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- PDB-5nmg: 868 TCR in complex with HLA A02 presenting SLYFNTIAVL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nmg
タイトル868 TCR in complex with HLA A02 presenting SLYFNTIAVL
要素
  • (Human T-cell ...) x 2
  • Beta-2-microglobulin
  • Gag protein
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC / TCR / CD8+
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis And Processing Of GAG, GAGPOL Polyproteins / host cellular component / host cell nuclear membrane / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation ...Synthesis And Processing Of GAG, GAGPOL Polyproteins / host cellular component / host cell nuclear membrane / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / CD8 receptor binding / Vpr-mediated nuclear import of PICs / viral budding via host ESCRT complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Early Phase of HIV Life Cycle / beta-2-microglobulin binding / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / Binding and entry of HIV virion / detection of bacterium / T cell receptor binding / Membrane binding and targetting of GAG proteins / : / : / negative regulation of receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / Assembly Of The HIV Virion / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / Budding and maturation of HIV virion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / host multivesicular body / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of protein binding / specific granule lumen / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / late endosome membrane / sensory perception of smell / antibacterial humoral response / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / protein refolding / viral nucleocapsid / early endosome membrane / protein homotetramerization
類似検索 - 分子機能
Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / : / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Gag polyprotein / Beta-2-microglobulin / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Cole, D.K. / Fuller, A. / Sewell, A.K.
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2017
タイトル: Dual Molecular Mechanisms Govern Escape at Immunodominant HLA A2-Restricted HIV Epitope.
著者: Cole, D.K. / Fuller, A. / Dolton, G. / Zervoudi, E. / Legut, M. / Miles, K. / Blanchfield, L. / Madura, F. / Holland, C.J. / Bulek, A.M. / Bridgeman, J.S. / Miles, J.J. / Schauenburg, A.J.A. ...著者: Cole, D.K. / Fuller, A. / Dolton, G. / Zervoudi, E. / Legut, M. / Miles, K. / Blanchfield, L. / Madura, F. / Holland, C.J. / Bulek, A.M. / Bridgeman, J.S. / Miles, J.J. / Schauenburg, A.J.A. / Beck, K. / Evavold, B.D. / Rizkallah, P.J. / Sewell, A.K.
履歴
登録2017年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Gag protein
D: Human T-cell receptor alpha chain
E: Human T-cell Receptor beta chain
F: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: Gag protein
I: Human T-cell receptor alpha chain
J: Human T-cell Receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,50332
ポリマ－188,94510
非ポリマー1,55822
水2,648147
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Gag protein
D: Human T-cell receptor alpha chain
E: Human T-cell Receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,74823
ポリマ－94,4735
非ポリマー1,27518
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
G: Beta-2-microglobulin
H: Gag protein
I: Human T-cell receptor alpha chain
J: Human T-cell Receptor beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7559
ポリマ－94,4735
非ポリマー2824
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)209.360, 85.110, 113.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11J-302-

SO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21F
12B
22G
13D
23I
14E
24J

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYPROPROAA1 - 2761 - 276
21GLYGLYPROPROFF1 - 2761 - 276
12METMETMETMETBB0 - 991 - 100
22METMETMETMETGG0 - 991 - 100
13LYSLYSSERSERDD2 - 2011 - 200
23LYSLYSSERSERII2 - 2011 - 200
14ALAALAALAALAEE2 - 2412 - 241
24ALAALAALAALAJJ2 - 2412 - 241

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AFBG

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31951.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CH

#3: タンパク質・ペプチド Gag protein


分子量: 977.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: W0GUW4, UniProt: P04591*PLUS

-
Human T-cell ... , 2種, 4分子 DIEJ

#4: タンパク質 Human T-cell receptor alpha chain


分子量: 22224.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質 Human T-cell Receptor beta chain


分子量: 27440.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 169分子

#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.89 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium Cacodylate, pH 5.5, 15% PEG 4000, 0.2 M Ammonium Sulphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→99.5 Å / Num. obs: 54939 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.72→2.79 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.909 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3990 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
xia2データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BNU, 2V2W

