	0.1416	-0.0059	0.1313	21.8936	-7.0527	41.2939
5	1.608	0.6868	-0.1996	1.4114	-0.1812	0.9522	0.0273	-0.1008	-0.1049	0.0934	-0.0701	0.0401	0.053	-0.0045	0.0437	0.1078	-0.0026	0.0091	0.1127	-0.0035	0.126	24.8309	-12.37	35.4816
6	2.8207	1.6603	0.4208	1.9323	0.4064	0.7701	0.005	0.0372	-0.2468	0.0475	-0.0222	-0.1929	0.1161	0.0474	0.037	0.0922	0.0082	0.0065	0.1104	0.0014	0.1443	31.5747	-14.3611	29.559
7	1.2387	0.9484	-0.3211	1.4995	-0.4687	0.5587	-0.0261	0.0633	0.116	-0.0033	0.0274	0.261	-0.0153	-0.188	0.0056	0.1156	0.0052	0.0093	0.143	-0.0111	0.1382	22.3433	-9.2584	21.4091
8	0.435	0.4724	-0.0505	2.497	0.2202	0.434	0.0324	0.0118	-0.1012	0.0841	-0.0588	-0.0786	0.1195	0.0537	0.0343	0.1134	0.0088	0.0065	0.0989	0.0026	0.1209	31.87	-12.8613	19.6452
9	4.4212	-5.0941	0.577	7.7103	-3.3009	3.8516	0.0018	0.139	-0.1336	-0.1526	0.0697	0.2801	0.2075	-0.1639	-0.0135	0.1893	0.0012	0.0059	0.2255	0.0311	0.229	20.7351	-21.1001	13.7723
10	0.2182	0.0284	0.2331	1.0873	0.3592	0.6526	-0.0353	0.0101	-0.057	0.0231	0.0278	-0.0264	0.0393	0.0472	0.0103	0.0967	0.013	0.0096	0.1116	0.0041	0.0907	31.5501	-10.4636	10.2615
11	0.4852	-0.2853	0.0099	1.8047	-0.3263	0.6407	-0.0004	0.0002	-0.1088	-0.0274	-0.0199	-0.0413	0.0788	0.0352	0.0173	0.1296	-0.0017	0.0157	0.1089	0.0024	0.1062	32.0337	-12.5254	0.0673
12	0.3215	0.0881	0.2698	0.0357	0.0339	0.5738	0.2366	-0.54	-0.0887	0.1942	-0.1116	0.0644	0.1619	-0.34	0.2307	0.3702	-0.341	-0.0447	0.6983	-0.0866	0.105	40.865	15.7606	58.7463
13	0.6672	0.3765	0.1696	0.841	0.0822	0.54	0.3375	-0.5034	-0.2711	0.2426	-0.3088	-0.0664	0.1766	-0.0878	-0.007	0.1848	-0.0926	-0.0304	0.2822	0.0146	0.1553	40.1105	12.1734	45.3552
14	0.6048	0.0575	0.1941	0.6308	0.0413	1.169	-0.0069	-0.0248	0.0203	-0.0026	-0.0462	-0.0218	-0.0524	0.0775	0.0537	0.098	0.0049	-0.008	0.1	0.0061	0.1012	39.8483	14.9334	27.7737
15	1.0851	-0.2951	-0.0472	1.8514	-0.1579	0.94	-0.0688	-0.0915	-0.0574	-0.0635	-0.0444	-0.1542	0.1809	0.2653	0.1017	0.1657	0.0515	0.0275	0.1731	0.0252	0.1091	41.1222	13.2823	11.4693

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 18 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 33 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 34 through 45 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 46 through 64 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 65 through 102 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 103 through 122 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 123 through 141 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 142 through 159 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 160 through 165 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 166 through 199 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 200 through 229 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 10 through 64 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 65 through 122 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 123 through 199 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 200 through 229 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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