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万見
- PDB-5nku: Joint neutron/X-ray structure of dimeric chlorite dismutase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nku
タイトルJoint neutron/X-ray structure of dimeric chlorite dismutase from Cyanothece sp. PCC7425
要素Chlorite Dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / chlorite dismutase / cyanobacteria / heme / ferredoxin-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #3420 / Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HYDROXIDE ION / Chlorite dismutase
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanothece sp.
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Puehringer, D. / Schaffner, I. / Mlynek, G. / Obinger, C. / Djinovic-Carugo, K.
引用ジャーナル: ACS Catal / 年: 2017
タイトル: Molecular Mechanism of Enzymatic Chlorite Detoxification: Insights from Structural and Kinetic Studies.
著者: Schaffner, I. / Mlynek, G. / Flego, N. / Puhringer, D. / Libiseller-Egger, J. / Coates, L. / Hofbauer, S. / Bellei, M. / Furtmuller, P.G. / Battistuzzi, G. / Smulevich, G. / Djinovic-Carugo, K. / Obinger, C.
履歴
登録2017年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年11月14日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / reflns_shell / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chlorite Dismutase
B: Chlorite Dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0568
ポリマ－43,6622
非ポリマー1,3956
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area16070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.427, 53.015, 55.337
Angle α, β, γ (deg.)107.30, 98.54, 109.86
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Chlorite Dismutase


分子量: 21830.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cyanothece sp. (strain PCC 7425 / ATCC 29141) (バクテリア)
株: PCC 7425 / ATCC 29141 / 遺伝子: Cyan7425_1434 / プラスミド: pEt-52b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: B8HNS6

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非ポリマー , 5種, 116分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.5
詳細: 0.15 M MgSO4, 0.1 M MES pH 6.5, 30% PEG 3350 grown in capillary counter-diffusion set up and buffer exchanged for 0.15 M MgSO4, 0.1 M Tris HCl pH 9.0, 30% PEG 3350, all dissolved in D2O.

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
22931
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
NUCLEAR REACTORORNL Spallation Neutron Source MANDI12.00 - 4.00
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF21.54
検出器
タイプID検出器日付
ORNL ANGER CAMERA1CCD2015年11月30日
RIGAKU RAXIS IV++2IMAGE PLATE2015年11月30日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1LAUELneutron1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
121
241
31.541
反射

Biso Wilson estimate: 25.74 Å2 / Entry-ID: 5NKU / Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2.6 %

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)Net I/σ(I)
2-19.4892798880.65.6
2.35-17.2231429266.77.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2689: ???)精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
Mantiddata processing
精密化

構造決定の手法: 分子置換 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 3QPI

3qpi

/ 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)SU ML交差検証法σ(F)位相誤差
2-19.489X-RAY DIFFRACTION0.18590.14040.14251307279834.6780.650.2FREE R-VALUE1.9720.33
2.35-17.223NEUTRON DIFFRACTION0.25330.23940.24662142924.6366.890.4131.18
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.489 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2947 0 95 110 3152
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0177017
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6312348
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9872580
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09432
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081311
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0177017
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.6312348
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9872580
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09432
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081311
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.080.1952750.14381571X-RAY DIFFRACTION43
2.08-2.17460.2398900.14992086X-RAY DIFFRACTION57
2.1746-2.2890.20271460.14742514X-RAY DIFFRACTION69
2.289-2.43220.22591630.15833009X-RAY DIFFRACTION83
2.4322-2.61960.2091560.16193470X-RAY DIFFRACTION94
2.6196-2.88240.21651690.16363466X-RAY DIFFRACTION94
2.8824-3.29780.19651490.16413485X-RAY DIFFRACTION95
3.2978-4.14830.17761750.12413503X-RAY DIFFRACTION95
4.1483-19.48950.15111840.11953572X-RAY DIFFRACTION97
2.3499-2.53090.3881020.38372125NEUTRON DIFFRACTION52
2.5309-2.78460.33191150.34822469NEUTRON DIFFRACTION60
2.7846-3.18530.27891210.28752737NEUTRON DIFFRACTION67
3.1853-4.00480.24371560.21953053NEUTRON DIFFRACTION75
4.0048-17.22340.2081680.17883246NEUTRON DIFFRACTION80
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: NEUTRON DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.36460.74213.59851.4790.96337.82980.04260.7602-0.1686-0.24210.06060.03730.39430.83820.10980.33190.04220.04130.3555-0.00570.3711-6.6309-1.2516-0.4265
22.67320.23142.49041.38850.96917.4707-0.1327-0.57290.23580.2159-0.22370.0944-0.3813-0.7893-0.25680.34370.02230.0160.33-0.02270.365-6.53188.330829.7424
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1NEUTRON DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 182)
2NEUTRON DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 182)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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