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- PDB-5nfh: Trypanosoma brucei methionyl-tRNA synthetase in complex with a qu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nfh
タイトルTrypanosoma brucei methionyl-tRNA synthetase in complex with a quinazolinone inhibitor
要素Methionyl-tRNA synthetase, putative
キーワードLIGASE / SYNTHETASE / METHIONINE / INHIBITOR / LIGASE-LIGASE INHIBITOR / COMPLEX / DRUG DISCOVERY
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine-tRNA ligase / methionine-tRNA ligase activity / methionyl-tRNA aminoacylation / ciliary plasm / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methionyl-trna Synthetase; domain 2 / Methionyl-trna Synthetase; domain 2 - #10 / Methionine-tRNA synthetase, type 2 / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase ...Methionyl-trna Synthetase; domain 2 / Methionyl-trna Synthetase; domain 2 - #10 / Methionine-tRNA synthetase, type 2 / Anticodon binding domain of methionyl tRNA ligase / Methionyl-tRNA synthetase / Methioninyl-tRNA synthetase core domain / Methionyl-tRNA synthetase, anticodon-binding domain / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1 / Methionyl/Leucyl tRNA synthetase / tRNA synthetases class I (M) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Beta Complex / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8W2 / METHIONINE / methionine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Robinson, D.A. / Eadsforth, T.C. / Shepherd, S.M. / Torrie, L.S. / De Rycker, M. / Gilbert, I.H.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Wellcome Trust092340 英国
Wellcome Trust105021 英国
Wellcome Trust100476 英国
引用ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2017
タイトル: Chemical Validation of Methionyl-tRNA Synthetase as a Druggable Target in Leishmania donovani.
著者: Torrie, L.S. / Brand, S. / Robinson, D.A. / Ko, E.J. / Stojanovski, L. / Simeons, F.R.C. / Wyllie, S. / Thomas, J. / Ellis, L. / Osuna-Cabello, M. / Epemolu, O. / Nuhs, A. / Riley, J. / ...著者: Torrie, L.S. / Brand, S. / Robinson, D.A. / Ko, E.J. / Stojanovski, L. / Simeons, F.R.C. / Wyllie, S. / Thomas, J. / Ellis, L. / Osuna-Cabello, M. / Epemolu, O. / Nuhs, A. / Riley, J. / MacLean, L. / Manthri, S. / Read, K.D. / Gilbert, I.H. / Fairlamb, A.H. / De Rycker, M.
履歴
登録2017年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionyl-tRNA synthetase, putative
B: Methionyl-tRNA synthetase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,59812
ポリマ－121,3382
非ポリマー1,26010
水4,738263
1
A: Methionyl-tRNA synthetase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3438
ポリマ－60,6691
非ポリマー6747
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Methionyl-tRNA synthetase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2564
ポリマ－60,6691
非ポリマー5873
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.090, 105.985, 207.071
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Methionyl-tRNA synthetase, putative


分子量: 60669.031 Da / 分子数: 2 / 変異: K452A, K453R, E454A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb10.70.6470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q38C91, methionine-tRNA ligase

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非ポリマー , 5種, 273分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#5: 化合物 ChemComp-8W2 / 2-[3-[[4,6-bis(chloranyl)-1~{H}-indol-2-yl]methylamino]propylamino]-3~{H}-quinazolin-4-one


分子量: 416.304 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19Cl2N5O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.71 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 2.0-2.3 M Ammonium Sulphate, 0.2 M NaCl, 0.1 M Na Cacodylate pH 6.4
PH範囲: 6.0-6.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月14日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 47875 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.082 / Rrim(I) all: 0.176 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.8-2.94.50.8060.6830.4130.90999.9
10.84-5040.0370.9980.0210.04298.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.7データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EGA

4ega


解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 12.895 / SU ML: 0.24 / SU R Cruickshank DPI: 0.5035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.504 / ESU R Free: 0.288
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2303 2417 5.1 %RANDOM
Rwork0.1948 ---
obs0.1966 45397 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 162.18 Å2 / Biso mean: 45.056 Å2 / Biso min: 10.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.02 Å20 Å20 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3----2.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8346 0 79 263 8688
Biso mean--55.74 37.39 -
残基数----1046
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0198652
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028181
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3181.96111756
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2183.00118816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7351045
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.12623.46396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.451151411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.371557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.21295
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022001
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 172 -
Rwork0.321 3281 -
all-3453 -
obs--99.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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