[日本語] English
万見
- PDB-5nop: Structure of Mojiang virus attachment glycoprotein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nop
タイトルStructure of Mojiang virus attachment glycoprotein
要素Attachment glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / paramyxovirus / henipavirus / viral attachment / virus entry / 6-bladed beta-propeller
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase activity / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Attachment glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mojiang virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Rissanen, I.R. / Ahmed, A.A. / Beaty, S. / Azarm, K. / Hong, P. / Nambulli, S. / Duprex, P.W. / Lee, B. / Bowden, T.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/L009528/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Idiosyncratic Mojiang virus attachment glycoprotein directs a host-cell entry pathway distinct from genetically related henipaviruses.
著者: Rissanen, I. / Ahmed, A.A. / Azarm, K. / Beaty, S. / Hong, P. / Nambulli, S. / Duprex, W.P. / Lee, B. / Bowden, T.A.
履歴
登録2017年4月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Attachment glycoprotein
B: Attachment glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,9028
ポリマ－104,6902
非ポリマー2136
水16,934940
1
A: Attachment glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4514
ポリマ－52,3451
非ポリマー1063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Attachment glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4514
ポリマ－52,3451
非ポリマー1063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.040, 102.310, 162.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 193 and (name O or name...
21(chain B and ((resid 193 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPASPASP(chain A and ((resid 193 and (name O or name...AA19330
12THRTHRTYRTYR(chain A and ((resid 193 and (name O or name...AA175 - 60512 - 442
13THRTHRTYRTYR(chain A and ((resid 193 and (name O or name...AA175 - 60512 - 442
14THRTHRTYRTYR(chain A and ((resid 193 and (name O or name...AA175 - 60512 - 442
15THRTHRTYRTYR(chain A and ((resid 193 and (name O or name...AA175 - 60512 - 442
16THRTHRTYRTYR(chain A and ((resid 193 and (name O or name...AA175 - 60512 - 442
17THRTHRTYRTYR(chain A and ((resid 193 and (name O or name...AA175 - 60512 - 442
21ASPASPASPASP(chain B and ((resid 193 and (name N or name...BB19330
22THRTHRGLYGLY(chain B and ((resid 193 and (name N or name...BB176 - 61513 - 452
23THRTHRGLYGLY(chain B and ((resid 193 and (name N or name...BB176 - 61513 - 452
24THRTHRGLYGLY(chain B and ((resid 193 and (name N or name...BB176 - 61513 - 452
25THRTHRGLYGLY(chain B and ((resid 193 and (name N or name...BB176 - 61513 - 452
26THRTHRGLYGLY(chain B and ((resid 193 and (name N or name...BB176 - 61513 - 452
27THRTHRGLYGLY(chain B and ((resid 193 and (name N or name...BB176 - 61513 - 452

-
要素

#1: タンパク質 Attachment glycoprotein


分子量: 52344.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Synthetic gene / 由来: (組換発現) Mojiang virus (ウイルス) / 遺伝子: G, MojVGP5 / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: W8TIR7
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 940 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 16.4% PEG 6000, 0.82 M lithium chloride, 0.082 M citrate pH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96863 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月30日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→49.33 Å / Num. obs: 74486 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 18.96 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.94-1.9950.821.90.657198.4
8.68-49.334.60.03630.40.999199.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia20.3.6.3データ削減
xia20.3.6.3データスケーリング
PHENIXdev_2283位相決定
PHENIXdev_2283精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VSM

2vsm


解像度: 1.94→49.325 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2224 3627 4.89 %
Rwork0.1817 --
obs0.1837 74170 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 87.74 Å2 / Biso mean: 20.8617 Å2 / Biso min: 6.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→49.325 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6669 0 6 940 7615
Biso mean--35.7 27.8 -
残基数----857
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066860
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7829319
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561004
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061198
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7294106
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3701X-RAY DIFFRACTION5.124TORSIONAL
12B3701X-RAY DIFFRACTION5.124TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.94-1.96550.31671410.26842550269196
1.9655-1.99250.31751380.24952683282199
1.9925-2.02090.27521310.25326912822100
2.0209-2.05110.32681410.249626882829100
2.0511-2.08320.27321680.24126622830100
2.0832-2.11730.28431420.23326592801100
2.1173-2.15380.26431340.227927262860100
2.1538-2.1930.25021290.223226912820100
2.193-2.23520.28911260.224127172843100
2.2352-2.28080.28461230.225927232846100
2.2808-2.33040.26991410.20582692283399
2.3304-2.38460.26151360.20392627276398
2.3846-2.44420.23851550.19142661281699
2.4442-2.51030.23121220.2012739286199
2.5103-2.58420.2481660.201226772843100
2.5842-2.66760.26871380.191527062844100
2.6676-2.76290.22561370.180527432880100
2.7629-2.87350.22471530.183327022855100
2.8735-3.00430.27851330.17752732286599
3.0043-3.16270.19551160.16922721283799
3.1627-3.36080.18771470.162127312878100
3.3608-3.62020.18651460.155927382884100
3.6202-3.98430.18491450.143527602905100
3.9843-4.56050.14061320.12632788292099
4.5605-5.74440.17781520.13532776292899
5.7444-49.34120.18041350.17492960309599

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る