PDB-5niy: Signal recognition particle-docking protein FtsY

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5niy

タイトル

Signal recognition particle-docking protein FtsY

要素

Signal recognition particle-docking protein FtsY

キーワード

SIGNALING PROTEIN / SRP / GTPase / nucleotide / receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

: / signal recognition particle binding / signal-recognition-particle GTPase / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / stringent response / protein targeting / cytoplasmic side of plasma membrane / GTPase activity / GTP binding / protein homodimerization activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Kempf, G. / Stjepanovic, G. / Lapouge, K. / Sinning, I.

資金援助

ドイツ, 3件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: The Escherichia coli SRP Receptor Forms a Homodimer at the Membrane.
著者: Kempf, G. / Stjepanovic, G. / Sloan, J. / Hendricks, A. / Lapouge, K. / Sinning, I.

履歴

登録	2017年3月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月14日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / entity Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.formula_weight
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5niy.cif.gz	140.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5niy.ent.gz	108 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5niy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5niy_validation.pdf.gz	774 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5niy_full_validation.pdf.gz	775.9 KB	表示
XML形式データ	5niy_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	5niy_validation.cif.gz	24.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/5niy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/5niy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yhsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6n5i-2 6n9b-1 6nc4-1 1fts-d 6n6n-2 6n5j-2 6l93-5 6tsp-d 6n9b-2 2iho-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Signal recognition particle-docking protein FtsY

ヘテロ分子

34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.730, 80.640, 59.307
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.23, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Signal recognition particle-docking protein FtsY 分子量: 34004.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: BK350_09725, BK355_12030, BK400_00245 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1M2U897, UniProt: P10121*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p 分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₃P₃ コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.34 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 17% w/v Polyethylene glycol 10,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976251 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→47.7 Å / Num. obs: 33675 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.7 % / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.466 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2YHS

2yhs

解像度: 1.7→47.648 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.99

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1947	1683	5 %
R_work	0.1665	-	-
obs	0.168	33646	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.648 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2302	0	32	286	2620

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2398
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.813	3243
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.252	1472
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	378
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	416

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7501	0.2799	134	0.227	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7501-1.8065	0.2597	140	0.2087	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8065-1.8711	0.2182	138	0.1944	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8711-1.946	0.2496	136	0.1947	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.946-2.0346	0.2404	151	0.1884	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0346-2.1419	0.238	132	0.1824	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1419-2.2761	0.2215	158	0.1769	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2761-2.4518	0.2111	151	0.1755	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4518-2.6985	0.1905	139	0.1721	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6985-3.0889	0.2106	121	0.1722	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0889-3.8914	0.1883	131	0.1505	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8914-47.6664	0.1387	152	0.1428	2718	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5468	1.2095	-0.2095	6.7384	-0.4839	4.0258	-0.093	0.1253	0.3313	-0.4015	0.193	0.8895	0.1333	-0.7226	-0.0613	0.1951	-0.0748	-0.0382	0.3937	0.0877	0.2687	-10.2909	-27.9784	20.6356
2	5.1065	0.6851	0.9308	2.6691	-4.327	7.974	-0.0398	-0.0318	-0.1416	-0.2452	-0.0216	0.0034	0.4373	-0.3767	0.0638	0.2783	-0.0339	0.0113	0.1706	-0.0484	0.1545	-3.7053	-34.1224	11.5334
3	6.3238	-0.2989	1.0014	7.6735	-4.9418	7.2176	-0.0705	-0.3321	-0.5164	-0.2013	-0.0249	-0.6507	0.7578	0.4397	0.1305	0.2741	0.0455	0.0317	0.2129	-0.0515	0.2547	4.7438	-37.2993	19.4052
4	0.1911	0.7879	-0.4201	3.1668	-0.5532	0.5317	-0.0238	-0.0191	-0.0228	0.0021	0.0728	0.0266	0.0811	-0.1175	-0.0695	0.1244	0.0029	-0.0097	0.1907	0.0067	0.1505	3.635	-9.4105	20.362
5	1.4719	-0.3572	-1.0052	2.2372	-0.2801	3.9276	0.1745	0.2584	0.1054	-0.1909	0.0919	0.4058	-0.2206	-0.6616	-0.1464	0.1429	0.0365	0.0098	0.2465	0.0575	0.2438	-0.0778	9.7356	10.0404
6	4.724	0.1642	0.7456	2.8985	-1.0182	3.8624	-0.0349	0.4046	0.2333	-0.3483	0.0313	-0.0543	-0.0927	-0.072	0.0076	0.1724	-0.0042	0.0273	0.1421	0.025	0.1466	8.4529	9.5777	8.9504
7	3.1947	1.9675	1.0282	3.4759	-0.8367	2.5353	-0.099	0.4363	-0.1962	-0.721	0.2425	-0.1544	0.466	0.2006	-0.1084	0.2729	0.0199	0.009	0.2108	-0.0278	0.1698	9.1253	-6.1284	8.1106
8	1.4237	0.0111	-0.2108	4.7624	-0.5899	1.6186	-0.0515	-0.0783	0.0648	-0.016	0.2219	0.3735	0.1799	-0.2852	-0.1519	0.1367	-0.0131	-0.0321	0.1661	0.0328	0.154	-1.3796	-14.8414	20.8605

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 197 through 224 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 225 through 241 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 242 through 263 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 264 through 320 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 321 through 346 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 347 through 389 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 390 through 453 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 454 through 496 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)