PDB-5nid: Crystal structure of human LTA4H mutant D375N in open conformatio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nid

タイトル

Crystal structure of human LTA4H mutant D375N in open conformation (crystal form II)

要素

Leukotriene A-4 hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Metallopeptidase / epoxide hydrolase / open conformation

機能・相同性

機能・相同性情報

leukotriene-A4 hydrolase / leukotriene-A4 hydrolase activity / tripeptide aminopeptidase activity / tripeptide aminopeptidase / Biosynthesis of protectins / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins / protein metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.568 Å

データ登録者

Stsiapanava, A.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Capturing LTA4 hydrolase in action: Insights to the chemistry and dynamics of chemotactic LTB4 synthesis.
著者: Stsiapanava, A. / Samuelsson, B. / Haeggstrom, J.Z.

履歴

登録	2017年3月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nid.cif.gz	377.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nid.ent.gz	315.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nid.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5nid_validation.pdf.gz	422.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nid_full_validation.pdf.gz	428.2 KB	表示
XML形式データ	5nid_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	5nid_validation.cif.gz	39.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/5nid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/5nid	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dprC 5ni2SC 5ni4C 5ni6C 5niaC 5nieC 4ms6 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5nia-d 5nie-1 3eb7-3 3cho-d 5bpp-d 6enc-d 5nie-3 5aen-d 3fty-d 3ful-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Leukotriene A-4 hydrolase

ヘテロ分子

70.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	153.930, 153.930, 76.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Leukotriene A-4 hydrolase / LTA-4 hydrolase / Leukotriene A(4) hydrolase 分子量: 70191.867 Da / 分子数: 1 / 変異: D375N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LTA4H, LTA4 / プラスミド: pT3MB4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101 / 参照: UniProt: P09960, leukotriene-A4 hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 8% (w/v) PEG 20 000, 15% (w/v) PEG MME 550, 100 mM Hepes/MOPS pH 7.7-8.0, 15 mM CaCl2, 15 mM MgCl2 PH範囲: 7.7-8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.568→44.44 Å / Num. obs: 95099 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 26.76 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05894 / R_pim(I) all: 0.02343 / Net I/σ(I): 13.67
反射シェル	解像度: 1.568→1.624 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 1.882 / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / Num. unique obs: 9558 / CC_1/2: 0.374 / R_pim(I) all: 0.785 / % possible all: 99.74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5NI2

5ni2

解像度: 1.568→44.436 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.15

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2098	4840	5.09 %
R_work	0.1821	-	-
obs	0.1836	95071	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.568→44.436 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4868	0	1	392	5261

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5094
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.956	6936
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.179	1898
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	774
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	888

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.568-1.5858	0.5045	160	0.4476	2987	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5858-1.6045	0.4015	163	0.4199	3036	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6045-1.6241	0.4311	161	0.4004	3032	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6241-1.6446	0.4353	156	0.3782	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6446-1.6663	0.4112	162	0.3513	3005	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6663-1.6891	0.3697	160	0.3363	3029	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6891-1.7132	0.362	165	0.307	3040	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7132-1.7388	0.3349	164	0.2918	3015	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7388-1.766	0.3167	160	0.2737	2977	X-RAY DIFFRACTION	100
1.766-1.7949	0.287	153	0.2627	3000	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7949-1.8259	0.2899	124	0.2477	3040	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8259-1.8591	0.2655	147	0.2415	3051	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8591-1.8948	0.2714	167	0.2309	2996	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8948-1.9335	0.2518	132	0.2217	3054	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9335-1.9756	0.2204	155	0.2313	3010	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9756-2.0215	0.2306	165	0.2097	3027	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0215-2.0721	0.231	160	0.2097	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0721-2.1281	0.2323	149	0.2024	3006	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1281-2.1907	0.2087	171	0.1899	3019	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1907-2.2614	0.209	204	0.1881	2950	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2614-2.3422	0.2291	147	0.1904	3014	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3422-2.436	0.1959	165	0.1876	3020	X-RAY DIFFRACTION	100
2.436-2.5469	0.225	149	0.1761	3007	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5469-2.6811	0.2142	162	0.1741	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6811-2.8491	0.1772	148	0.1822	3051	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8491-3.069	0.2168	201	0.1874	2958	X-RAY DIFFRACTION	100
3.069-3.3778	0.1969	187	0.1769	2980	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3778-3.8663	0.2025	194	0.1485	2985	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8663-4.8702	0.1597	146	0.1283	3036	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8702-44.4536	0.1779	163	0.1617	2991	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6972	0.0775	-0.3715	2.3682	0.6793	1.1008	0.0424	-0.2923	-0.207	0.5959	-0.1011	-0.3122	0.3072	-0.0471	0.0627	0.3646	-0.0399	-0.0753	0.2972	0.0899	0.2205	21.4551	246.3435	-23.4226
2	0.9903	-0.1294	-0.2111	1.7164	0.6117	0.7912	-0.0116	0.0465	0.0805	-0.2179	0.0703	-0.3041	-0.1314	0.0301	-0.0579	0.2895	-0.0179	-0.0174	0.2821	0.0452	0.3525	30.8212	267.3698	-38.8135
3	3.2855	1.0056	-0.5383	1.5475	-0.8181	2.5665	-0.4014	0.5344	0.18	-1.7764	0.3155	-0.1088	-0.005	-0.2999	0.0469	1.1824	-0.0644	0.069	0.526	0.0817	0.426	27.6595	257.0199	-65.0812

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resi 1:208
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resi 209:465 or (resi 900 and resname ZN)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resi 466:609

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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