2bnu

2v2w


解像度: 2.75→39.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 29.899 / SU ML: 0.285 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.368 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25449 2717 5.1 %RANDOM
Rwork0.19598 ---
obs0.19892 50795 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.233 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.58 Å20 Å2-0 Å2
2---1.89 Å20 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.75→39.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13310 0 97 147 13554
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01913755
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211964
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9621.93218642
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.171327826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.76451643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.123.868711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.921152195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5841596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.21943
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02115393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022979
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9552.4066602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9562.4056601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6463.6058235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6463.6058236
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1462.547152
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1342.5337140
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8463.73810390
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.91627.01114600
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.91427.01214598
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A155880.15
12F155880.15
21B55500.17
22G55500.17
31D106740.15
32I106740.15
41E137680.15
42J137680.15
LS精密化 シェル解像度: 2.747→2.818 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 190 -
Rwork0.318 3690 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.11880.8478-0.4833.08940.03583.3930.08240.01490.0972-0.0936-0.07160.1936-0.1240.0401-0.01080.1778-0.03020.0130.0096-0.00690.014849.104758.964930.0395
22.5049-0.4194-0.738310.6458-0.30542.63680.11970.21360.34280.154-0.17340.875-0.5107-0.50280.05370.22780.0530.01360.3074-0.0190.181343.330191.184944.838
32.65860.2830.36843.90673.55886.36390.0196-0.03030.030.01880.2698-0.39-0.16260.4929-0.28940.1613-0.00490.04370.05650.00250.088662.494378.61343.6585
44.21962.28421.19714.07092.0291.0404-0.03330.1755-0.00070.0047-0.18470.49450.0114-0.13970.2180.1582-0.01350.00780.1409-0.00780.104232.348533.733719.689
57.1228-2.77141.63724.99490.48044.693-0.0107-0.4455-0.76510.4328-0.21390.55510.6617-0.53410.22460.4114-0.1650.01250.4235-0.17030.447128.48332.58348.4719
61.5811-0.47640.03267.5685-0.78591.66760.03730.0139-0.1232-0.0576-0.047-0.34930.16630.30160.00960.1513-0.00090.01210.1299-0.0050.032154.922628.75825.0035
73.2602-0.30192.51912.4480.20496.24180.0761-0.0793-0.13420.0746-0.14090.03250.3117-0.20990.06480.27880.04920.08530.0868-0.06240.173544.60476.27546.6947
84.5756-1.42680.03152.5792-0.20725.5321-0.25910.40550.22110.0444-0.05210.022-0.3477-0.30340.31120.4807-0.0119-0.11450.8466-0.00990.612-9.22224.7368-6.7889
91.5676-0.5198-0.0533.8219-2.26927.97570.04960.05490.2674-0.175-0.0803-0.02670.00840.0250.03060.4676-0.07760.02390.7483-0.05460.6686-8.443923.4668-42.9896
104.1095-0.05640.93522.96070.47074.007-0.3423-0.1637-0.14040.10430.07240.22210.2323-0.04550.26990.501-0.08180.03240.9068-0.04750.6868-24.1416.419-28.1742
113.55961.03551.1590.75980.85076.4651-0.02310.2641-0.0249-0.15120.04290.2105-0.0702-0.0249-0.01980.0960.0521-0.02840.17290.01120.326710.317828.880518.3357
126.8230.873-0.25687.6191-1.33385.74640.0899-0.1808-0.4130.2271-0.1369-0.14590.41340.43760.0470.2633-0.028-0.03020.35-0.04980.201420.878924.99249.1816
131.7949-0.52880.32114.6825-2.0755.8419-0.01750.25480.06030.1124-0.01920.7278-0.0612-0.73020.03670.0648-0.04980.0110.3936-0.07110.5161-9.125516.078523.1765
144.53453.14521.12025.51520.83392.40760.1677-0.34720.27410.4904-0.32250.63730.1675-0.24810.15470.2749-0.06380.18020.2467-0.05480.39064.319623.581650.5936
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2A181 - 276
4X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99
5X-RAY DIFFRACTION4D2 - 115
6X-RAY DIFFRACTION5D116 - 201
7X-RAY DIFFRACTION6E1 - 115
8X-RAY DIFFRACTION7E116 - 242
9X-RAY DIFFRACTION8F1 - 180
10X-RAY DIFFRACTION8H1 - 9
11X-RAY DIFFRACTION9F181 - 276
12X-RAY DIFFRACTION10G0 - 99
13X-RAY DIFFRACTION11I2 - 115
14X-RAY DIFFRACTION12I116 - 201
15X-RAY DIFFRACTION13J2 - 115
16X-RAY DIFFRACTION14J116 - 242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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