[日本語] English
万見
- PDB-5npy: Crystal structure of Helicobacter pylori flagellar hook protein FlgE2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5npy
タイトルCrystal structure of Helicobacter pylori flagellar hook protein FlgE2
要素Flagellar basal body protein
キーワードMOTOR PROTEIN / Helicobactyer pylori / flagellum / hook
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent cell motility
類似検索 - 分子機能
Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G-like / : / Flagellar hook protein FlgE/F/G D1 domain / Flagellar basal body rod protein, conserved site / Flagella basal body rod proteins signature. / Flagellar basal-body/hook protein, C-terminal domain / Flagellar basal body rod FlgEFG protein C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / Flagellar hook protein
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.292 Å
データ登録者Loconte, V. / Zanotti, G. / Kekez, I. / Matkovic-Calogovic, D.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Structural characterization of FlgE2 protein from Helicobacter pylori hook.
著者: Loconte, V. / Kekez, I. / Matkovic-Calogovic, D. / Zanotti, G.
履歴
登録2017年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Flagellar basal body protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0272
ポリマ－68,9051
非ポリマー1221
水5,549308
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area300 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area22510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.209, 49.592, 238.261
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Flagellar basal body protein


分子量: 68904.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: G27 / 遺伝子: flgE-2, HPG27_859 / プラスミド: pETit-hp0908 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B5Z7R4
#2: 化合物 ChemComp-144 / TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / メチルトリス(ヒドロキシメチル)アミニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Potassium Thiocyanate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 8.5, 20% w/v PEG3350

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID23-210.8729
シンクロトロンESRF ID23-120.98127
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 2M1PIXEL2016年5月12日
DECTRIS PILATUS3 S 6M2PIXEL2017年3月21日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.87291
20.981271
反射解像度: 2.29→48.551 Å / Num. obs: 23979 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.29→2.4 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.671 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3106 / Rpim(I) all: 0.362 / % possible all: 90.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.292→48.551 Å / SU ML: 0.35 / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.25 / 位相誤差: 28.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2661 2133 4.97 %
Rwork0.1881 --
obs0.192 23686 96.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.292→48.551 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3715 0 8 308 4031
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083792
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9955112
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2792311
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058553
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007669
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2922-2.34550.28871060.24042091X-RAY DIFFRACTION74
2.3455-2.40420.3331480.24072786X-RAY DIFFRACTION99
2.4042-2.46920.37551490.25862765X-RAY DIFFRACTION99
2.4692-2.54180.32851460.25152794X-RAY DIFFRACTION99
2.5418-2.62390.36731460.25562778X-RAY DIFFRACTION99
2.6239-2.71770.31681360.25182756X-RAY DIFFRACTION98
2.7177-2.82650.32821380.24742712X-RAY DIFFRACTION98
2.8265-2.95510.29991480.2342777X-RAY DIFFRACTION99
2.9551-3.11080.32081450.21072826X-RAY DIFFRACTION99
3.1108-3.30570.24131450.18622795X-RAY DIFFRACTION99
3.3057-3.56090.31211410.1792755X-RAY DIFFRACTION99
3.5609-3.91910.25041440.16932719X-RAY DIFFRACTION97
3.9191-4.48580.19881450.12982707X-RAY DIFFRACTION97
4.4858-5.65030.20541450.1322769X-RAY DIFFRACTION99
5.6503-48.56230.20881510.17132779X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 36.8348 Å / Origin y: -0.1189 Å / Origin z: 227.6481 Å
111213212223313233
T0.1647 Å20.003 Å20.022 Å2-0.1652 Å2-0.0042 Å2--0.1703 Å2
L0.1009 °2-0.0833 °20.0204 °2-0.1709 °2-0.1689 °2--0.5528 °2
S0.0461 Å °0.0088 Å °-0.0151 Å °0.0219 Å °0.0423 Å °-0.0266 Å °-0.0914 Å °-0.0125 Å °0.0122 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る