PDB-5nh6: Crystal structure of xylose isomerase from Piromyces E2 Complexed...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nh6

タイトル

Crystal structure of xylose isomerase from Piromyces E2 Complexed with one Mg2+ ion and xylitol

要素

Xylose isomerase

キーワード

ISOMERASE / TIM-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

D-xylose catabolic process to ethanol / xylose isomerase / xylose isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Piromyces sp. E2 (菌類)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Rozeboom, H.J. / Janssen, D.B.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Metal Dependence of the Xylose Isomerase from Piromyces sp. E2 Explored by Activity Profiling and Protein Crystallography.
著者: Lee, M. / Rozeboom, H.J. / de Waal, P.P. / de Jong, R.M. / Dudek, H.M. / Janssen, D.B.

履歴

登録	2017年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2018年8月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nh6.cif.gz	706.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nh6.ent.gz	583.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nh6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5nh6_validation.pdf.gz	471.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nh6_full_validation.pdf.gz	477.2 KB	表示
XML形式データ	5nh6_validation.xml.gz	76.3 KB	表示
CIF形式データ	5nh6_validation.cif.gz	115.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/5nh6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/5nh6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nh4C 5nh5C 5nh7C 5nh8C 5nh9C 5nhaC 5nhbC 5nhcC 5nhdC 5nheC 5nhmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5nhm-d 5nha-d 5nh7-d 5nhc-d 6t8e-d 5nh8-d 4xkm-2 5nhd-d 1a0c-d 5nhe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Xylose isomerase

B: Xylose isomerase

C: Xylose isomerase

D: Xylose isomerase

ヘテロ分子

199 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.820, 79.340, 91.800
Angle α, β, γ (deg.)	115.42, 90.18, 116.72
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	GLN	GLN	A	A	2 - 437	2 - 437
2	1	ALA	ALA	GLN	GLN	B	B	2 - 437	2 - 437
1	2	ALA	ALA	GLN	GLN	A	A	2 - 437	2 - 437
2	2	ALA	ALA	GLN	GLN	C	C	2 - 437	2 - 437
1	3	LYS	LYS	TYR	TYR	A	A	3 - 436	3 - 436
2	3	LYS	LYS	TYR	TYR	D	D	3 - 436	3 - 436
1	4	ALA	ALA	GLN	GLN	B	B	2 - 437	2 - 437
2	4	ALA	ALA	GLN	GLN	C	C	2 - 437	2 - 437
1	5	LYS	LYS	TYR	TYR	B	B	3 - 436	3 - 436
2	5	LYS	LYS	TYR	TYR	D	D	3 - 436	3 - 436
1	6	LYS	LYS	TYR	TYR	C	C	3 - 436	3 - 436
2	6	LYS	LYS	TYR	TYR	D	D	3 - 436	3 - 436

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Xylose isomerase 分子量: 49458.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Piromyces sp. E2 (菌類) / 遺伝子: xylA / プラスミド: pBAD 詳細 (発現宿主): pBR322 Ori and ampicillin resistance gene 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): TOP10 or Neb10-beta / 参照: UniProt: Q9P8C9, xylose isomerase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 糖	ChemComp-XYL / Xylitol / D-Xylitol / キシリト-ルタイプ: D-saccharide / 分子量: 152.146 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅H₁₂O₅
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1836 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 13-15 % PEG 3350, 10 mM MgCl2, 0.1 M Hepes pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年9月24日
放射	モノクロメーター: Helios MX mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→36.1 Å / Num. obs: 163788 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 7762 / CC_1/2: 0.792 / R_pim(I) all: 0.316 / % possible all: 79.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: D_1200004044

解像度: 1.75→36.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 3.876 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.093 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16079	8165	5 %	RANDOM
R_work	0.13983	-	-	-
obs	0.14087	155574	93.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.719 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	-0.02 Å²	-0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.75→36.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13871	0	59	1836	15766

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	14261
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	13279
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.333	1.944	19204
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.046	3	30673
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.63	5	1749
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.68	25.141	708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.102	15	2535
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.03	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1987
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	16284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	3312
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.696	0.976	6978
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.696	0.976	6977
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.15	1.46	8718
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.15	1.46	8719
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.343	1.131	7283
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.329	1.126	7271
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.152	1.622	10464
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.177	9.384	18698
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.767	8.484	17579
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	26758	0.06
1	2	B	26758	0.06
2	1	A	26859	0.05
2	2	C	26859	0.05
3	1	A	26642	0.06
3	2	D	26642	0.06
4	1	B	26678	0.07
4	2	C	26678	0.07
5	1	B	26741	0.05
5	2	D	26741	0.05
6	1	C	26676	0.06
6	2	D	26676	0.06

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	561	-
R_work	0.255	11066	-
obs	-	-	89.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2529	-0.1155	0.0394	0.4033	0.004	0.3412	-0.0444	-0.0769	-0.0203	0.1527	0.0564	0.0925	-0.0107	-0.0603	-0.012	0.0809	0.0416	0.0399	0.0509	0.0161	0.023	-9.781	-2.428	60.517
2	0.3654	-0.2055	0.0002	0.3601	0.011	0.3273	0.0233	0.0518	0.095	-0.0057	-0.0031	-0.0857	-0.059	0.0292	-0.0202	0.02	0.0063	0.0092	0.0206	0.009	0.0321	14.145	9.247	32.229
3	0.348	-0.1927	0.0462	0.4189	-0.0064	0.2943	0.0142	0.0276	-0.1037	0.0108	0.008	0.1	0.0736	-0.0125	-0.0221	0.0329	0.007	-0.0091	0.0117	-0.007	0.0389	-0.396	-27.964	36.276
4	0.2386	-0.0891	-0.0011	0.3388	0.0525	0.3442	-0.0343	-0.0485	0.0273	0.1233	0.0541	-0.0964	0.0372	0.0871	-0.0198	0.0627	0.0434	-0.0453	0.0567	-0.0271	0.0341	28.856	-12.902	57.021

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 437
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 437
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 437
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 437

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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