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- PDB-5nna: Isatin hydrolase A (IHA) from Labrenzia aggregata bound to benzyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nna
タイトルIsatin hydrolase A (IHA) from Labrenzia aggregata bound to benzyl benzoate
要素isatin hydrolase A
キーワードHYDROLASE / Isatin / Labrenzia aggregata / benzyl benzoate
機能・相同性
機能・相同性情報


arylformamidase activity / tryptophan catabolic process to kynurenine
類似検索 - 分子機能
Putative cyclase / Kynurenine formamidase/cyclase-like / Kynurenine formamidase superfamily / Putative cyclase / Glucose Oxidase; domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID PHENYLMETHYLESTER / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Putative cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Labrenzia aggregata (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Sommer, T. / Bjerregaard-Andersen, K. / Morth, J.P.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: A fundamental catalytic difference between zinc and manganese dependent enzymes revealed in a bacterial isatin hydrolase.
著者: Sommer, T. / Bjerregaard-Andersen, K. / Uribe, L. / Etzerodt, M. / Diezemann, G. / Gauss, J. / Cascella, M. / Morth, J.P.
履歴
登録2017年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: isatin hydrolase A
B: isatin hydrolase A
C: isatin hydrolase A
D: isatin hydrolase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,86415
ポリマ－115,2414
非ポリマー1,62211
水18,3931021
1
A: isatin hydrolase A
B: isatin hydrolase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7099
ポリマ－57,6212
非ポリマー1,0887
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8550 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area18540 Å2
手法PISA
2
C: isatin hydrolase A
D: isatin hydrolase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1556
ポリマ－57,6212
非ポリマー5344
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8170 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area19410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.690, 70.670, 92.920
Angle α, β, γ (deg.)108.23, 95.94, 101.48
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
isatin hydrolase A


分子量: 28810.295 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The His-tag was visible in the density in this molecule
由来: (組換発現) Labrenzia aggregata (バクテリア)
遺伝子: SIAM614_30646 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0P0F0

-
非ポリマー , 6種, 1032分子

#2: 化合物
ChemComp-BZM / BENZOIC ACID PHENYLMETHYLESTER / 安息香酸ベンジル


分子量: 212.244 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12O2 / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1021 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.12 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 28 % PEG 1500 and 1 mM MnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1.0004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→63.544 Å / Num. obs: 135214 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3 % / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.5→1.54 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
xia2データ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4M8D

4m8d


解像度: 1.5→63.544 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 16.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.177 6635 4.91 %
Rwork0.1479 --
obs0.1493 135163 96.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→63.544 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7908 0 105 1021 9034
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0118432
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09311536
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.3377202
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731224
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091534
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.51710.23482070.21294162X-RAY DIFFRACTION93
1.5171-1.53490.20542080.18774159X-RAY DIFFRACTION94
1.5349-1.55360.24171830.18554277X-RAY DIFFRACTION94
1.5536-1.57330.22932200.18174270X-RAY DIFFRACTION95
1.5733-1.5940.21462170.17424142X-RAY DIFFRACTION95
1.594-1.61590.20252420.17434181X-RAY DIFFRACTION95
1.6159-1.63890.21322520.16924275X-RAY DIFFRACTION95
1.6389-1.66340.19212020.16124182X-RAY DIFFRACTION95
1.6634-1.68940.18692220.15614262X-RAY DIFFRACTION95
1.6894-1.71710.18232500.1564243X-RAY DIFFRACTION95
1.7171-1.74670.20232460.15334198X-RAY DIFFRACTION95
1.7467-1.77850.20432440.15714224X-RAY DIFFRACTION96
1.7785-1.81270.20592210.15614295X-RAY DIFFRACTION96
1.8127-1.84970.18851980.15024310X-RAY DIFFRACTION96
1.8497-1.88990.20482230.15824308X-RAY DIFFRACTION96
1.8899-1.93390.19312290.15094241X-RAY DIFFRACTION96
1.9339-1.98220.16682350.14474339X-RAY DIFFRACTION96
1.9822-2.03580.18362030.14394274X-RAY DIFFRACTION97
2.0358-2.09570.16862530.14364322X-RAY DIFFRACTION97
2.0957-2.16340.1792550.14624254X-RAY DIFFRACTION97
2.1634-2.24070.18162110.14744314X-RAY DIFFRACTION97
2.2407-2.33040.17632260.15384325X-RAY DIFFRACTION97
2.3304-2.43650.1971850.14974387X-RAY DIFFRACTION97
2.4365-2.5650.18621900.15214376X-RAY DIFFRACTION98
2.565-2.72570.18292330.14924360X-RAY DIFFRACTION97
2.7257-2.93610.17532520.14764286X-RAY DIFFRACTION97
2.9361-3.23160.16042140.14734313X-RAY DIFFRACTION96
3.2316-3.69920.1512230.13434406X-RAY DIFFRACTION98
3.6992-4.66030.14412010.11834425X-RAY DIFFRACTION99
4.6603-63.60120.13821900.13814418X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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