PDB-5ng6: Crystal structure of FnCas12a bound to a crRNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ng6

タイトル

Crystal structure of FnCas12a bound to a crRNA

要素

CRISPR-associated endonuclease Cpf1
crRNA

キーワード

HYDROLASE / CRISPR / Cas / Cpf1 / Cas12a / nuclease / genome editing / R-loop / crRNA / RuvC

機能・相同性

機能・相同性情報

Bacillus subtilis ribonuclease / : / deoxyribonuclease I / deoxyribonuclease I activity / defense response to virus / lyase activity / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Francisella tularensis subsp. novicida (バクテリア)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.342 Å

データ登録者

Swarts, D.C. / van der Oost, J. / Jinek, M.

引用

ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Guide RNA Processing and Seed-Dependent DNA Targeting by CRISPR-Cas12a.
著者: Swarts, D.C. / van der Oost, J. / Jinek, M.

履歴

登録	2017年3月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ng6.cif.gz	2.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ng6.ent.gz	1.8 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ng6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ng6_validation.pdf.gz	541.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ng6_full_validation.pdf.gz	645.5 KB	表示
XML形式データ	5ng6_validation.xml.gz	171.2 KB	表示
CIF形式データ	5ng6_validation.cif.gz	233.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/5ng6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/5ng6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nfvC 5id6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6iv6-d 5id6-d 0449 6nme-d 5dx6-1 5erx-1 5d6r-1 6nmd-d 1ozh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.17632/fwbdxjzvcs.1 / データの種類: diffraction image data

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類似性 (1)
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蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
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エクスプレソーム (Expressome)
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リボソーム (Ribosome)
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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
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類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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ミオシン (Myosin)
類似性 (1)
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アクチン (Actin)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CRISPR-associated endonuclease Cpf1

B: crRNA

C: CRISPR-associated endonuclease Cpf1

D: crRNA

E: CRISPR-associated endonuclease Cpf1

F: crRNA

G: CRISPR-associated endonuclease Cpf1

H: crRNA

ヘテロ分子

664 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CRISPR-associated endonuclease Cpf1

B: crRNA

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
166 kDa, 2 ポリマー
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2

C: CRISPR-associated endonuclease Cpf1

D: crRNA

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
166 kDa, 2 ポリマー
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3

E: CRISPR-associated endonuclease Cpf1

F: crRNA

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
166 kDa, 2 ポリマー
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4

G: CRISPR-associated endonuclease Cpf1

H: crRNA

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
166 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	214.684, 277.061, 135.636
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	CRISPR-associated endonuclease Cpf1 / FnCpf1 分子量: 152282.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: SNA sequence at the N-terminus is derived from expression vector. 由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. novicida (strain U112) (バクテリア) 株: U112 / 遺伝子: cpf1, FTN_1397 / プラスミド: pML-1B / 詳細 (発現宿主): His6-TEV N-terminal fusion / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 参照: UniProt: A0Q7Q2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖	crRNA 分子量: 13712.073 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 50 mM HEPES-NaOH, pH 6.5, 20% (w/v) Polyethylene glycol 3,400, 1.5% (w/v) Tryptone

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00768 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00768 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.34→169.7 Å / Num. obs: 225590 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1.73 / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.997 / R_sym value: 0.195 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 3.34→3.54 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / Num. unique obs: 33814 / CC_1/2: 0.595 / R_sym value: 1.1179 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ID6

5id6

解像度: 3.342→49.239 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.13 / 位相誤差: 26.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2584	10907	4.84 %
R_work	0.2386	-	-
obs	0.2397	225492	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.342→49.239 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	41732	2028	8	45	43813

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	44860
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.687	60636
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.796	27058
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	6572
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	7418

