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- PDB-5npu: Inferred ancestral pyruvate decarboxylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5npu
タイトルInferred ancestral pyruvate decarboxylase
要素ANC27
キーワードLYASE / PYRUVATE DECARBOXYLASE / Ancestral Sequence Reconstruction
機能・相同性Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / THIAMINE DIPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Buddrus, L. / Crennell, S.J. / Leak, D.J. / Danson, M.J. / Andrews, E.S.V. / Arcus, V.L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of an inferred ancestral bacterial pyruvate decarboxylase.
著者: Buddrus, L. / Andrews, E.S.V. / Leak, D.J. / Danson, M.J. / Arcus, V.L. / Crennell, S.J.
履歴
登録2017年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年11月28日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.src_method
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANC27
B: ANC27
C: ANC27
D: ANC27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,70813
ポリマ－242,8044
非ポリマー1,9059
水181
1
A: ANC27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1513
ポリマ－60,7011
非ポリマー4502
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ANC27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1513
ポリマ－60,7011
非ポリマー4502
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ANC27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2574
ポリマ－60,7011
非ポリマー5563
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: ANC27
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1513
ポリマ－60,7011
非ポリマー4502
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.330, 108.330, 322.651
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質
ANC27


分子量: 60700.902 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.15 M sodium citrate pH 5.5, 14%(w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月26日 / 詳細: FOCUSSING MIRRORS (TWO
放射モノクロメーター: SI111 DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→93.82 Å / Num. obs: 28526 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 53.8 Å2 / CC1/2: 0.965 / Rmerge(I) obs: 0.241 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 3.5→3.71 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.965 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4512 / CC1/2: 0.422 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2wvg

2wvg


解像度: 3.5→81.1 Å / SU ML: 0.7 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.18
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3186 1358 4.78 %RANDOM
Rwork0.246 ---
obs0.2496 28437 99.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→81.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16540 0 115 1 16656
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00717043
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75223204
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.52610044
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452616
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063019
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.62510.44821220.36712690X-RAY DIFFRACTION100
3.6251-3.77020.38271280.32722662X-RAY DIFFRACTION100
3.7702-3.94180.3851240.31432657X-RAY DIFFRACTION100
3.9418-4.14960.3886960.2912756X-RAY DIFFRACTION100
4.1496-4.40960.3491710.24962608X-RAY DIFFRACTION100
4.4096-4.750.31211390.22922698X-RAY DIFFRACTION100
4.75-5.2280.2851470.22712702X-RAY DIFFRACTION100
5.228-5.98430.31271470.22542703X-RAY DIFFRACTION99
5.9843-7.53870.29391550.20392699X-RAY DIFFRACTION98
7.5387-81.12190.22781290.17762904X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.4663 Å / Origin y: -51.0351 Å / Origin z: -27.8581 Å
111213212223313233
T0.6996 Å2-0.2799 Å2-0.2799 Å2-0.203 Å2-0.2803 Å2--0.5308 Å2
L0.5092 °2-0.1139 °2-0.7681 °2-0.3 °2-0.7587 °2--1.1769 °2
S0.1727 Å °0.1052 Å °-0.0947 Å °-0.0798 Å °-0.0519 Å °0.2747 Å °0.5378 Å °-0.1941 Å °0.0359 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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