+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5nf3 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The fimbrial shaft protein Mfa1 from Porphyromonas gingivalis-C-terminal deletion | |||||||||
要素 | Minor fimbrium subunit Mfa1 | |||||||||
キーワード | CELL ADHESION / FIMBRIA / ADHESIN / PERIODONTITIS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å | |||||||||
データ登録者 | Hall, M. / Hasegawa, Y. / Persson, K. / Yoshimura, F. | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, 日本, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018 タイトル: Structural and functional characterization of shaft, anchor, and tip proteins of the Mfa1 fimbria from the periodontal pathogen Porphyromonas gingivalis. 著者: Hall, M. / Hasegawa, Y. / Yoshimura, F. / Persson, K. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5nf3.cif.gz | 289.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5nf3.ent.gz | 234.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5nf3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5nf3_validation.pdf.gz | 448.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5nf3_full_validation.pdf.gz | 450.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5nf3_validation.xml.gz | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5nf3_validation.cif.gz | 31.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/5nf3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/5nf3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56536.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア) 遺伝子: mfa1, PGN_0287 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: B2RHG1 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.79 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 8000, 75 mM calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9794 Å | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月8日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.97→48.65 Å / Num. obs: 46649 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 25.76 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.211 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.22 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 587519 / Scaling rejects: 1543 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.97→48.648 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.51
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 169.35 Å2 / Biso mean: 36.3687 Å2 / Biso min: 13.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.97→48.648 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|