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万見
- PDB-5ngz: Ube2T in complex with fragment EM04 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ngz
タイトルUbe2T in complex with fragment EM04
要素Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T
キーワードLIGASE / Ubiquitin-conjugating enzyme Ube2T / fragment screening / Fanconi anemia pathway / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


protein K27-linked ubiquitination / protein K29-linked ubiquitination / protein K6-linked ubiquitination / protein K11-linked ubiquitination / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / protein monoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / protein autoubiquitination ...protein K27-linked ubiquitination / protein K29-linked ubiquitination / protein K6-linked ubiquitination / protein K11-linked ubiquitination / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / protein monoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / protein autoubiquitination / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Fanconi Anemia Pathway / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / DNA repair / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / chromatin binding / nucleolus / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like ...: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-(1,3-benzothiazol-2-yl)methanamine / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Morreale, F.E. / Bortoluzzi, A. / Chaugule, V.K. / Arkinson, C. / Walden, H. / Ciulli, A.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Allosteric Targeting of the Fanconi Anemia Ubiquitin-Conjugating Enzyme Ube2T by Fragment Screening.
著者: Morreale, F.E. / Bortoluzzi, A. / Chaugule, V.K. / Arkinson, C. / Walden, H. / Ciulli, A.
履歴
登録2017年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7182
ポリマ－22,5541
非ポリマー1641
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.817, 55.817, 185.278
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-340-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 T / Cell proliferation-inducing gene 50 protein / E2 ubiquitin-conjugating enzyme T / Ubiquitin carrier ...Cell proliferation-inducing gene 50 protein / E2 ubiquitin-conjugating enzyme T / Ubiquitin carrier protein T / Ubiquitin-protein ligase T


分子量: 22553.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2T, HSPC150, PIG50 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NPD8, E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#2: 化合物 ChemComp-2BG / 1-(1,3-benzothiazol-2-yl)methanamine / (ベンゾチアゾ-ル-2-イル)メチルアミン


分子量: 164.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8N2S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: potassium acetate, Tris-HCl pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→53.45 Å / Num. obs: 12037 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.5 % / Net I/σ(I): 14
反射 シェルRmerge(I) obs: 0.888

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YH2

1yh2


解像度: 2.4→53.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 8.186 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.203 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24734 629 5.2 %RANDOM
Rwork0.20986 ---
obs0.21192 11397 98.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 64.201 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.34 Å20 Å20 Å2
2--3.34 Å20 Å2
3----6.68 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→53.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1217 0 11 48 1276
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0191263
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3121.9891717
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9453.0032811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9285151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.97323.7556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.93515214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3981510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211391
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02275
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3816.156607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3836.147606
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4899.212757
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.4869.223758
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5946.714656
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5916.717657
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.1349.851961
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.89649.3831340
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.89349.411341
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 46 -
Rwork0.32 809 -
obs--98.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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