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- PDB-2iho: Crystal structure of MOA, a lectin from the mushroom Marasmius or... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iho
タイトルCrystal structure of MOA, a lectin from the mushroom Marasmius oreades in complex with the trisaccharide Gal(1,3)Gal(1,4)GlcNAc
要素Lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / beta-trefoil
機能・相同性
機能・相同性情報


Beta Polymerase; domain 2 - #70 / Agglutinin, C-terminal / Agglutinin C-terminal / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil ...Beta Polymerase; domain 2 - #70 / Agglutinin, C-terminal / Agglutinin C-terminal / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Beta Polymerase; domain 2 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Marasmius oreades (シバフタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Grahn, E. / Askarieh, G. / Holmner, A. / Tateno, H. / Winter, H.C. / Goldstein, I.J. / Krengel, U.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the marasmius oreades mushroom lectin in complex with a xenotransplantation epitope.
著者: Grahn, E. / Askarieh, G. / Holmner, A. / Tateno, H. / Winter, H.C. / Goldstein, I.J. / Krengel, U.
履歴
登録2006年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月21日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4203
ポリマ－32,3291
非ポリマー1,0912
水3,063170
1
A: Lectin
ヘテロ分子

A: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8396
ポリマ－64,6572
非ポリマー2,1824
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area7250 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area22280 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)104.640, 104.640, 112.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Lectin / Agglutinin


分子量: 32328.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Marasmius oreades (シバフタケ) / プラスミド: pT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Nova blue DE3 / 参照: UniProt: Q8X123
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 545.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2-2/a4-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][a-D-Galp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.505585 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.65905 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Hepes, 2.4 M ammonium formate, 0.6 mg/ml N-ethylmaleimide, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97905, 0.93952
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月19日
放射モノクロメーター: Si111 or Si311 crystals, LN2 cooled
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979051
20.939521
反射解像度: 2.2→70 Å / Num. obs: 36670 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 5263 / Rsym value: 0.39 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ProDCデータ収集
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.41→19.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 4.498 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.161
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21126 1413 5 %RANDOM
Rwork0.19048 ---
obs0.19152 26661 99.59 %-
all-26661 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20.11 Å20 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2277 0 74 170 2521
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0212476
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5221.9433394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6135307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.0224.661118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.77315352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.694157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2366
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021917
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.21132
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.21712
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.2196
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2320.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7921.51485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41822344
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.38231161
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6394.51042
LS精密化 シェル解像度: 2.405→2.468 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 106 -
Rwork0.28 1911 -
obs--97.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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