PDB-5nh2: Bartonella henselae BepA Fic domain in complex with its antitoxin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nh2

タイトル

Bartonella henselae BepA Fic domain in complex with its antitoxin homologue BiaA

要素

Adenosine monophosphate-protein transferase
Uncharacterized protein

キーワード

TRANSFERASE / Fic domain

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of protein adenylylation / AMPylase activity / protein adenylylation / protein adenylyltransferase / regulation of cell division / extracellular region / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bartonella henselae str. Houston-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.321 Å

データ登録者

Dietz, N. / Schirmer, T.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Bartonella henselae BepA Fic domain in complex with its antitoxin homologue BiaA
著者: Dietz, N. / Schirmer, T.

履歴

登録	2017年3月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nh2.cif.gz	156 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nh2.ent.gz	123 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nh2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/5nh2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/5nh2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vzaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6q38-d 2ojg-d 4g5q-3 4s32-d 4ib5-3 5nhr-2 2z7l-d 6fq7-d 7d1g-d 5lck-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenosine monophosphate-protein transferase

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

42.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.034, 56.152, 136.599
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Adenosine monophosphate-protein transferase / AMPylator 分子量: 34425.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bartonella henselae str. Houston-1 (バクテリア) 遺伝子: bepA, BH13370 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI 参照: UniProt: Q6G2A9, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 7661.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bartonella henselae str. Houston-1 (バクテリア) 遺伝子: BH13360 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: A0A0H3LZG7
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 0.2 M di-Sodium malonate, 20% w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月13日 / 詳細: q
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.321→43.375 Å / Num. obs: 15699 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 37.4 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 18.08

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2vza

2vza

解像度: 2.321→43.375 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.27

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2622	1570	10 %
R_work	0.1787	-	-
obs	0.1872	15699	94.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.321→43.375 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2756	0	1	105	2862

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	2813
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.234	3796
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.086	1701
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	415
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	497

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3206-2.3955	0.3269	123	0.2226	1108	X-RAY DIFFRACTION	83
2.3955-2.4811	0.3005	131	0.2131	1170	X-RAY DIFFRACTION	89
2.4811-2.5805	0.3431	133	0.219	1208	X-RAY DIFFRACTION	90
2.5805-2.6979	0.3407	137	0.2055	1223	X-RAY DIFFRACTION	92
2.6979-2.8401	0.3599	141	0.2055	1271	X-RAY DIFFRACTION	93
2.8401-3.018	0.265	141	0.1979	1281	X-RAY DIFFRACTION	97
3.018-3.2509	0.2914	147	0.1988	1313	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2509-3.578	0.2527	148	0.18	1332	X-RAY DIFFRACTION	98
3.578-4.0954	0.248	152	0.1621	1375	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0954-5.1584	0.218	154	0.1391	1381	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1584-43.3825	0.2316	163	0.1798	1467	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4617	-0.948	-1.5248	2.1327	0.4309	4.614	0.1042	0.2597	0.3408	-0.1525	0.0788	0.0166	-0.535	-0.7472	-0.0623	0.245	0.0211	-0.0017	0.2588	-0.0188	0.3976	6.2259	19.8059	32.1878
2	2.4334	-0.8342	-0.2686	1.6162	1.2857	4.9319	-0.0077	0.0943	-0.3784	0.1476	-0.0323	0.2474	0.3871	-0.2668	-0.0155	0.3002	-0.0829	0.0661	0.262	-0.0241	0.3493	12.5827	8.6112	37.4613
3	3.0545	-1.7385	-1.5718	2.7404	-0.9158	2.638	-0.1844	-0.0559	0.4985	-0.0873	0.0175	-0.4208	-0.686	0.2215	-0.2047	0.472	-0.0372	0.0857	0.2722	-0.0246	0.5085	24.8593	20.6292	30.29
4	1.8973	-0.104	-0.1563	2.9801	1.8706	5.4817	-0.0135	-0.0597	-0.2387	0.3482	0.2573	-0.1687	0.471	0.4539	-0.0459	0.2938	0.0655	0.0062	0.3244	0.02	0.418	27.6501	10.1248	48.7324
5	1.1977	0.6242	-0.3626	2.8821	0.8805	2.9891	0.0243	-0.1839	-0.0203	0.2386	-0.1113	0.0359	-0.0968	-0.0196	0.0526	0.2429	0.0135	0.0441	0.3356	0.0117	0.2578	19.7263	23.8988	52.8362
6	2.0999	1.2	-0.1333	3.6102	1.8435	4.5529	-0.1909	-0.1345	0.1969	0.6689	0.0476	0.0806	-1.3051	0.3567	-0.008	0.5613	-0.0248	0.0724	0.3724	0.0006	0.4022	20.6614	37.7027	60.1388
7	3.5991	0.2328	-1.3775	3.9102	0.6252	7.0065	0.54	-0.5804	0.4163	0.8016	-0.038	0.5285	-1.2784	0.0013	-0.0818	0.6245	-0.0337	0.0307	0.4044	-0.0895	0.3863	21.5328	38.3348	64.0013
8	2.4532	0.4727	-0.5217	1.2397	1.5287	3.7215	0.181	-0.8575	0.2486	1.5066	0.0053	0.1328	-1.0365	0.0239	-0.1031	1.1951	-0.0515	-0.062	0.5812	-0.1235	0.5178	23.5314	43.5733	71.9445
9	5.4036	2.4573	-3.8629	3.2913	-1.8599	2.7462	0.3459	-0.7136	0.1144	0.5697	-0.4159	-0.1808	0.3521	0.4011	0.1266	0.4173	-0.1296	-0.0216	0.3756	-0.0699	0.3127	5.4703	21.555	54.9682
10	5.6046	1.076	-0.5997	5.6181	-0.3776	3.1716	0.1733	-0.6171	0.5765	0.7687	-0.4879	1.059	-0.0372	-0.2692	0.1452	0.2953	-0.0321	0.1491	0.3435	-0.1078	0.3891	-2.5911	25.1518	49.2233
11	8.2437	-0.1555	1.2309	8.7288	-1.3101	6.1202	0.0717	0.7226	-0.1681	-0.0402	-0.1449	0.5387	0.5329	-0.733	0.1889	0.2736	0.0268	0.0481	0.5028	-0.1336	0.4402	-7.4794	18.134	44.2345

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 56 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 57 through 96 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 97 through 115 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 116 through 158 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 159 through 236 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 237 through 264 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 265 through 281 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 282 through 302 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 14 through 35 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 36 through 56 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 57 through 69 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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