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- PDB-5noo: Crystal Structure of C.elegans Thymidylate Synthase in Complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5noo
タイトルCrystal Structure of C.elegans Thymidylate Synthase in Complex with dUMP and Tomudex
要素Thymidylate synthase
キーワードTRANSFERASE / enzyme / nematode / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / methylation
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TOMUDEX / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wilk, P. / Jarmula, A. / Maj, P. / Dowiercial, A. / Banaszak, K. / Rypniewski, W. / Rode, W.
資金援助 ポーランド, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Higher EducationN301 3948 33 ポーランド
National Science Centre2011/01/B/NZ6/01781 ポーランド
引用ジャーナル: J. Mol. Graph. Model. / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of nematode (parasitic T. spiralis and free living C. elegans), compared to mammalian, thymidylate synthases (TS). Molecular docking and molecular dynamics ...タイトル: Crystal structures of nematode (parasitic T. spiralis and free living C. elegans), compared to mammalian, thymidylate synthases (TS). Molecular docking and molecular dynamics simulations in search for nematode-specific inhibitors of TS.
著者: Jarmua, A. / Wilk, P. / Maj, P. / Ludwiczak, J. / Dowiercia, A. / Banaszak, K. / Rypniewski, W. / Ciesla, J. / Dabrowska, M. / Fraczyk, T. / Bronowska, A.K. / Jakowiecki, J. / Filipek, S. / Rode, W.
履歴
登録2017年4月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2017年5月3日ID: 4IQQ
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase
B: Thymidylate synthase
C: Thymidylate synthase
D: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,49012
ポリマ－143,4244
非ポリマー3,0678
水1,51384
1
A: Thymidylate synthase
B: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2456
ポリマ－71,7122
非ポリマー1,5334
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7160 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area23190 Å2
手法PISA
2
C: Thymidylate synthase
D: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2456
ポリマ－71,7122
非ポリマー1,5334
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6750 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area22860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.085, 94.314, 122.048
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.360, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Thymidylate synthase


分子量: 35855.902 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y052, thymidylate synthase
#2: 化合物
ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C9H13N2O8P / 参照: thymidylate synthase
#3: 化合物
ChemComp-D16 / TOMUDEX / ZD1694 / Raltitrexed / ラルチトレキセド


分子量: 458.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22N4O6S / コメント: 化学療法薬, 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.65 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 7.0, 0.2M NaAcetate, 17% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION NOVA / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→14.7 Å / Num. obs: 32822 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.375 / Num. unique all: 4929 / Rsym value: 0.375 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1-2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
CrysalisPro1.171.36.20データ削減
CrysalisPro1.171.36.20データ収集
PHASER2.3.0位相決定
SCALA3.3.20データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EB4

4eb4


解像度: 2.9→14.7 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 --
Rwork0.2102 --
obs-32808 96.01 %
原子変位パラメータBiso max: 158.43 Å2 / Biso mean: 41.6245 Å2 / Biso min: 8.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→14.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9163 0 208 84 9455
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.9847 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3362 129 -
Rwork0.3029 2645 -
obs--99.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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