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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nqg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Plasmodium vivax AMA1 in complex with a 39 aa PvRON2 peptide | ||||||
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![]() | CELL INVASION / AMA1 / RON2 / Malaria | ||||||
機能・相同性 | Apical membrane antigen 1 domain superfamily / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / Apical membrane antigen 1 / membrane => GO:0016020 / membrane / Rhoptry neck protein 2 / Apical merozoite antigen 1 / Apical merozoite antigen 1![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vulliez-le Normand, B. / Saul, F.A. / Faber, B.W. / Bentley, G.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cross-reactivity between apical membrane antgen 1 and rhoptry neck protein 2 in P. vivax and P. falciparum: A structural and binding study. 著者: Vulliez-Le Normand, B. / Saul, F.A. / Hoos, S. / Faber, B.W. / Bentley, G.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 77.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 438.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54413.008 Da / 分子数: 1 / 変異: Q119E, S178N, N226D, N441Q / 由来タイプ: 組換発現 詳細: EXPRESSION TAG: E1, A2, S3, I4 ENGINEERED MUTATIONS : Q119E, S178N, N226D, N441Q. EXPRESSION TAG: LEQKLISEEDLNSAVDHHHHHH 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: AMA1 / 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4106.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: PEG 3350, sodium citrate, isopropanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月9日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→42.5 Å / Num. obs: 28667 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 40.13 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4162 / CC1/2: 0.698 / Rpim(I) all: 0.452 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1W8K 解像度: 2.15→39.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9233 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU R Cruickshank DPI: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.197 / SU Rfree Blow DPI: 0.175 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.174
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原子変位パラメータ | Biso mean: 49.54 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.297 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.15→39.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / Total num. of bins used: 14
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