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- PDB-5nq6: Crystal structure of the inhibited form of the redox-sensitive Su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nq6
タイトルCrystal structure of the inhibited form of the redox-sensitive SufE-like sulfur acceptor CsdE from Escherichia coli at 2.40 Angstrom Resolution
要素Sulfur acceptor protein CsdE
キーワードSULFUR-ACCEPTOR PROTEIN / SULFUR-BINDING PROTEIN / L-CYSTEINE DESULFURASE / TRANSPERSULFURATION / SULFUR TRAFFICKING
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic threonylcarbamoyladenosine biosynthetic process / sulfur carrier activity
類似検索 - 分子機能
Cysteine desulfurase, sulphur acceptor subunit CsdE / Fe-S metabolism associated domain, SufE-like / Fe-S metabolism associated domain / Sufe protein. Chain: A - #10 / Sufe protein. Chain: A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sulfur acceptor protein CsdE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Penya-Soler, E. / Aranda, J. / Lopez-Estepa, M. / Gomez, S. / Garces, F. / Coll, M. / Fernandez, F.J. / Vega, M.C.
資金援助 スペイン, ベルギー, 7件
組織認可番号国
Instituto de Salud Carlos IIIPI12/01667 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessPET2008_0101 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2009-11184 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2010-22260-C02-02 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessCTQ2015-66206-C2-2-R スペイン
Regional Government of MadridS2010/BD-2316 スペイン
European CommissionComplexINC (Contract No. 279039) ベルギー
引用
ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Insights into the inhibited form of the redox-sensitive SufE-like sulfur acceptor CsdE.
著者: Pena-Soler, E. / Aranda, J. / Lopez-Estepa, M. / Gomez, S. / Garces, F. / Coll, M. / Fernandez, F.J. / Tunon, I. / Vega, M.C.
#1: ジャーナル: ACS Catalysis / 年: 2016
タイトル: Mechanism of Sulfur Transfer Across Protein-Protein Interfaces: The Cysteine Desulfurase Model System
著者: Fernandez, F.J. / Arda, A. / Lopez-Estepa, M. / Aranda, J. / Penya-Soler, E. / Garces, F. / Round, A. / Campos-Olivas, R. / Bruix, M. / Coll, M. / Tunon, I. / Jimenez-Barbero, J. / Vega, M.C.
履歴
登録2017年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfur acceptor protein CsdE
B: Sulfur acceptor protein CsdE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3858
ポリマ－33,8292
非ポリマー5576
水84747
1
A: Sulfur acceptor protein CsdE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0983
ポリマ－16,9141
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sulfur acceptor protein CsdE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2875
ポリマ－16,9141
非ポリマー3724
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.433, 58.433, 150.452
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.1917, -0.9796, -0.0597), (-0.6609, -0.0839, -0.7457), (0.7255, 0.1824, -0.6636)
ベクター: -22.2917, 5.5074, 54.6333)

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要素

#1: タンパク質 Sulfur acceptor protein CsdE


分子量: 16914.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: csdE, ygdK, b2811, JW2782 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AGF2
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.09 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium citrate (pH 6.5), 20% (w/v) PEG monomethyl ether (PEG-MME) 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47.964 Å / Num. obs: 12231 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 44.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→47.964 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2486 583 4.79 %
Rwork0.1909 --
obs0.1937 12176 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.964 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2156 0 35 47 2238
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082253
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0083044
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5081354
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006392
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4001-2.64160.33781510.26422782X-RAY DIFFRACTION98
2.6416-3.02380.31741440.2312855X-RAY DIFFRACTION100
3.0238-3.80950.24371560.1832883X-RAY DIFFRACTION100
3.8095-47.97360.21421320.17073073X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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