[日本語] English
万見
- PDB-5nkv: Crystal structure of dimeric chlorite dismutase from Cyanothece s... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nkv
タイトルCrystal structure of dimeric chlorite dismutase from Cyanothece sp. PCC7425 at pH 9.0 and 293 K.
要素Chlorite Dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / chlorite dismutase / cyanobacteria / heme / ferredoxin-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogen peroxide-dependent heme synthase / oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #3420 / Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / hydrogen peroxide-dependent heme synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanothece sp. PCC 7425 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Puehringer, D. / Schaffner, I. / Mlynek, G. / Obinger, C. / Djinovic-Carugo, K.
引用ジャーナル: ACS Catal / 年: 2017
タイトル: Molecular Mechanism of Enzymatic Chlorite Detoxification: Insights from Structural and Kinetic Studies.
著者: Schaffner, I. / Mlynek, G. / Flego, N. / Puhringer, D. / Libiseller-Egger, J. / Coates, L. / Hofbauer, S. / Bellei, M. / Furtmuller, P.G. / Battistuzzi, G. / Smulevich, G. / Djinovic-Carugo, K. / Obinger, C.
履歴
登録2017年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Chlorite Dismutase
B: Chlorite Dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,48311
ポリマ－43,6622
非ポリマー1,8219
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6310 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area15940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.427, 53.015, 55.337
Angle α, β, γ (deg.)107.300, 98.540, 109.860
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Chlorite Dismutase


分子量: 21830.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cyanothece sp. PCC 7425 (バクテリア)
遺伝子: Cyan7425_1434 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: B8HNS6
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.5
詳細: 0.15 M MgSO4, 0.1 M MES pH 6.5, 30% PEG 3350 grown in capillary counter-diffusion set up and buffer exchanged for 0.15 M MgSO4, 0.1 M Tris HCl pH 9.0, 30% PEG 3350, all dissolved in D2O.

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.489 Å / Num. obs: 27988 / % possible obs: 80.6 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 25.74 Å2 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1457 / % possible all: 42.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_2689精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→19.489 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 20.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.186 1307 4.67 %
Rwork0.1595 --
obs0.1607 27983 80.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 182.62 Å2 / Biso mean: 48.4025 Å2 / Biso min: 9.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→19.489 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2947 0 231 138 3316
Biso mean--53.51 38.75 -
残基数----357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033147
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5814274
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041432
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002537
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5331824
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.080.2072750.18381571164643
2.08-2.17460.2581900.19432086217657
2.1746-2.2890.21621460.18722514266069
2.289-2.43220.24961630.18923009317283
2.4322-2.61960.21431560.1813470362694
2.6196-2.88240.19611690.18083466363594
2.8824-3.29780.20081490.18123485363495
3.2978-4.14830.1721750.13683503367895
4.1483-19.48950.14921840.13433572375697
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.28710.90713.25172.14820.95087.69520.07820.9474-0.1866-0.23870.08210.01860.43870.9650.01380.14320.0630.02390.2335-0.04660.186-6.6308-1.263-0.4554
23.06750.4372.90322.2131.15497.8924-0.1643-0.56430.3040.2761-0.25280.1062-0.5012-0.77460.01730.13380.03270.00570.1411-0.0510.1672-6.52978.324429.7206
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 182)A1 - 182
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 182)B1 - 182

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る