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- PDB-5ndz: Crystal structure of a thermostabilised human protease-activated ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ndz
タイトルCrystal structure of a thermostabilised human protease-activated receptor-2 (PAR2) in complex with AZ3451 at 3.6 angstrom resolution
要素Lysozyme,Proteinase-activated receptor 2,Soluble cytochrome b562,Proteinase-activated receptor 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / 7TM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of neutrophil mediated killing of gram-negative bacterium / potassium channel activating, G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of renin secretion into blood stream / positive regulation of eosinophil degranulation / leukocyte proliferation / mature conventional dendritic cell differentiation / regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of glomerular filtration / negative regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway ...positive regulation of neutrophil mediated killing of gram-negative bacterium / potassium channel activating, G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of renin secretion into blood stream / positive regulation of eosinophil degranulation / leukocyte proliferation / mature conventional dendritic cell differentiation / regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of glomerular filtration / negative regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / thrombin-activated receptor activity / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of actin filament depolymerization / cell-cell junction maintenance / positive regulation of cytokine production involved in immune response / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / T cell activation involved in immune response / positive regulation of pseudopodium assembly / negative regulation of chemokine production / positive regulation of phagocytosis, engulfment / positive regulation of chemotaxis / negative regulation of JNK cascade / neutrophil activation / establishment of endothelial barrier / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of positive chemotaxis / positive regulation of leukocyte chemotaxis / positive regulation of Rho protein signal transduction / leukocyte migration / pseudopodium / regulation of blood coagulation / positive regulation of interleukin-10 production / regulation of JNK cascade / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / G-protein alpha-subunit binding / negative regulation of insulin secretion / positive regulation of chemokine production / viral release from host cell by cytolysis / Peptide ligand-binding receptors / peptidoglycan catabolic process / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of GTPase activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of interleukin-8 production / electron transport chain / positive regulation of JNK cascade / vasodilation / positive regulation of interleukin-6 production / G-protein beta-subunit binding / positive regulation of type II interferon production / blood coagulation / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / signaling receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (q) signalling events / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to virus / protease binding / host cell cytoplasm / periplasmic space / electron transfer activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / early endosome / positive regulation of cell migration / defense response to bacterium / inflammatory response / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / innate immune response / signaling receptor binding / heme binding / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protease-activated receptor 2 / Protease-activated receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme ...Protease-activated receptor 2 / Protease-activated receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8UN / Endolysin / Endolysin / Soluble cytochrome b562 / Proteinase-activated receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Cheng, R.K.Y. / Fiez-Vandal, C. / Schlenker, O. / Edman, K. / Aggeler, B. / Brown, D.G. / Brown, G. / Cooke, R.M. / Dumelin, C.E. / Dore, A.S. ...Cheng, R.K.Y. / Fiez-Vandal, C. / Schlenker, O. / Edman, K. / Aggeler, B. / Brown, D.G. / Brown, G. / Cooke, R.M. / Dumelin, C.E. / Dore, A.S. / Geschwindner, S. / Grebner, C. / Hermansson, N.-O. / Jazayeri, A. / Johansson, P. / Leong, L. / Prihandoko, R. / Rappas, M. / Soutter, H. / Snijder, A. / Sundstrom, L. / Tehan, B. / Thornton, P. / Troast, D. / Wiggin, G. / Zhukov, A. / Marshall, F.H. / Dekker, N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structural insight into allosteric modulation of protease-activated receptor 2.
著者: Cheng, R.K.Y. / Fiez-Vandal, C. / Schlenker, O. / Edman, K. / Aggeler, B. / Brown, D.G. / Brown, G.A. / Cooke, R.M. / Dumelin, C.E. / Dore, A.S. / Geschwindner, S. / Grebner, C. / Hermansson, ...著者: Cheng, R.K.Y. / Fiez-Vandal, C. / Schlenker, O. / Edman, K. / Aggeler, B. / Brown, D.G. / Brown, G.A. / Cooke, R.M. / Dumelin, C.E. / Dore, A.S. / Geschwindner, S. / Grebner, C. / Hermansson, N.O. / Jazayeri, A. / Johansson, P. / Leong, L. / Prihandoko, R. / Rappas, M. / Soutter, H. / Snijder, A. / Sundstrom, L. / Tehan, B. / Thornton, P. / Troast, D. / Wiggin, G. / Zhukov, A. / Marshall, F.H. / Dekker, N.
履歴
登録2017年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme,Proteinase-activated receptor 2,Soluble cytochrome b562,Proteinase-activated receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1533
ポリマ－69,5591
非ポリマー5942
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area27440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.099, 62.599, 86.467
Angle α, β, γ (deg.)104.38, 91.66, 96.40
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme,Proteinase-activated receptor 2,Soluble cytochrome b562,Proteinase-activated receptor 2 / PAR-2 / Coagulation factor II receptor-like 1 / G-protein coupled receptor 11 / Thrombin receptor- ...PAR-2 / Coagulation factor II receptor-like 1 / G-protein coupled receptor 11 / Thrombin receptor-like 1 / Cytochrome b-562 / PAR-2 / Coagulation factor II receptor-like 1 / G-protein coupled receptor 11 / Thrombin receptor-like 1


分子量: 69558.898 Da / 分子数: 1
変異: G89A, H108A, G157A, M166L, Y174A, V176E, N222Q, M268A, I289A, L293A,G89A, H108A, G157A, M166L, Y174A, V176E, N222Q, M268A, I289A, L293A,G89A, H108A, G157A, M166L, Y174A, V176E, N222Q, M268A, ...変異: G89A, H108A, G157A, M166L, Y174A, V176E, N222Q, M268A, I289A, L293A,G89A, H108A, G157A, M166L, Y174A, V176E, N222Q, M268A, I289A, L293A,G89A, H108A, G157A, M166L, Y174A, V176E, N222Q, M268A, I289A, L293A,G89A, H108A, G157A, M166L, Y174A, V176E, N222Q, M268A, I289A, L293A
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: e, T4Tp126, F2RL1, GPR11, PAR2, cybC / プラスミド: pFASTBAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
Variant (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: D9IEF7, UniProt: P55085, UniProt: P0ABE7, UniProt: P00720*PLUS, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-8UN / 2-(6-bromanyl-1,3-benzodioxol-5-yl)-~{N}-(4-cyanophenyl)-1-[(1~{S})-1-cyclohexylethyl]benzimidazole-5-carboxamide


分子量: 571.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H27BrN4O3
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: Needle-shaped crystals (on average 0.1mm long)
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.8
詳細: 0.1 M sodium citrate/citrate acid pH 5.5-6.2, 0.2 M ammonium phosphate dibasic, 38-43 % (w/v) PEG400
PH範囲: 5.5-6.2 / Temp details: CONSTANT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96862 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.59→34.441 Å / Num. obs: 8205 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / CC1/2: 0.888 / Rmerge(I) obs: 0.399 / Rpim(I) all: 0.233 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 3.59→3.94 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.186 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1993 / CC1/2: 0.457 / Rpim(I) all: 0.702 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDS2014データ削減
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NDD

5ndd


解像度: 3.6→34.441 Å / SU ML: 0.64 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 29.13
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2906 382 4.7 %COPIED FROM 5NDD
Rwork0.2439 ---
obs0.2461 8135 93.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→34.441 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4421 0 39 2 4462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054564
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5066179
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9172708
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035715
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004762
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6003-4.12060.36771300.2912616X-RAY DIFFRACTION95
4.1206-5.18860.28831300.24052578X-RAY DIFFRACTION94
5.1886-34.44280.23231220.21272559X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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