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- PDB-5nhd: Crystal structure of xylose isomerase from Piromyces E2 in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nhd
タイトルCrystal structure of xylose isomerase from Piromyces E2 in complex with 2 Ni2+ ions and xylose
要素Xylose isomerase
キーワードISOMERASE / TIM-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


D-xylose catabolic process to ethanol / xylose isomerase / xylose isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, bacterial-type / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / D-xylose / beta-D-xylopyranose / alpha-D-xylopyranose / Xylose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Piromyces sp. E2 (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Rozeboom, H.J. / Janssen, D.B.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Metal Dependence of the Xylose Isomerase from Piromyces sp. E2 Explored by Activity Profiling and Protein Crystallography.
著者: Lee, M. / Rozeboom, H.J. / de Waal, P.P. / de Jong, R.M. / Dudek, H.M. / Janssen, D.B.
履歴
登録2017年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase
B: Xylose isomerase
C: Xylose isomerase
D: Xylose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,63736
ポリマ－197,8354
非ポリマー3,80232
水31,5441751
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37830 Å2
ΔGint-306 kcal/mol
Surface area53460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.719, 79.040, 92.010
Angle α, β, γ (deg.)115.14, 90.36, 117.01
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAGLNGLNAA2 - 4372 - 437
21ALAALAGLNGLNBB2 - 4372 - 437
12LYSLYSTYRTYRAA3 - 4363 - 436
22LYSLYSTYRTYRCC3 - 4363 - 436
13ALAALAGLNGLNAA2 - 4372 - 437
23ALAALAGLNGLNDD2 - 4372 - 437
14LYSLYSTYRTYRBB3 - 4363 - 436
24LYSLYSTYRTYRCC3 - 4363 - 436
15ALAALAGLNGLNBB2 - 4372 - 437
25ALAALAGLNGLNDD2 - 4372 - 437
16LYSLYSTYRTYRCC3 - 4363 - 436
26LYSLYSTYRTYRDD3 - 4363 - 436

NCSアンサンブル:
ID
6
1
2
3
4
5

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Xylose isomerase


分子量: 49458.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Piromyces sp. E2 (菌類) / 遺伝子: xylA
詳細 (発現宿主): pBR322 Ori and ampicillin resitance gene
発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): TOP10 or Neb10-beta / 参照: UniProt: Q9P8C9, xylose isomerase

-
糖 , 3種, 19分子

#3: 糖
ChemComp-XLS / D-xylose / D-XYLOSE (LINEAR FORM) / キシロ-ス


タイプ: D-saccharide / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
#4: 糖
ChemComp-XYP / beta-D-xylopyranose / beta-D-xylose / D-xylose / xylose / β-D-キシロピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DXylpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖
ChemComp-XYS / alpha-D-xylopyranose / alpha-D-xylose / D-xylose / xylose / XYLOPYRANOSE / α-D-キシロピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DXylpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 1764分子

#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1751 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 13-15 % PEG3350, 10 mM NiCl2, 0.1 M Hepes pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年10月9日
放射モノクロメーター: Helios MX Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→39.4 Å / Num. obs: 146916 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 5.7 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 7031 / CC1/2: 0.719 / Rpim(I) all: 0.361 / % possible all: 87.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1200004044

解像度: 1.8→39.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 4.947 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.111 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17478 7382 5 %RANDOM
Rwork0.15349 ---
obs0.15455 139501 91.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.449 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å2-0.02 Å20.01 Å2
2--0.05 Å20.01 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→39.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13871 0 223 1751 15845
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01914413
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0213368
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.371.95619417
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.017330907
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.78451747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.91225.141708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.786152532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8751552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.22048
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.023315
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8131.0996976
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.811.0996975
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3051.6438715
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3061.6438716
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4861.3387437
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4511.337417
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2871.92210669
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.39910.52418826
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.1099.70417796
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A269570.06
12B269570.06
21A267260.06
22C267260.06
31A268870.06
32D268870.06
41B268290.05
42C268290.05
51B269270.06
52D269270.06
61C268000.06
62D268000.06
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 524 -
Rwork0.298 9868 -
obs--87.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3205-0.00860.01910.3127-0.01960.36620.0139-0.08230.02220.0810.00950.079-0.0264-0.0592-0.02330.0680.01460.03420.05160.00650.0267-10.023-2.71560.745
20.3622-0.08630.01820.2812-0.0190.34330.02430.0472-0.0955-0.0247-0.00280.05150.0814-0.0165-0.02150.0679-0.0027-0.02180.0185-0.00810.0316-0.498-27.97436.366
30.3237-0.01510.02760.25510.01030.3510.0032-0.0613-0.01160.0670.0193-0.05750.02730.0844-0.02250.05680.013-0.02470.0521-0.0050.016628.622-12.91857.187
40.4055-0.0549-0.0240.27750.03190.39350.02930.0690.0988-0.02740.0071-0.0116-0.07470.0266-0.03640.05810.00510.01720.02920.0230.031414.019.2132.533
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 437
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 437
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 437
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 437

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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