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万見
- PDB-5nf2: The fimbrial shaft protein Mfa1 from Porphyromonas gingivalis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nf2
タイトルThe fimbrial shaft protein Mfa1 from Porphyromonas gingivalis
要素Minor fimbrium subunit Mfa1
キーワードCELL ADHESION / FIMBRIA / ADHESIN / PERIODONTITIS
機能・相同性pilus shaft / Fimbrial subunit protein, C-terminal / Major fimbrial subunit protein type IV, Fimbrillin, C-terminal / outer membrane / cell outer membrane / cell-cell adhesion / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / ACETATE ION / Minor fimbrium subunit Mfa1
機能・相同性情報
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Hall, M. / Hasegawa, Y. / Persson, K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural and functional characterization of shaft, anchor, and tip proteins of the Mfa1 fimbria from the periodontal pathogen Porphyromonas gingivalis.
著者: Hall, M. / Hasegawa, Y. / Yoshimura, F. / Persson, K.
履歴
登録2017年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Minor fimbrium subunit Mfa1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3983
ポリマ－54,2991
非ポリマー992
水10,413578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area19910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.846, 65.846, 284.222
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-729-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Minor fimbrium subunit Mfa1 / Pg-II fim a


分子量: 54298.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (strain ATCC 33277 / DSM 20709 / CIP 103683 / JCM 12257 / NCTC 11834 / 2561) (バクテリア)
株: ATCC 33277 / DSM 20709 / CIP 103683 / JCM 12257 / NCTC 11834 / 2561
遺伝子: mfa1, PGN_0287 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: B2RHG1
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 578 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 8000, 75 mM calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97623 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→48.3 Å / Num. obs: 66708 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 24.47 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 478679
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.73-1.797.41.1910.7130.4651.2899.8
6.7-48.35.80.0380.9980.0170.04299.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA0.5.9データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.73→48.297 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1779 3372 5.07 %
Rwork0.1521 --
obs0.1534 66571 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 181.2 Å2 / Biso mean: 36.4416 Å2 / Biso min: 16.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.73→48.297 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3719 0 8 578 4305
Biso mean--24 40.3 -
残基数----485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083815
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1275208
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047584
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006679
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1881386
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.73-1.75470.30721240.271925672691
1.7547-1.78090.27721440.261626032747
1.7809-1.80870.271330.23125352668
1.8087-1.83840.24921370.219626042741
1.8384-1.87010.19961530.19425732726
1.8701-1.90410.22121420.192425602702
1.9041-1.94070.22241470.176326342781
1.9407-1.98030.20421470.167925412688
1.9803-2.02340.2161370.163926102747
2.0234-2.07050.1881250.153126102735
2.0705-2.12220.18971240.147926542778
2.1222-2.17960.18241390.151725612700
2.1796-2.24380.1841300.141426232753
2.2438-2.31620.20771350.141326252760
2.3162-2.3990.1671380.137626242762
2.399-2.4950.16041450.143426182763
2.495-2.60860.17991400.143526462786
2.6086-2.74610.18871430.154226692812
2.7461-2.91810.17881400.150826192759
2.9181-3.14340.16861500.15226652815
3.1434-3.45960.17081260.149326942820
3.4596-3.960.16721600.136626822842
3.96-4.98840.13191570.124927392896
4.9884-48.31580.1771560.158929433099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6651-0.05190.36820.617-0.60861.5824-0.0519-0.1470.12670.17920.0404-0.0076-0.3606-0.1514-0.00310.26140.03340.02070.21240.00540.214322.00594.307697.4724
20.3545-0.17650.34790.4462-0.53881.7738-0.01810.02210.04250.0355-0.0055-0.0281-0.14030.02120.02540.18850.00660.03520.15460.0160.219717.878611.518664.6362
30.4139-0.05630.51310.9189-0.18541.7789-0.04970.05990.0481-0.01-0.0374-0.1165-0.10160.21410.06730.19750.00820.03740.20340.03680.236523.51679.657968.4422
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 64:211)A64 - 211
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 212:461)A212 - 461
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 462:563)A462 - 563

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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