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3419-3.3799	0.3923	332	0.3868	6544	X-RAY DIFFRACTION	91
3.3799-3.4197	0.3567	368	0.3488	7200	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4197-3.4614	0.3452	366	0.3275	7166	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4614-3.5052	0.365	361	0.3277	7124	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5052-3.5513	0.3405	371	0.3058	7172	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5513-3.5999	0.3164	356	0.3026	7179	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5999-3.6513	0.3085	390	0.3001	7239	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6513-3.7058	0.3063	349	0.2916	7068	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7058-3.7637	0.3056	368	0.2863	7268	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7637-3.8254	0.2905	403	0.2837	7057	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8254-3.8913	0.3231	336	0.2793	7268	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8913-3.962	0.2808	406	0.2703	7144	X-RAY DIFFRACTION	100
3.962-4.0382	0.2777	329	0.2674	7206	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0382-4.1206	0.2418	357	0.2517	7171	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1206-4.2102	0.2371	378	0.2337	7145	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2102-4.308	0.2487	359	0.2333	7187	X-RAY DIFFRACTION	100
4.308-4.4157	0.2418	366	0.2222	7182	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4157-4.535	0.2345	354	0.2206	7197	X-RAY DIFFRACTION	100
4.535-4.6684	0.2418	355	0.2247	7222	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6684-4.8189	0.2391	366	0.2145	7172	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8189-4.991	0.2407	383	0.2106	7144	X-RAY DIFFRACTION	100
4.991-5.1906	0.2392	348	0.2125	7148	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1906-5.4266	0.2586	385	0.2245	7195	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4266-5.7123	0.2345	321	0.2273	7195	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7123-6.0696	0.2213	394	0.232	7170	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0696-6.5372	0.2562	376	0.2275	7166	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5372-7.1933	0.2379	359	0.2177	7171	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1933-8.23	0.2287	335	0.1963	7203	X-RAY DIFFRACTION	100
8.23-10.353	0.1972	359	0.1645	7196	X-RAY DIFFRACTION	100
10.353-49.2439	0.2357	377	0.2129	7086	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0104	-0.1781	-0.3423	1.1231	0.301	0.5125	-0.0568	0.0823	-0.2344	0.0783	0.0043	0.0023	0.145	0.0379	-0	0.693	-0.0545	-0.031	0.5984	-0.0181	0.6137	19.8592	-251.4258	40.9057
2	1.7648	0.4876	0.3016	0.6937	-0.3	1.6605	0.1194	0.4166	0.1497	-0.1524	-0.2029	-0.6092	-0.2143	0.2706	0	0.6643	-0.0055	0.0435	0.7319	0.067	0.6621	28.4795	-231.8122	22.3482
3	1.95	-0.7793	-2.2834	1.245	1.5297	3.1518	0.158	0.5841	0.1353	-0.323	-0.0416	-0.1778	-0.2584	-0.3016	-0.0024	0.704	0.0039	-0.0045	0.9492	0.0385	0.5949	29.0238	-240.0992	-1.0702
4	0.1975	-0.1645	-0.2999	0.1278	0.2584	0.7664	0.0139	0.0673	0.3961	-0.163	0.1934	0.0751	-0.467	0.2164	0.0001	0.6602	-0.0473	0.0544	0.5661	0.0013	0.7106	28.9902	-221.3554	38.0712
5	0.0235	0.0389	0.0197	0.1232	-0.0318	0.0854	0.1137	0.2226	-1.7446	0.1848	-0.0438	-0.2044	1.9039	0.2225	0.001	0.9633	-0.0451	0.0394	0.4537	0.0888	0.9993	19.2341	-242.7923	45.8889
6	0.1509	0.3199	-0.4432	2.7403	-0.449	1.0578	0.0783	-0.0458	0.1835	0.3447	0.0843	0.4898	-0.2242	-0.2062	0	0.8286	0.0611	0.1442	0.9129	0.0747	0.7988	-32.2505	-230.2395	-22.8756
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18	0.2444	-0.0225	-0.2925	0.0438	0.1949	1.0434	-0.6145	-0.5738	-1.5659	0.4978	0.2854	0.032	1.8221	0.1939	-0.001	0.8161	-0.1621	0.1357	0.9509	-0.0174	1.221	-26.5123	-171.5057	5.2112
19	1.2444	0.0467	0.2396	1.1524	0.1506	0.4986	-0.0933	-0.3041	0.5118	-0.1221	0.087	-0.1099	-0.2436	0.0787	0.0004	0.8229	0.0084	0.1076	0.7192	-0.1393	0.8272	22.2229	-161.3448	-63.2562
20	0.3804	-0.4183	0.6467	1.6679	0.2039	2.4076	-0.0634	-0.4854	-0.1529	0.2297	0.0499	-0.2271	0.1597	0.2705	-0	0.7103	-0.0469	-0.0061	0.8325	0.0005	0.6735	27.7753	-185.9431	-46.6174
21	0.7491	0.5028	1.3809	1.2178	1.4352	3.2451	0.023	-0.6039	-0.0436	0.3303	0.1746	-0.3128	0.0424	0.1481	0	0.8833	0.0236	0.0028	1.2734	-0.107	0.8421	31.2835	-174.5943	-22.7747
22	0.0213	0.0333	0.038	0.0483	0.0587	0.0674	0.3832	-0.2787	-0.1086	0.3204	0.1756	-0.0019	-0.4772	0.4879	-0.0004	0.5429	-0.0367	0.0006	0.8337	-0.0489	0.776	34.6288	-190.7049	-64.3523
23	0.0049	-0.0092	0.0103	0.0131	0.0009	0.039	-0.0596	-0.3221	-0.1523	-0.5021	0.7865	-0.1862	0.3475	-0.0167	0.0009	0.7391	0.0731	0.0357	0.7081	-0.0835	0.9188	37.8701	-189.8729	-56.4708
24	0.0036	0.0175	0.026	0.0542	0.018	0.2724	0.1655	-0.2899	-0.0637	-0.3335	0.1056	-0.6141	0.112	0.2642	0	0.7521	0.0284	0.0491	0.6942	-0.0826	0.7681	30.3844	-194.5718	-58.0938
25	0.0124	0.0057	0.0149	0.0388	-0.0306	0.0506	0.439	0.0137	1.5247	-0.0926	0.347	-0.0908	-1.0191	-0.0964	0.0027	1.1222	-0.1392	0.0253	0.5688	0.0859	1.0718	22.5913	-171.5168	-67.1301

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 934 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 935 through 1036 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1037 through 1299 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid -18 through 1 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 6 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 0 through 206 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 207 through 286 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 287 through 934 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 935 through 1036 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1037 through 1299 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid -18 through -14 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid -13 through 1 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 2 through 6 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 0 through 863 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 864 through 970 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 971 through 1299 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid -18 through 1 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 2 through 6 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'G' and (resid 0 through 863 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'G' and (resid 864 through 999 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'G' and (resid 1000 through 1299 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'H' and (resid -18 through -14 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'H' and (resid -13 through -9 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'H' and (resid -8 through 1 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'H' and (resid 2 through 6 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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