PDB-5nhy: BAY-707 in complex with MTH1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nhy

タイトル

BAY-707 in complex with MTH1

要素

7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

キーワード

HYDROLASE / NUDIX / NUCLEOTIDE HYDROLASE / INHIBITOR / ONCOLOGY

機能・相同性

機能・相同性情報

2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA protection ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Ellermann, M. / Eheim, A. / Giese, A. / Bunse, S. / Nowak-Reppel, K. / Neuhaus, R. / Weiske, J. / Quanz, M. / Glasauer, A. / Meyer, H. ...

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Novel Class of Potent and Cellularly Active Inhibitors Devalidates MTH1 as Broad-Spectrum Cancer Target.
著者: Ellermann, M. / Eheim, A. / Rahm, F. / Viklund, J. / Guenther, J. / Andersson, M. / Ericsson, U. / Forsblom, R. / Ginman, T. / Lindstrom, J. / Silvander, C. / Tresaugues, L. / Giese, A. / ...

履歴

登録	2017年3月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5nhy.ent.gz	116.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5nhy_validation.pdf.gz	967.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nhy_full_validation.pdf.gz	969.8 KB	表示
XML形式データ	5nhy_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	5nhy_validation.cif.gz	21.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/5nhy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/5nhy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3q93S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3r5y-3 6jvh-1 6jvo-1 3q93-1 6jvt-1 5tzq-1 3zr0-1 6jvm-1 3q93-2 3whw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

38 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
18.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.528, 66.709, 82.075
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / 8-oxo-dGTPase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 1 / Nudix motif 1 分子量: 18253.736 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Full length human MTH1 Isoform p18 containing residuals from a thrombin-cleavage site in N-terminus 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT1, MTH1 / Variant: Isoform p18 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta phage resistant 参照: UniProt: P36639, 8-oxo-dGTP diphosphatase, 2-hydroxy-dATP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-8XT / ~{N}-ethyl-4-[(3~{S})-3-methylmorpholin-4-yl]-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridine-2-carboxamide 分子量: 288.345 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₀N₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.12 % / 解説: Long and large rods
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 22.7% PEG4000, 0.24 ammonium sulfate, 15% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月3日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Silicon (111) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→48.19 Å / Num. obs: 35361 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 30.882 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 1.72→1.75 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 1.298 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1844 / CC_1/2: 0.612 / R_pim(I) all: 0.603 / R_rim(I) all: 1.435 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3Q93

3q93

解像度: 1.72→48.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 9.498 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.132 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26191	1751	5 %	RANDOM
R_work	0.22037	-	-	-
obs	0.22243	33555	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.157 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.32 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.72→48.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2492	0	95	155	2742

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	2669
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2423
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.646	1.989	3613
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.921	3	5625
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.503	5	313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.309	24.091	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.288	15	451
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.68	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	376
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	2930
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	575
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.33	0.782	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.33	0.782	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.538	1.171	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.538	1.172	1537
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.946	1.09	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.944	1.09	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.306	1.599	2073
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.122	10.715	2879
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.121	10.74	2880
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.72→1.765 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.395	112	-
R_work	0.364	2452	-
obs	-	-	99.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9364	0.0004	0.4078	4.3392	0.5682	1.4086	0.0605	0.0247	0.1002	0.0497	0.0491	0.147	-0.0085	-0.0535	-0.1097	0.0235	0.001	0.0227	0.0341	-0.0081	0.447	-1.5155	14.4271	10.1144
2	7.5693	3.3293	2.8824	6.9443	3.2875	1.857	0.1384	-0.4377	-0.0165	0.2229	-0.1727	0.1733	0.1139	-0.1956	0.0343	0.0818	-0.0245	0.0709	0.1138	0.0333	0.4434	-8.191	10.6427	12.9195
3	3.8771	-2.1292	0.885	3.5644	-1.5184	2.1605	0.0725	0.0669	-0.0424	-0.1614	-0.091	0.1471	0.0357	-0.0002	0.0185	0.0435	-0.022	0.006	0.0239	-0.0157	0.4949	-2.8917	8.1102	9.3477
4	3.4892	-0.7255	3.5187	7.6569	-2.0377	29.7929	-0.0081	-0.2101	-0.0702	-0.2132	0.0947	0.5161	-0.002	-0.6647	-0.0866	0.2293	0.0084	0.0359	0.2255	-0.032	0.3926	-10.0633	23.4675	13.0719
5	2.1733	-2.1942	-0.2374	4.7962	-0.0736	2.01	-0.0125	0.0768	0.2749	0.0884	-0.0412	-0.2483	-0.1304	0.1401	0.0537	0.0506	-0.0186	0.0109	0.0351	0.0052	0.4668	7.0182	17.6943	11.4534
6	5.3054	-0.5909	2.8108	4.0225	-1.1834	10.6703	-0.0066	0.1269	-0.2043	-0.0765	-0.1033	-0.0492	0.0826	0.0266	0.1099	0.0099	0.0046	0.0337	0.007	0.0098	0.4379	9.159	3.114	12.0282
7	14.8574	0.5454	-2.7904	4.8183	0.0749	0.5871	0.0106	0.2798	-2.7071	0.4949	-0.3049	-0.3901	0.0387	-0.0091	0.2943	0.1036	0.0073	-0.1258	0.1074	-0.1906	1.2703	30.8287	-14.8501	9.4718
8	9.4276	2.3695	-2.4642	8.7595	0.0318	0.7004	0.0343	0.3114	-1.033	-0.0491	-0.274	-0.1571	0.0052	-0.0883	0.2397	0.3444	0.0534	-0.1695	0.2979	-0.1003	0.55	38.7177	-9.9066	6.5165
9	9.7868	-5.6403	-7.8604	10.0783	3.6534	6.7179	0.6801	1.0965	-0.1441	-0.6722	-0.6006	-0.7424	-0.5904	-0.5191	-0.0795	0.1872	-0.0431	0.0019	0.628	-0.32	0.6403	32.8911	-8.5329	0.6374
10	11.1073	-2.6764	-5.2889	5.6973	2.3912	4.9073	0.1996	0.26	-1.6309	0.2171	0.0124	-0.4141	-0.0534	0.0016	-0.212	0.0265	-0.0008	-0.1137	0.0667	-0.0859	0.9789	32.1096	-10.0752	9.7571
11	10.833	4.9565	-0.0284	2.8942	1.7855	6.3654	-0.237	0.6471	-2.923	0.0685	0.0288	-1.0474	0.4316	-0.3945	0.2082	0.1336	-0.1123	0.0415	0.2824	-0.4525	1.7037	23.7436	-20.6619	6.8223
12	9.9598	-0.3814	0.0614	4.2026	-2.2435	5.2446	0.3841	0.1511	-0.9667	0.0498	-0.1843	0.002	0.1229	-0.0796	-0.1998	0.0472	0.0211	-0.0662	0.0417	-0.0257	0.539	20.0777	-5.3438	11.8204

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	25 - 54
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	55 - 92
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	93 - 100
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	101 - 129
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	130 - 156
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	3 - 31
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	32 - 55
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	56 - 70
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	71 - 99
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	100 - 118
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	119 - 156

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)